214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0772 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  100 
 
 
285 aa  567  1e-161  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1158  TPR repeat-containing protein  43.68 
 
 
257 aa  185  9e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.188926  normal  0.17642 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1580  TPR domain-containing protein  32.62 
 
 
263 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0635876  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0965  tol-pal system protein YbgF  44.96 
 
 
487 aa  108  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.666424  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  40.68 
 
 
350 aa  95.5  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  39.69 
 
 
377 aa  95.1  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  40.91 
 
 
243 aa  92.4  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3584  tol-pal system protein YbgF  35 
 
 
283 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3515  tol-pal system protein YbgF  34.29 
 
 
283 aa  90.5  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.2222e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  35.38 
 
 
278 aa  89.4  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  38.14 
 
 
268 aa  89  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  37.29 
 
 
264 aa  88.2  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  35.61 
 
 
271 aa  87  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.61801e-15  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  40.54 
 
 
262 aa  86.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  36.44 
 
 
265 aa  86.3  5e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  35.48 
 
 
232 aa  86.3  5e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  3.02592e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0826  tol-pal system protein YbgF  38.84 
 
 
271 aa  85.9  7e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  5.23116e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0201  TPR repeat-containing protein  36.21 
 
 
275 aa  85.1  1e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  4.41439e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  35.59 
 
 
271 aa  84.3  2e-15  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  36.44 
 
 
271 aa  83.6  3e-15  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  35.83 
 
 
305 aa  84  3e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  35.83 
 
 
300 aa  84  3e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  37.29 
 
 
272 aa  83.2  4e-15  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  37.8 
 
 
261 aa  82.4  7e-15  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 
242 aa  82.4  7e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  33.8 
 
 
239 aa  81.6  1e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  36.97 
 
 
257 aa  82  1e-14  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  34.93 
 
 
248 aa  82  1e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  35.48 
 
 
249 aa  81.6  1e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  6.16267e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  37.3 
 
 
255 aa  81.6  1e-14  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  35.48 
 
 
249 aa  81.3  2e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.56054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  35.48 
 
 
249 aa  81.3  2e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.11459e-10  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  35.48 
 
 
249 aa  81.3  2e-14  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.24758e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  35.48 
 
 
249 aa  81.3  2e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.01827e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2438  hypothetical protein  35.54 
 
 
250 aa  80.1  4e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.67584e-06  normal  0.413869 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2366  hypothetical protein  35.54 
 
 
250 aa  80.1  4e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.82291e-09  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  34.43 
 
 
250 aa  80.1  4e-14  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0484  tol-pal system protein YbgF  27.16 
 
 
318 aa  80.1  4e-14  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  38.21 
 
 
272 aa  79  8e-14  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  34.43 
 
 
268 aa  79  1e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  34.43 
 
 
268 aa  78.2  1e-13  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  31.17 
 
 
243 aa  78.2  1e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.99161e-08  hitchhiker  2.35132e-05 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  25.81 
 
 
322 aa  78.6  1e-13  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  38.21 
 
 
248 aa  79  1e-13  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  35.29 
 
 
250 aa  78.6  1e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.04047e-08  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  37.7 
 
 
343 aa  77.8  2e-13  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  29.49 
 
 
254 aa  77.8  2e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  34.43 
 
 
268 aa  78.2  2e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2094  tetratricopeptide TPR_2  35.53 
 
 
259 aa  77.8  2e-13  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.127674  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  26.27 
 
 
322 aa  77.4  2e-13  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1114  tol-pal system protein YbgF  35.04 
 
 
292 aa  77  3e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.875403  normal  0.0458265 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  34.43 
 
 
271 aa  77.4  3e-13  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  30.54 
 
 
245 aa  77.4  3e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1013  TPR repeat-containing protein  35.29 
 
 
265 aa  76.6  5e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  38.74 
 
 
254 aa  74.7  2e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3038  TPR domain-containing protein  28.04 
 
 
272 aa  74.7  2e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  1.66415e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2973  TPR domain-containing protein  30.72 
 
 
266 aa  74.7  2e-12  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.485874  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0070  hypothetical protein  33.33 
 
 
272 aa  74.3  2e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0071  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
272 aa  74.3  2e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.840894  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  35.54 
 
 
273 aa  74.3  2e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  74.7  2e-12  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  74.3  2e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  34.65 
 
 
270 aa  74.7  2e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1986  tetratricopeptide TPR_2  34.45 
 
 
253 aa  74.3  2e-12  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.396777  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  32.21 
 
 
236 aa  73.6  3e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  33.61 
 
 
240 aa  73.9  3e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 
287 aa  73.9  3e-12  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  31.4 
 
 
241 aa  73.6  3e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  31.2 
 
 
263 aa  73.9  3e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  34.75 
 
 
249 aa  73.2  5e-12  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3396  tol-pal system protein YbgF  34.45 
 
 
260 aa  72.8  6e-12  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.14649  normal  0.0107304 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  36.07 
 
 
279 aa  72.8  6e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  30.36 
 
 
312 aa  72.8  6e-12  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  29.74 
 
 
261 aa  72.4  8e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1979  tol-pal system protein YbgF  38.66 
 
 
261 aa  72.4  8e-12  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  30.53 
 
 
251 aa  72  1e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1725  TPR repeat-containing protein  38.66 
 
 
261 aa  72  1e-11  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.039074 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  34.45 
 
 
265 aa  71.2  2e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  32.28 
 
 
274 aa  70.9  2e-11  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  37.27 
 
 
265 aa  71.2  2e-11  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
262 aa  70.5  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
262 aa  70.5  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
262 aa  70.5  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3404  TPR repeat-containing protein  36.91 
 
 
268 aa  70.5  3e-11  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.535167 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
262 aa  70.5  3e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  32.33 
 
 
258 aa  70.5  3e-11  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  32.77 
 
 
304 aa  70.1  4e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  32.17 
 
 
262 aa  70.1  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  34.65 
 
 
285 aa  70.1  4e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1348  putative transmembrane protein  36.84 
 
 
263 aa  70.1  4e-11  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  33.61 
 
 
253 aa  69.7  5e-11  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  31.5 
 
 
274 aa  69.3  7e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2219  tetratricopeptide domain-containing protein  37.93 
 
 
252 aa  69.3  7e-11  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85463  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2145  TPR domain-containing protein  27.53 
 
 
335 aa  69.3  7e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0848355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>