More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1014 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  100 
 
 		 552 aa  1103    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0886  diguanylate cyclase  41.98 
 
 		 542 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  35.49 
 
 		 550 aa  256  8e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 574 aa  188  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  27.53 
 
 		 569 aa  151  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 634 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 638 aa  143  8e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.71 
 
 		 519 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 532 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 901 aa  142  1.9999999999999998e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  26.06 
 
 		 556 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1893  hypothetical protein  31.09 
 
 		 533 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0317418  normal  0.65749 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 555 aa  139  1e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 457 aa  139  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 377 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 517 aa  139  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  27.53 
 
 		 559 aa  138  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 407 aa  139  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 532 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2339  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 307 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 582 aa  137  7.000000000000001e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 220 aa  136  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  25 
 
 		 536 aa  136  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  47.88 
 
 		 381 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 492 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 532 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  31.58 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 		 328 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 247 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 		 493 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 226 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 493 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 485 aa  134  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 513 aa  133  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 		 578 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 569 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 632 aa  133  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 316 aa  133  9e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 357 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.7 
 
 		 730 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 172 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 650 aa  132  1.0000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01448  predicted diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 347 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 506 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01461  hypothetical protein  42.17 
 
 		 347 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.31 
 
 		 319 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 470 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 464 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.97 
 
 		 794 aa  132  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  48.24 
 
 		 354 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 318 aa  131  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.23 
 
 		 751 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40 
 
 		 611 aa  131  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 772 aa  131  3e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 485 aa  131  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2157  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0941263  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 380 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1683  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2167  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0116704  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  29.85 
 
 		 729 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2103  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  39.77 
 
 		 234 aa  131  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1575  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1679  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 460 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 295 aa  131  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  49.1 
 
 		 637 aa  131  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 486 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 474 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 508 aa  130  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.46 
 
 		 425 aa  130  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 486 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 486 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 486 aa  130  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 485 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  42.31 
 
 		 525 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 624 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 495 aa  130  7.000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 373 aa  130  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 732 aa  130  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 316 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 446 aa  130  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.65 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 523 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  40.4 
 
 		 634 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  39.36 
 
 		 424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  44.69 
 
 		 548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 611 aa  129  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 350 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 308 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 380 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>