More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0912 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  63.02 
 
 
541 aa  645    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0912  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
558 aa  1119    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00634483 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  56.78 
 
 
578 aa  581  1e-164  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  47.79 
 
 
525 aa  475  1e-132  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  45.82 
 
 
547 aa  428  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  44.01 
 
 
526 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  39.49 
 
 
305 aa  218  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  42.73 
 
 
332 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.73 
 
 
312 aa  211  4e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.98 
 
 
343 aa  206  9e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 
310 aa  205  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  41.02 
 
 
331 aa  205  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.02 
 
 
332 aa  204  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.33 
 
 
323 aa  204  3e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.06 
 
 
311 aa  204  5e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  41.23 
 
 
320 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.75 
 
 
311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  44.24 
 
 
346 aa  202  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  38.32 
 
 
326 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  41.27 
 
 
344 aa  201  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.8 
 
 
313 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  36.39 
 
 
300 aa  198  2.0000000000000003e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  37.99 
 
 
304 aa  198  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
306 aa  198  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  40.17 
 
 
377 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  37.73 
 
 
319 aa  197  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  38.63 
 
 
302 aa  197  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.58 
 
 
316 aa  196  8.000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  41.27 
 
 
356 aa  196  9e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.45 
 
 
318 aa  196  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  40.31 
 
 
318 aa  196  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  38.97 
 
 
482 aa  195  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.09 
 
 
300 aa  194  3e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  38.32 
 
 
302 aa  194  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.98 
 
 
300 aa  194  3e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 
302 aa  194  4e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.85 
 
 
302 aa  194  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.62 
 
 
309 aa  194  5e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.11 
 
 
313 aa  194  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 
302 aa  193  6e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  38.32 
 
 
302 aa  193  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 
302 aa  193  6e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  34.43 
 
 
329 aa  193  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.05 
 
 
305 aa  193  6e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  39.62 
 
 
316 aa  192  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.32 
 
 
302 aa  192  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.32 
 
 
302 aa  192  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  39.31 
 
 
304 aa  192  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.08 
 
 
314 aa  192  2e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.76 
 
 
302 aa  191  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  38.01 
 
 
302 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  39.35 
 
 
344 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  39.76 
 
 
319 aa  189  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.96 
 
 
303 aa  189  1e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.25 
 
 
343 aa  189  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  36.05 
 
 
305 aa  189  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  40.41 
 
 
322 aa  189  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  41.18 
 
 
342 aa  188  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  36.68 
 
 
306 aa  188  2e-46  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  39.01 
 
 
304 aa  188  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  38.49 
 
 
302 aa  188  3e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  35.83 
 
 
352 aa  187  6e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  39.7 
 
 
334 aa  186  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.51 
 
 
306 aa  186  8e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1572  RluA family pseudouridine synthase  36.42 
 
 
420 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00305296  hitchhiker  0.00710721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.25 
 
 
319 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  38.15 
 
 
306 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.58 
 
 
356 aa  186  1.0000000000000001e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  37.9 
 
 
339 aa  185  2.0000000000000003e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 
318 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.87 
 
 
326 aa  184  3e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  38.66 
 
 
315 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
310 aa  184  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.94 
 
 
308 aa  184  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.07 
 
 
296 aa  184  3e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  33.74 
 
 
318 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.01 
 
 
391 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.91 
 
 
296 aa  184  5.0000000000000004e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  41.94 
 
 
315 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 
327 aa  183  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.89 
 
 
326 aa  183  7e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  35.67 
 
 
342 aa  183  8.000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.97 
 
 
344 aa  183  8.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  38.68 
 
 
347 aa  183  8.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  36.96 
 
 
325 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.11 
 
 
325 aa  183  9.000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.66 
 
 
305 aa  182  1e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  35.89 
 
 
304 aa  182  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.41 
 
 
313 aa  182  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  35.71 
 
 
341 aa  182  1e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  35.74 
 
 
321 aa  182  1e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.62 
 
 
327 aa  182  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  38.17 
 
 
319 aa  182  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.72 
 
 
303 aa  181  2e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  39.88 
 
 
327 aa  181  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.91 
 
 
301 aa  181  4e-44  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  37.85 
 
 
319 aa  180  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.19 
 
 
403 aa  180  7e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.93 
 
 
322 aa  180  7e-44  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  39.42 
 
 
310 aa  179  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>