More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0075 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  100 
 
 
123 aa  248  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  97.56 
 
 
123 aa  241  2e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 
123 aa  236  7e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 
123 aa  226  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
136 aa  221  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1770  30S ribosomal protein S12  96.75 
 
 
123 aa  221  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0593417  normal  0.388424 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
124 aa  219  9e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 
123 aa  218  2e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
127 aa  215  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0659  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
127 aa  216  1e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254594  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
124 aa  214  2e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  84.55 
 
 
123 aa  214  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  1.17432e-05  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2779  ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  214  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0598537  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  86.18 
 
 
123 aa  214  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  213  7e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  213  1e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  212  1e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
125 aa  212  1e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17141  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  212  1e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.387317  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  2e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  3.30783e-07  decreased coverage  1.90944e-21 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16341  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  211  2e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.369961  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  212  2e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17021  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  211  2e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  211  2e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.34966e-11  unclonable  8.17173e-08 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  212  2e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  2.84598e-07 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  212  2e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
128 aa  211  2e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  5.94982e-05  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_004310  BR1238  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  3e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1201  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  211  3e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.449722  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1603  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  210  4e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.373494  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16911  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  210  4e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1833  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
202 aa  210  5e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0567288  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2329  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  210  5e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.96371e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  210  6e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1951  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 
123 aa  210  6e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  1.65732e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0981  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.808535  normal  0.0659851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0210  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  209  7e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000110555  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1425  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  8e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0469141  normal  0.0235591 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1327  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  8e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139307  normal  0.0632073 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1907  30S ribosomal protein S12  82.79 
 
 
123 aa  209  9e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0208943 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0926  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  209  9e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000117239  hitchhiker  0.000768141 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  209  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  2.23739e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0832  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  209  1e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  5.75958e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0511  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
128 aa  209  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.288912  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  209  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08790  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  209  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.762272  normal  0.0106283 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0540  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
128 aa  209  1e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0451  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
127 aa  209  1e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
128 aa  209  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  7.03033e-07  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23611  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  209  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.436727 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
126 aa  209  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
129 aa  209  1e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  1.8595e-11  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1444  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
128 aa  209  1e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0318  ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  208  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  2.92606e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0364  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2118  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  2e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4281  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  208  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  4.73434e-05  unclonable  2.78938e-12 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  3.94059e-07  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  208  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0400  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  209  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  3.78884e-05  normal  0.0709429 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4767  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  208  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0523038  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2435  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  2e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.141919 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06190  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
123 aa  208  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.529309  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  1.11216e-08  hitchhiker  9.29733e-10 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
125 aa  208  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  8.13391e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0714  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
124 aa  208  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  2.49505e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3327  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
125 aa  208  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.716206  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0389  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19521  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
124 aa  208  2e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  208  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2157  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  208  2e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.949049 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0220  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  6.30102e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0290  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  6.38987e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  207  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0323  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  4e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436822  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
125 aa  207  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1077  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 
124 aa  207  4e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
126 aa  207  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 
124 aa  207  4e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  7.86754e-06  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0281  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 
124 aa  207  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.03953e-07  decreased coverage  9.87169e-06 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0355  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
126 aa  207  5e-53  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0704  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  207  5e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  7.38801e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1903  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  207  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120307  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1341  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 
123 aa  207  5e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  3.69822e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1189  ribosomal protein S12  82.93 
 
 
123 aa  206  6e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  9.46839e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  81.3 
 
 
142 aa  206  6e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1660  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 
124 aa  207  6e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.106297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>