More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1010 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1010  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 421 aa  862    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.905477 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0681  diaminopimelate decarboxylase  76.79 
 
 		 421 aa  667    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2664  diaminopimelate decarboxylase  69.52 
 
 		 434 aa  614  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.287942  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  66.59 
 
 		 425 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  59.81 
 
 		 416 aa  514  1.0000000000000001e-145  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  37.53 
 
 		 409 aa  273  6e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  39.16 
 
 		 430 aa  248  1e-64  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  37.09 
 
 		 424 aa  248  2e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2136  diaminopimelate decarboxylase  36.04 
 
 		 398 aa  241  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.509779  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  38.02 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 410 aa  239  5.999999999999999e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  37.9 
 
 		 440 aa  236  6e-61  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  37.93 
 
 		 430 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  34.94 
 
 		 407 aa  233  5e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  37.1 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3725  diaminopimelate decarboxylase  36.14 
 
 		 412 aa  229  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  36.52 
 
 		 386 aa  227  3e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7089  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 		 413 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1656  aspartate kinase  38.17 
 
 		 878 aa  225  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1645  diaminopimelate decarboxylase  35.87 
 
 		 416 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.902771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3284  diaminopimelate decarboxylase  36.56 
 
 		 420 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  36.66 
 
 		 410 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3483  diaminopimelate decarboxylase  35.11 
 
 		 412 aa  222  9e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4883  diaminopimelate decarboxylase  35.11 
 
 		 412 aa  222  9e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  34.82 
 
 		 433 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4246  diaminopimelate decarboxylase  35.84 
 
 		 412 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0343876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0837  diaminopimelate decarboxylase  34.88 
 
 		 412 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  36.27 
 
 		 386 aa  220  3e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5403  diaminopimelate decarboxylase  35.11 
 
 		 412 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  32.74 
 
 		 406 aa  218  1e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4771  diaminopimelate decarboxylase  34.93 
 
 		 417 aa  219  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1409  diaminopimelate decarboxylase  31.99 
 
 		 406 aa  218  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3229  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 420 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136805 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5726  diaminopimelate decarboxylase  34.94 
 
 		 416 aa  216  7e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3663  diaminopimelate decarboxylase  35.32 
 
 		 410 aa  216  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.555835  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3836  diaminopimelate decarboxylase  34.22 
 
 		 420 aa  216  9e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3345  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 420 aa  216  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0295344 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3163  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2986  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0454398 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3244  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310406 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3158  diaminopimelate decarboxylase  34.48 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.856232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02686  diaminopimelate decarboxylase, PLP-binding  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0852  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2985  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0877  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02647  hypothetical protein  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3024  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4107  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.475873  hitchhiker  0.000027959 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2077  diaminopimelate decarboxylase  35.4 
 
 		 410 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0209  diaminopimelate decarboxylase  34.71 
 
 		 412 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0158356  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  36.76 
 
 		 416 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  35.44 
 
 		 420 aa  213  4.9999999999999996e-54  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  34.88 
 
 		 417 aa  213  7e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0670  diaminopimelate decarboxylase  37.13 
 
 		 453 aa  212  7.999999999999999e-54  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00590114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1818  diaminopimelate decarboxylase  36.67 
 
 		 431 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0661432  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0733  diaminopimelate decarboxylase  36.1 
 
 		 420 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3181  diaminopimelate decarboxylase  34.07 
 
 		 420 aa  209  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4766  diaminopimelate decarboxylase  34.2 
 
 		 414 aa  209  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.646953  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  34.63 
 
 		 418 aa  209  8e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  34.37 
 
 		 415 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02010  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  36.83 
 
 		 850 aa  206  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0534  diaminopimelate decarboxylase  35.61 
 
 		 434 aa  206  6e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0207  diaminopimelate decarboxylase  34.36 
 
 		 435 aa  206  6e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  36.48 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3486  diaminopimelate decarboxylase  34.32 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.54113  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4349  diaminopimelate decarboxylase  35.65 
 
 		 476 aa  206  8e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.344454  normal  0.204157 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 		 407 aa  205  1e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0510  diaminopimelate decarboxylase  35.61 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3625  diaminopimelate decarboxylase  34.57 
 
 		 420 aa  204  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2691  diaminopimelate decarboxylase  35.73 
 
 		 419 aa  204  2e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  35.73 
 
 		 419 aa  204  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 418 aa  204  3e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2002  diaminopimelate decarboxylase  31.75 
 
 		 415 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3166  diaminopimelate decarboxylase  35.63 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.603838 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1553  diaminopimelate decarboxylase  36.34 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144272  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  31.65 
 
 		 382 aa  203  5e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0609  diaminopimelate decarboxylase  35.57 
 
 		 437 aa  203  6e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.357283  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0753  diaminopimelate decarboxylase  34.23 
 
 		 420 aa  202  9e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0244926  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1229  diaminopimelate decarboxylase  35.6 
 
 		 453 aa  202  9e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.972871  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0406  diaminopimelate decarboxylase  35.25 
 
 		 445 aa  202  9.999999999999999e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.809401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  31.66 
 
 		 393 aa  201  9.999999999999999e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_475  diaminopimelate decarboxylase  34.88 
 
 		 434 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  35.14 
 
 		 435 aa  201  3e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  32.41 
 
 		 419 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0790  diaminopimelate decarboxylase  32.03 
 
 		 433 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000940034  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  34.72 
 
 		 434 aa  200  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1204  diaminopimelate decarboxylase  35.05 
 
 		 440 aa  200  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.313013  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  34.8 
 
 		 466 aa  199  6e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  34.76 
 
 		 420 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1775  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.71 
 
 		 859 aa  198  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0973  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 420 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  34.24 
 
 		 416 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  34.65 
 
 		 416 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3248  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 420 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1042  diaminopimelate decarboxylase  34.15 
 
 		 445 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1024  diaminopimelate decarboxylase  33.98 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1364  diaminopimelate decarboxylase  36.59 
 
 		 434 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.844058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  32 
 
 		 447 aa  197  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  33.91 
 
 		 417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1774  bifunctional aspartate kinase/diaminopimelate decarboxylase protein  32.71 
 
 		 859 aa  196  5.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>