More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0369 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  100 
 
 		 251 aa  495  1e-139  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1958  pseudouridine synthase, Rsu  64.23 
 
 		 292 aa  294  8e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.347299  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1418  pseudouridine synthase  63.89 
 
 		 292 aa  282  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.126081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  56.45 
 
 		 274 aa  277  1e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  56.73 
 
 		 243 aa  259  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 250 aa  256  3e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  49.8 
 
 		 251 aa  216  4e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.98 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  43.03 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  43.03 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 237 aa  191  8e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  45.97 
 
 		 255 aa  191  8e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 242 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 239 aa  191  1e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.77 
 
 		 258 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.62 
 
 		 242 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  42.62 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.21 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.72 
 
 		 309 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  44.62 
 
 		 252 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.13 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  42.21 
 
 		 242 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  47.92 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 242 aa  188  8e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 556 aa  187  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  46.75 
 
 		 273 aa  185  6e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  48.32 
 
 		 567 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  42.26 
 
 		 241 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 624 aa  183  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 247 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  41.56 
 
 		 264 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  40.56 
 
 		 245 aa  182  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  43.21 
 
 		 243 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  44.12 
 
 		 271 aa  182  6e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.75 
 
 		 239 aa  181  9.000000000000001e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.08 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.32 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  42.86 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  39 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 553 aa  179  4.999999999999999e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 235 aa  178  9e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 253 aa  178  1e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.56 
 
 		 245 aa  177  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0394  pseudouridine synthase  45.14 
 
 		 261 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.490996  normal  0.734579 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  40.82 
 
 		 238 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1184  pseudouridine synthase  42.74 
 
 		 254 aa  175  6e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1820  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.25 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1356  pseudouridine synthase  48.81 
 
 		 254 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 266 aa  171  7.999999999999999e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  43.03 
 
 		 318 aa  171  9e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 236 aa  171  9e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 329 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  42.11 
 
 		 680 aa  170  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  43.5 
 
 		 403 aa  170  2e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.34 
 
 		 255 aa  170  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 		 406 aa  170  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.95 
 
 		 328 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  43.55 
 
 		 324 aa  169  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  38.62 
 
 		 554 aa  169  5e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  41.8 
 
 		 265 aa  168  6e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11041  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.34 
 
 		 237 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0249401  normal  0.321161 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  45.53 
 
 		 250 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.27 
 
 		 230 aa  166  4e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 233 aa  165  5e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  39.75 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 236 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  41.7 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1293  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.03 
 
 		 254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.159925  normal  0.17953 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  42.34 
 
 		 263 aa  161  7e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.08 
 
 		 238 aa  161  8.000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  38.27 
 
 		 472 aa  161  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4316  pseudouridine synthase  40.16 
 
 		 259 aa  160  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 375 aa  160  2e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  38.69 
 
 		 282 aa  160  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  42.91 
 
 		 259 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.92 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 248 aa  159  3e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1616  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.21 
 
 		 250 aa  159  3e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  0.0569453 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1744  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.91 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00693564  normal  0.573112 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  37.92 
 
 		 236 aa  159  6e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  43.09 
 
 		 250 aa  158  8e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  42.97 
 
 		 329 aa  158  8e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1377  pseudouridine synthase, Rsu  44.73 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  40.5 
 
 		 387 aa  156  2e-37  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  39.09 
 
 		 245 aa  156  3e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  38.52 
 
 		 296 aa  156  3e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  41.94 
 
 		 621 aa  155  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1630  pseudouridine synthase, Rsu  40.68 
 
 		 254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.494903  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  36.63 
 
 		 243 aa  155  8e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  41.6 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>