More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0294 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
433 aa  847    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  45.97 
 
 
357 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.69 
 
 
390 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.63 
 
 
338 aa  248  2e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1752  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.9 
 
 
334 aa  238  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.927815  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0957  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 
377 aa  232  1e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.27 
 
 
455 aa  152  8.999999999999999e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.1 
 
 
423 aa  150  5e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.15 
 
 
464 aa  149  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.96 
 
 
471 aa  146  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  41.91 
 
 
458 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.08 
 
 
470 aa  146  7.0000000000000006e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.64 
 
 
454 aa  142  9e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.06 
 
 
457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.06 
 
 
457 aa  140  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.82 
 
 
241 aa  139  1e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.01 
 
 
472 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.55 
 
 
311 aa  139  1e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.14 
 
 
459 aa  138  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 
414 aa  137  5e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.68 
 
 
456 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.07 
 
 
480 aa  136  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.56 
 
 
468 aa  136  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.07 
 
 
481 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 
464 aa  134  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.78 
 
 
509 aa  134  3.9999999999999996e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.13 
 
 
419 aa  134  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.45 
 
 
469 aa  133  7.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.67 
 
 
485 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000793902  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.98 
 
 
476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35 
 
 
469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.55 
 
 
462 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.19 
 
 
476 aa  131  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.69 
 
 
476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.54 
 
 
492 aa  129  7.000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.97 
 
 
457 aa  129  7.000000000000001e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  36.57 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  36.57 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  36.57 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.69 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.57 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.01 
 
 
470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  40 
 
 
682 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.63 
 
 
468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  39.91 
 
 
471 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  36.11 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  36.57 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.11 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.21 
 
 
486 aa  126  9e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  39.46 
 
 
454 aa  125  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000839704 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2521  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.69 
 
 
476 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000332242  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.82 
 
 
425 aa  125  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.71 
 
 
524 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  40.08 
 
 
676 aa  123  8e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  37.14 
 
 
476 aa  122  8e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.96 
 
 
442 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.81 
 
 
521 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.82 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0791  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.91 
 
 
458 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000325177  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1229  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.19 
 
 
476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1421  PP-loop family protein  36.36 
 
 
470 aa  117  6e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0093  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.61 
 
 
457 aa  116  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167197  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.88 
 
 
442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.79 
 
 
472 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.4 
 
 
326 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.47 
 
 
491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5217  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.73 
 
 
444 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.7 
 
 
473 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  39.47 
 
 
454 aa  111  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.86 
 
 
469 aa  110  7.000000000000001e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  40.76 
 
 
324 aa  109  9.000000000000001e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.44 
 
 
345 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0818  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.85 
 
 
440 aa  109  1e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00477647  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.92 
 
 
450 aa  108  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  33.85 
 
 
460 aa  107  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.31 
 
 
492 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.9 
 
 
358 aa  106  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.65 
 
 
436 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  41.18 
 
 
445 aa  105  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.26 
 
 
358 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.43 
 
 
320 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.53 
 
 
321 aa  105  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.53 
 
 
345 aa  104  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0626  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.9 
 
 
325 aa  104  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.77 
 
 
456 aa  104  4e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  34.01 
 
 
420 aa  103  5e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.43 
 
 
412 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.16 
 
 
368 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0106  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
489 aa  103  5e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.31319 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  39.89 
 
 
412 aa  103  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.71 
 
 
325 aa  103  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0016  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.09 
 
 
422 aa  103  8e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.76 
 
 
364 aa  103  9e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.76 
 
 
371 aa  102  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  36.22 
 
 
332 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.91 
 
 
464 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.91 
 
 
464 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3762  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.68 
 
 
445 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0801202  hitchhiker  0.00083153 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 
417 aa  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29 
 
 
328 aa  100  6e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>