More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2165 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2165  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
263 aa  535  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2904  TetR family transcriptional regulator  54.55 
 
 
213 aa  215  7e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3173  TetR family transcriptional regulator  42.79 
 
 
245 aa  168  7e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1086  TetR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
219 aa  142  7e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.535417  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2892  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
227 aa  137  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0741527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  36.32 
 
 
220 aa  136  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1598  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 
239 aa  134  1e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2158  transcriptional regulator, TetR family  38.71 
 
 
244 aa  130  2e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1807  TetR family transcriptional regulator  35.61 
 
 
218 aa  122  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.237257  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0813  AcrR/TetR family transcription regulator  37.07 
 
 
227 aa  119  4e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0392  transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 
213 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2500  TetR family transcriptional regulator  37.81 
 
 
234 aa  114  2e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1517  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 
372 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1742  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 
235 aa  98.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0468  Transcriptional regulator TetR  29.33 
 
 
219 aa  95.5  8e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0170  TetR family transcriptional regulator  32.04 
 
 
233 aa  89.4  5e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  3.23068e-05 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00620  Transcriptional regulatory protein, TetR family  28.44 
 
 
227 aa  80.9  2e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1870  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 
220 aa  73.6  3e-12  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 
232 aa  73.2  4e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0133  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
318 aa  71.6  1e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.221572  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1033  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
318 aa  71.6  1e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.781792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1805  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
316 aa  71.6  1e-11  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.754817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1958  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
316 aa  71.6  1e-11  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00062632  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1784  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
316 aa  71.6  1e-11  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261379  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1762  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
318 aa  71.6  1e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0114483  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1275  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
318 aa  71.6  1e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.033456  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 
236 aa  70.9  2e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.17 
 
 
236 aa  70.9  2e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
210 aa  71.2  2e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2528  TetR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
317 aa  70.5  3e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0660251  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0744  regulatory protein TetR  40.19 
 
 
191 aa  70.5  3e-11  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3284  TetR family transcriptional regulator  25.7 
 
 
222 aa  70.5  3e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.961661 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0401  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
239 aa  69.7  5e-11  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.533862  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0462  TetR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
239 aa  68.2  1e-10  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.573533  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1543  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
238 aa  68.2  1e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0175  TetR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
203 aa  68.6  1e-10  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4699  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
234 aa  67.4  2e-10  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310001  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4675  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
273 aa  67.4  2e-10  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.104564 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1719  TetR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
272 aa  67.8  2e-10  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.7573  hitchhiker  0.00027252 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1118  regulatory protein TetR  25.37 
 
 
214 aa  67.4  2e-10  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4020  TetR family transcriptional regulator  28.82 
 
 
258 aa  67.8  2e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.12217  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4065  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 
208 aa  67.8  2e-10  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1511  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
273 aa  67  3e-10  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.752097  hitchhiker  0.00148325 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1457  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
276 aa  67  3e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.166824  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
275 aa  67  3e-10  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1535  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
273 aa  67  3e-10  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1055  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
273 aa  67  3e-10  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3543  Transcriptional regulator TetR  31.94 
 
 
224 aa  67  3e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32802  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1417  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
272 aa  66.6  4e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702279  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
275 aa  66.6  4e-10  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1650  TetR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
196 aa  65.5  8e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00305011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4073  TetR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
245 aa  65.1  1e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0819  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  65.5  1e-09  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.852921 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0382  TetR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
242 aa  65.1  1e-09  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.894324  normal  0.190078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2863  TetR family transcriptional regulator  57.14 
 
 
216 aa  63.9  2e-09  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2190  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
277 aa  63.9  2e-09  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.168858  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3625  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
278 aa  63.9  2e-09  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.662049  normal  0.863638 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  49.25 
 
 
249 aa  64.3  2e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0944  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00763  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.827218  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00780  hypothetical protein  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.978873  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
216 aa  64.3  2e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3902  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
278 aa  63.9  2e-09  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2846  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4464  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
278 aa  63.9  2e-09  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2847  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0304787 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0861  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0850  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.41 
 
 
223 aa  64.3  2e-09  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0106  transcriptional regulator, TetR family  28.79 
 
 
242 aa  63.9  3e-09  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  26.51 
 
 
216 aa  63.5  3e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  43.88 
 
 
219 aa  63.5  3e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003766  predicted transcriptional regulator for fatty acid degradation FadQ TetR family  47.37 
 
 
214 aa  63.9  3e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2556  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.96 
 
 
223 aa  62.8  5e-09  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2902  regulatory protein, TetR  25.32 
 
 
253 aa  62.4  7e-09  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.271799  normal  0.100562 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01051  transcriptional regulator TetR family  35.42 
 
 
210 aa  62.4  7e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.250197  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3257  transcriptional regulator, TetR family protein  23.73 
 
 
195 aa  62.4  7e-09  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.696599 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06115  transcriptional regulator TetR family  35.42 
 
 
210 aa  62.4  7e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.131749  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1341  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
224 aa  62.4  8e-09  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5705  transcriptional regulator, TetR family  51.52 
 
 
220 aa  61.6  1e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  32.85 
 
 
291 aa  61.6  1e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5637  TetR family transcriptional regulator  45.21 
 
 
220 aa  62  1e-08  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.766944 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2557  TetR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
250 aa  62  1e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.705718  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2924  TetR family transcriptional regulator  26.78 
 
 
235 aa  61.6  1e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.480778  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 
283 aa  61.6  1e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02639  transcriptional regulator  46.43 
 
 
208 aa  61.2  1e-08  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 
213 aa  61.2  2e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 
218 aa  60.8  2e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2999  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 
235 aa  60.8  2e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  50.82 
 
 
226 aa  60.8  2e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0876  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
226 aa  60.8  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.140831 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6563  putative transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
186 aa  60.8  2e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0113679 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1586  TetR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
215 aa  61.2  2e-08  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.377059  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1655  transcriptional regulator, TetR family  51.06 
 
 
222 aa  60.1  3e-08  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.229233 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24490  transcriptional regulator  44.44 
 
 
213 aa  60.5  3e-08  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  28.38 
 
 
213 aa  60.5  3e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2773  TetR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
295 aa  60.5  3e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00136461  normal  0.297144 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  24.73 
 
 
232 aa  60.1  3e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
225 aa  60.5  3e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  26.32 
 
 
220 aa  59.7  4e-08  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1888  transcriptional regulator, TetR family protein  31.87 
 
 
213 aa  60.1  4e-08  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>