More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1450 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_1450  NusG antitermination factor  100 
 
 
184 aa  374  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  92.39 
 
 
183 aa  342  2e-93  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  90.22 
 
 
184 aa  341  4e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1631  NusG antitermination factor  83.24 
 
 
190 aa  316  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2786  NusG antitermination factor  80.57 
 
 
180 aa  308  2.9999999999999997e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000144907  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2077  NusG antitermination factor  76.97 
 
 
179 aa  294  6e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1544  NusG antitermination factor  59.65 
 
 
180 aa  226  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.52343  normal  0.525349 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  55.81 
 
 
176 aa  216  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  56.98 
 
 
176 aa  213  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  208  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  56.57 
 
 
182 aa  207  7e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  207  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  207  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  207  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  207  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  55.68 
 
 
181 aa  207  8e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  54.34 
 
 
176 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  55.11 
 
 
181 aa  204  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  55.11 
 
 
181 aa  204  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  55.11 
 
 
181 aa  204  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  54.86 
 
 
182 aa  204  7e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  204  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  54.02 
 
 
177 aa  204  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  55.17 
 
 
177 aa  204  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  53.67 
 
 
181 aa  204  8e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  9e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  54.86 
 
 
182 aa  203  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  54.55 
 
 
181 aa  203  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  56.65 
 
 
175 aa  202  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  53.76 
 
 
177 aa  202  2e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  55.23 
 
 
177 aa  201  4e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0193  transcription antitermination protein NusG  51.89 
 
 
184 aa  201  4e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000930263  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  54.6 
 
 
177 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  54.6 
 
 
177 aa  201  6e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  53.37 
 
 
183 aa  201  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  54.75 
 
 
188 aa  200  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  54.07 
 
 
175 aa  200  8e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  55.43 
 
 
179 aa  200  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  54.34 
 
 
177 aa  199  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  51.89 
 
 
183 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  55.81 
 
 
175 aa  198  3.9999999999999996e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  55.81 
 
 
175 aa  198  3.9999999999999996e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  54.86 
 
 
179 aa  197  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  54.86 
 
 
179 aa  197  7.999999999999999e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  52.54 
 
 
193 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  51.91 
 
 
192 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  52.49 
 
 
202 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  52.17 
 
 
183 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  52.43 
 
 
183 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  54.02 
 
 
177 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  54.86 
 
 
179 aa  195  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  53.14 
 
 
176 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  51.93 
 
 
199 aa  195  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  51.98 
 
 
193 aa  195  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  51.35 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  52.43 
 
 
183 aa  195  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  53.18 
 
 
177 aa  195  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  50.58 
 
 
176 aa  195  4.0000000000000005e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  52.43 
 
 
183 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  53.76 
 
 
177 aa  194  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0136  NusG antitermination factor  50.28 
 
 
183 aa  194  5.000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  50 
 
 
185 aa  194  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  51.45 
 
 
176 aa  194  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  51.74 
 
 
176 aa  194  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  51.63 
 
 
183 aa  194  6e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  55.23 
 
 
175 aa  194  7e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  51.16 
 
 
176 aa  194  7e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  51.45 
 
 
176 aa  194  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  52.6 
 
 
177 aa  194  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  50.54 
 
 
185 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  54.65 
 
 
175 aa  194  9e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  50.86 
 
 
176 aa  193  1e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0593  NusG antitermination factor  50 
 
 
190 aa  193  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000418183  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  51.69 
 
 
180 aa  193  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>