More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1794 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
358 aa  722    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  79.61 
 
 
357 aa  580  1e-164  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  77.99 
 
 
358 aa  566  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.65 
 
 
357 aa  526  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.23 
 
 
357 aa  512  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.8 
 
 
356 aa  468  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.41 
 
 
357 aa  461  1e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.78 
 
 
350 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.12 
 
 
360 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.25 
 
 
360 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.85 
 
 
352 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.33 
 
 
363 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.84 
 
 
360 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.68 
 
 
364 aa  448  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.2 
 
 
353 aa  448  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.99 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.15 
 
 
359 aa  445  1.0000000000000001e-124  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.71 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 
362 aa  447  1.0000000000000001e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 
360 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.02 
 
 
360 aa  444  1e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.6 
 
 
360 aa  443  1e-123  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.2 
 
 
360 aa  441  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.11 
 
 
362 aa  444  1e-123  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.99 
 
 
357 aa  443  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 
357 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.22 
 
 
356 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.2 
 
 
354 aa  441  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.24 
 
 
358 aa  440  9.999999999999999e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.84 
 
 
360 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.8 
 
 
362 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.25 
 
 
361 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
357 aa  432  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.65 
 
 
371 aa  434  1e-120  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.25 
 
 
361 aa  434  1e-120  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.89 
 
 
357 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.3 
 
 
357 aa  429  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.07 
 
 
362 aa  429  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 
357 aa  431  1e-119  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.78 
 
 
351 aa  430  1e-119  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.82 
 
 
363 aa  428  1e-119  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 
356 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
355 aa  426  1e-118  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.24 
 
 
359 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29616  predicted protein  60.28 
 
 
361 aa  425  1e-118  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.36 
 
 
353 aa  422  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1505  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.32 
 
 
365 aa  421  1e-117  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0654454  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.06 
 
 
357 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.1 
 
 
379 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1934  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.71 
 
 
367 aa  424  1e-117  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00169189  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4403  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 
360 aa  418  1e-116  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 
357 aa  420  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.13 
 
 
359 aa  419  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.54 
 
 
362 aa  416  9.999999999999999e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.11 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.32 
 
 
361 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.87 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
363 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.52 
 
 
367 aa  411  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.11 
 
 
356 aa  413  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.87 
 
 
362 aa  414  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.3 
 
 
362 aa  412  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.45 
 
 
371 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.39 
 
 
358 aa  413  1e-114  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.11 
 
 
356 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
362 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.3 
 
 
362 aa  411  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.62 
 
 
359 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.43 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.71 
 
 
355 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.91 
 
 
357 aa  409  1e-113  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.09 
 
 
355 aa  409  1e-113  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.92 
 
 
358 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.71 
 
 
355 aa  410  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.61 
 
 
360 aa  409  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.92 
 
 
358 aa  410  1e-113  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.62 
 
 
362 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 
359 aa  405  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.87 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.95 
 
 
352 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.71 
 
 
355 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.2 
 
 
357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.22 
 
 
362 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.42 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1726  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0775  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0341042  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20934  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.54 
 
 
416 aa  403  1e-111  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172832  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.13 
 
 
369 aa  401  1e-111  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2313  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0523  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.653046  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1852  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614244  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1643  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.58 
 
 
355 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.18 
 
 
363 aa  403  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.03 
 
 
356 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.31 
 
 
363 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.31 
 
 
363 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>