More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0359 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 
290 aa  580  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  75.43 
 
 
321 aa  457  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  68.51 
 
 
309 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  60.55 
 
 
310 aa  352  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  58.68 
 
 
292 aa  346  3e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  55.9 
 
 
306 aa  332  6e-90  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  43.88 
 
 
295 aa  265  7e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  47.93 
 
 
297 aa  265  7e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  44.1 
 
 
295 aa  260  2e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  43.49 
 
 
296 aa  259  5.0000000000000005e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
295 aa  258  1e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
295 aa  258  1e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  46.69 
 
 
294 aa  256  4e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  47.92 
 
 
295 aa  254  8e-67  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.24 
 
 
298 aa  254  8e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  44.18 
 
 
296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  46.9 
 
 
304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 
299 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  47.59 
 
 
308 aa  253  3e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
296 aa  252  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
301 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  41.95 
 
 
302 aa  250  2e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  42.24 
 
 
302 aa  249  3e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  42.28 
 
 
302 aa  249  5e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  45.86 
 
 
295 aa  248  7e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.52 
 
 
296 aa  248  1e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  44.67 
 
 
295 aa  246  2e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  46.04 
 
 
277 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.12 
 
 
296 aa  246  2e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  47.04 
 
 
309 aa  246  3e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  43.84 
 
 
303 aa  246  3e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.39 
 
 
298 aa  246  4e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  42.91 
 
 
308 aa  245  4.9999999999999997e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
298 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  47.4 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  42.01 
 
 
302 aa  242  3.9999999999999997e-63  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  46.28 
 
 
302 aa  241  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.52 
 
 
322 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.52 
 
 
298 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  39.58 
 
 
296 aa  240  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
333 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
305 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
305 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  45.52 
 
 
295 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
311 aa  240  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
305 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  41.81 
 
 
297 aa  240  2e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
333 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  46.37 
 
 
305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
333 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.74 
 
 
329 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
318 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  41.36 
 
 
305 aa  239  4e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
318 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.02 
 
 
298 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.86 
 
 
318 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.21 
 
 
316 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  40.07 
 
 
296 aa  238  6.999999999999999e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.52 
 
 
322 aa  238  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  43.45 
 
 
301 aa  238  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
298 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
298 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  43.25 
 
 
302 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  43.25 
 
 
302 aa  237  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
316 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  46.21 
 
 
309 aa  236  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  42.51 
 
 
297 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 
322 aa  236  4e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.48 
 
 
298 aa  236  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  44.52 
 
 
306 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.45 
 
 
298 aa  235  8e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.45 
 
 
298 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  42.91 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  44.83 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.7 
 
 
333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  43.94 
 
 
292 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  42.21 
 
 
309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  45.18 
 
 
310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  41.87 
 
 
309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 
295 aa  231  9e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  41.87 
 
 
309 aa  231  1e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  44.22 
 
 
302 aa  231  1e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  44.14 
 
 
295 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  41.87 
 
 
300 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  41.18 
 
 
300 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.99 
 
 
298 aa  229  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  43.25 
 
 
292 aa  229  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  45.83 
 
 
295 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.64 
 
 
299 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  43.25 
 
 
311 aa  229  3e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>