More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0273 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
488 aa  1012    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  66.4 
 
 
514 aa  685    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  77.46 
 
 
488 aa  796    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  77.87 
 
 
488 aa  813    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  53.26 
 
 
458 aa  520  1e-146  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.79 
 
 
481 aa  474  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  45.93 
 
 
485 aa  440  9.999999999999999e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  42.91 
 
 
526 aa  417  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  43.31 
 
 
526 aa  410  1e-113  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.03 
 
 
526 aa  405  1e-111  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  40.47 
 
 
518 aa  369  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  39.07 
 
 
475 aa  352  7e-96  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.75 
 
 
566 aa  340  2e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.77 
 
 
567 aa  333  4e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.32 
 
 
570 aa  327  3e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.46 
 
 
569 aa  327  3e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.05 
 
 
570 aa  325  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.24 
 
 
546 aa  324  2e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.18 
 
 
566 aa  323  3e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.13 
 
 
564 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.12 
 
 
566 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.89 
 
 
569 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.53 
 
 
470 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  35.92 
 
 
568 aa  318  1e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.25 
 
 
517 aa  317  3e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.62 
 
 
558 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.76 
 
 
566 aa  313  5.999999999999999e-84  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.81 
 
 
560 aa  312  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.27 
 
 
585 aa  312  1e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  35.27 
 
 
585 aa  312  1e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.81 
 
 
559 aa  309  8e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  34.63 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.82 
 
 
566 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  35.59 
 
 
545 aa  305  1.0000000000000001e-81  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.87 
 
 
597 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  33.9 
 
 
548 aa  298  1e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.44 
 
 
560 aa  298  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
600 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
600 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
600 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
600 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  33.27 
 
 
600 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.91 
 
 
554 aa  295  1e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.74 
 
 
573 aa  295  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  34.48 
 
 
596 aa  292  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.57 
 
 
597 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.62 
 
 
567 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  34.07 
 
 
567 aa  290  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  34.07 
 
 
567 aa  291  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.81 
 
 
578 aa  289  9e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.98 
 
 
598 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.79 
 
 
597 aa  288  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.44 
 
 
559 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  34.16 
 
 
583 aa  286  7e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  33.89 
 
 
567 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  33.89 
 
 
567 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  33.89 
 
 
567 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  33.89 
 
 
567 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.57 
 
 
572 aa  284  2.0000000000000002e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  33.89 
 
 
567 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.89 
 
 
572 aa  281  2e-74  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.65 
 
 
598 aa  281  2e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  34.95 
 
 
572 aa  280  3e-74  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.22 
 
 
597 aa  280  4e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.23 
 
 
572 aa  280  5e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.09 
 
 
572 aa  280  5e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.9 
 
 
470 aa  277  3e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.39 
 
 
577 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.99 
 
 
596 aa  276  5e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.39 
 
 
577 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  34 
 
 
570 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.39 
 
 
577 aa  274  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.39 
 
 
572 aa  274  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.21 
 
 
570 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  32.48 
 
 
568 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.34 
 
 
595 aa  273  6e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.15 
 
 
568 aa  272  8.000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  33.22 
 
 
602 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.97 
 
 
596 aa  272  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.51 
 
 
584 aa  271  2e-71  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  33.21 
 
 
567 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
568 aa  270  4e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.01 
 
 
567 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.25 
 
 
570 aa  270  5e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  32.93 
 
 
597 aa  269  8.999999999999999e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.55 
 
 
571 aa  268  1e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  32.58 
 
 
596 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  32.24 
 
 
596 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  32.24 
 
 
568 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.58 
 
 
596 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 
465 aa  265  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.84 
 
 
563 aa  265  1e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.48 
 
 
568 aa  264  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>