More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0561 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0561  diaminopimelate epimerase  100 
 
 
282 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00183817 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1297  diaminopimelate epimerase  75.8 
 
 
282 aa  412  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0270469  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1798  diaminopimelate epimerase  69.45 
 
 
283 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000300974  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1873  diaminopimelate epimerase  57.93 
 
 
281 aa  291  7e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00642624 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0648  diaminopimelate epimerase  54.81 
 
 
279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.312023  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0057  diaminopimelate epimerase  43.01 
 
 
287 aa  210  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.809521 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1165  diaminopimelate epimerase  42.81 
 
 
277 aa  203  2e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0044  Diaminopimelate epimerase  41.97 
 
 
274 aa  177  2e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.315608 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0342  diaminopimelate epimerase  37.55 
 
 
270 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00240422  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2316  diaminopimelate epimerase  40.14 
 
 
274 aa  170  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1455  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 
257 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0568169  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0218  diaminopimelate epimerase  38.38 
 
 
266 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2694  diaminopimelate epimerase  36.73 
 
 
268 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000359695  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0259  diaminopimelate epimerase  41.01 
 
 
277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2431  diaminopimelate epimerase  38.83 
 
 
275 aa  163  3e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.410157  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5091  diaminopimelate epimerase  37.23 
 
 
259 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.000000000000217016  normal  0.274183 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0018  diaminopimelate epimerase  37.17 
 
 
260 aa  160  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0273  diaminopimelate epimerase  36.67 
 
 
264 aa  158  8e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000651876  decreased coverage  0.0000261892 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1977  diaminopimelate epimerase  36.23 
 
 
268 aa  154  1e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00347642  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0181  diaminopimelate epimerase  38.18 
 
 
272 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00086691  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0127  diaminopimelate epimerase  37 
 
 
261 aa  152  5e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12773  Diaminopimelate epimerase  34.32 
 
 
261 aa  152  8e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  36.69 
 
 
280 aa  150  3e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0072  diaminopimelate epimerase  37.4 
 
 
247 aa  149  6e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0560  diaminopimelate epimerase  35.61 
 
 
274 aa  148  9e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00795649 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4694  diaminopimelate epimerase  35.38 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.483748  normal  0.0110449 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  36.96 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2160  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0454  diaminopimelate epimerase  40.37 
 
 
279 aa  147  3e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.691704  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0805  hypothetical protein  34.69 
 
 
258 aa  145  9e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.15567 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  35.84 
 
 
277 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  35.84 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0107  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 
272 aa  140  3e-32  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0304  diaminopimelate epimerase  36.06 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.684099  hitchhiker  0.00244199 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0755  diaminopimelate epimerase  36.27 
 
 
292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.277533  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  35.38 
 
 
280 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 
278 aa  139  4.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 
278 aa  138  7.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 
278 aa  138  8.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0348  diaminopimelate epimerase  34.75 
 
 
249 aa  137  2e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1371  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 
368 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.692483  normal  0.473185 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  35.94 
 
 
280 aa  137  2e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  36.56 
 
 
323 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  29.79 
 
 
304 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1614  diaminopimelate epimerase  34.43 
 
 
264 aa  136  4e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1516  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 
249 aa  136  4e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  33.91 
 
 
308 aa  135  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1771  diaminopimelate epimerase  35.5 
 
 
247 aa  135  6.0000000000000005e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  35.76 
 
 
283 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2046  diaminopimelate epimerase  34.67 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  32.64 
 
 
286 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  32.62 
 
 
281 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  35.82 
 
 
269 aa  135  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  36.73 
 
 
277 aa  135  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  31.91 
 
 
284 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  32.62 
 
 
281 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1883  diaminopimelate epimerase  32.83 
 
 
249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 
278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1702  diaminopimelate epimerase  33.59 
 
 
249 aa  133  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0054  diaminopimelate epimerase  34.21 
 
 
249 aa  133  3e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000000506343  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0208  diaminopimelate epimerase  33.81 
 
 
261 aa  133  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0882102 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  33.57 
 
 
280 aa  132  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  33.69 
 
 
278 aa  132  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1453  diaminopimelate epimerase  36.4 
 
 
286 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  32.38 
 
 
278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1107  diaminopimelate epimerase  35.92 
 
 
355 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.134817  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 
281 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  32.31 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  33.45 
 
 
407 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  31.96 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  32.74 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  34.95 
 
 
288 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  32.85 
 
 
279 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  35.44 
 
 
287 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0492  diaminopimelate epimerase  35.16 
 
 
247 aa  128  8.000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2989  diaminopimelate epimerase  30 
 
 
285 aa  129  8.000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000823328  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1841  diaminopimelate epimerase  35.88 
 
 
247 aa  128  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  32.97 
 
 
279 aa  128  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09951  diaminopimelate epimerase  32.74 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.51158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0378  diaminopimelate epimerase  33.21 
 
 
278 aa  126  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 
278 aa  127  3e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 
288 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  31 
 
 
274 aa  127  3e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  32.74 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  33.1 
 
 
278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 
281 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  33.09 
 
 
290 aa  126  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  35.84 
 
 
279 aa  126  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  33.7 
 
 
284 aa  125  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0204  diaminopimelate epimerase  29.21 
 
 
295 aa  125  6e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.164402  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  34.72 
 
 
292 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 
282 aa  124  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  38.43 
 
 
281 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  33.78 
 
 
315 aa  124  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  36.63 
 
 
268 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  32.97 
 
 
276 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  29.39 
 
 
292 aa  124  2e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  34.28 
 
 
295 aa  124  2e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  34.06 
 
 
274 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>