More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0079 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  424  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  83.73 
 
 
209 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  8.37732e-05  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  75.6 
 
 
209 aa  320  7e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  1.17498e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  58.54 
 
 
209 aa  263  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  5.62685e-12  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  56.73 
 
 
210 aa  253  1e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  60.1 
 
 
212 aa  232  3e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  58.13 
 
 
214 aa  230  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  53.66 
 
 
210 aa  225  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.81863e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  53.47 
 
 
210 aa  225  5e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
213 aa  224  1e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  56.65 
 
 
207 aa  223  1e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  52.48 
 
 
211 aa  221  5e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
210 aa  221  7e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  52.94 
 
 
209 aa  219  2e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  2.70125e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  51.49 
 
 
214 aa  217  9e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  4.79377e-07  decreased coverage  1.16579e-05 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
210 aa  215  3e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  51.72 
 
 
208 aa  215  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
210 aa  213  1e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  7.29954e-06 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  52.71 
 
 
209 aa  213  1e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  55.67 
 
 
209 aa  213  2e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.9924e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
209 aa  212  3e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  8.24684e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
209 aa  211  7e-54  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  2.31855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  51.71 
 
 
216 aa  210  1e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  53.23 
 
 
205 aa  209  2e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  6.60439e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  52.48 
 
 
210 aa  209  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  9.81122e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
211 aa  209  3e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.74639e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
209 aa  208  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
212 aa  208  4e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  7.26152e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  54.68 
 
 
209 aa  208  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.45621e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  53.66 
 
 
212 aa  208  4e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.66431e-08  unclonable  2.47869e-08 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
210 aa  208  5e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
209 aa  207  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  1.56273e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
209 aa  207  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
209 aa  207  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.83333e-10  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  54.68 
 
 
209 aa  207  6e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  54.15 
 
 
214 aa  208  6e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  6.58885e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  54.37 
 
 
212 aa  207  6e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  7.15109e-07  unclonable  5.79905e-11 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  54.11 
 
 
212 aa  206  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
212 aa  206  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  2.06645e-07  decreased coverage  4.70561e-05 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  50.5 
 
 
222 aa  206  2e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  51.47 
 
 
210 aa  206  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  7.29631e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  52.97 
 
 
213 aa  206  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  52.24 
 
 
207 aa  206  3e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  52.24 
 
 
207 aa  206  3e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  2.63563e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  48.97 
 
 
209 aa  205  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  53.23 
 
 
209 aa  204  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  51.22 
 
 
212 aa  204  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  5.09154e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  51.98 
 
 
218 aa  204  7e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  46.57 
 
 
210 aa  204  9e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.31463e-05  hitchhiker  3.31617e-13 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  51.22 
 
 
212 aa  204  9e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  51.72 
 
 
212 aa  203  1e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  52.71 
 
 
209 aa  204  1e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.94751e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0931  ribosomal protein L3  52.48 
 
 
215 aa  204  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15696  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  203  2e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  1.33554e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  52.71 
 
 
209 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  2.22247e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  49.25 
 
 
207 aa  203  2e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  8.58376e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  203  2e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.30884e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  50.99 
 
 
219 aa  202  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  52.71 
 
 
209 aa  202  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.63503e-07  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
214 aa  202  4e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  6.7151e-11  hitchhiker  1.66028e-07 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  52.74 
 
 
206 aa  201  5e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  2.66904e-09  hitchhiker  5.67921e-07 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2966  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
227 aa  201  5e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0816974  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  201  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0981  ribosomal protein L3  50 
 
 
215 aa  201  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.843676  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  201  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  6.36858e-07  unclonable  1.96513e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  201  6e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  201  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  201  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  3.54089e-10  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
212 aa  201  6e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.0724e-08  hitchhiker  1.9855e-09 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23810  LSU ribosomal protein L3P  51.98 
 
 
226 aa  201  7e-51  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3179  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
216 aa  201  8e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  1.28128e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  51.23 
 
 
211 aa  201  8e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  1.65351e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  51.49 
 
 
216 aa  200  1e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.24545e-06  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6721  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
243 aa  200  2e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
212 aa  199  2e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  4.77342e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.0519e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  6.66979e-07  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 
212 aa  199  2e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.58076e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  47.78 
 
 
205 aa  199  2e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  3.09233e-06  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.38592e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  52.24 
 
 
206 aa  200  2e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  4.02835e-07  hitchhiker  3.18342e-09 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.14725e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  51.71 
 
 
212 aa  199  2e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  1.5584e-06  hitchhiker  7.58128e-06 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
211 aa  199  2e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  52.22 
 
 
209 aa  200  2e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.56822e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.74535e-10  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
218 aa  199  3e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  52.22 
 
 
211 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  2.30335e-05  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 
212 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.00962e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 
212 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.33275e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 
212 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46138e-08  unclonable  9.36811e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  52.2 
 
 
212 aa  198  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.39517e-08  hitchhiker  1.8898e-10 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0059  50S ribosomal protein L3  53.69 
 
 
208 aa  198  6e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.58228e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
209 aa  198  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3317  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
214 aa  197  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  4.49005e-07  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>