211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0065 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
428 aa  880  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  66.28 
 
 
426 aa  574  1e-163  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  42.92 
 
 
416 aa  357  3e-97  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  1.23053e-05  unclonable  1.31367e-05 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  43.71 
 
 
424 aa  345  1e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  44.12 
 
 
439 aa  341  1e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  42.15 
 
 
409 aa  320  4e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.32 
 
 
404 aa  308  1e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.81 
 
 
407 aa  300  4e-80  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  41.85 
 
 
413 aa  295  1e-78  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.38 
 
 
412 aa  293  6e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1710  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.02 
 
 
430 aa  288  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  39.49 
 
 
400 aa  279  6e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0289  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.83 
 
 
401 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.233106 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.08 
 
 
430 aa  245  1e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.31505e-10 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1000  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.01 
 
 
402 aa  234  2e-60  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.768268  hitchhiker  0.00646641 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.05 
 
 
419 aa  206  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.8 
 
 
410 aa  194  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.07 
 
 
420 aa  176  1e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.6 
 
 
424 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.56 
 
 
450 aa  161  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.1 
 
 
422 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  2.27474e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.67 
 
 
421 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.78 
 
 
417 aa  158  2e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.02 
 
 
453 aa  157  4e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.27 
 
 
458 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.6 
 
 
421 aa  154  3e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.57 
 
 
406 aa  154  3e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.44 
 
 
421 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.31 
 
 
426 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.77 
 
 
423 aa  149  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  28.32 
 
 
445 aa  149  1e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.52847e-05 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  26.44 
 
 
424 aa  149  1e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.73 
 
 
427 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  31.37 
 
 
401 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  8.05243e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.86 
 
 
428 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  28.03 
 
 
432 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  26.36 
 
 
429 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  27.05 
 
 
437 aa  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  27.52 
 
 
424 aa  141  3e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.47 
 
 
442 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  3.3121e-15  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  26.61 
 
 
407 aa  138  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.7 
 
 
450 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.87 
 
 
423 aa  137  3e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.41 
 
 
432 aa  137  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  26.32 
 
 
422 aa  135  1e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  29.37 
 
 
419 aa  135  2e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.86 
 
 
429 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  26.93 
 
 
442 aa  129  1e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.19 
 
 
442 aa  128  2e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.56 
 
 
430 aa  127  4e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  6.32854e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  27.35 
 
 
405 aa  123  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.88 
 
 
430 aa  122  1e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  27.35 
 
 
429 aa  122  2e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  26.85 
 
 
414 aa  121  2e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.26 
 
 
565 aa  117  3e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.61 
 
 
448 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.71 
 
 
449 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.11 
 
 
437 aa  117  4e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.89 
 
 
400 aa  117  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  26.12 
 
 
438 aa  116  6e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  27.94 
 
 
446 aa  116  8e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  27.3 
 
 
414 aa  116  9e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.52 
 
 
430 aa  116  9e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.55 
 
 
448 aa  115  1e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.82 
 
 
450 aa  115  2e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.94 
 
 
449 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.68 
 
 
429 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  9.28224e-08  hitchhiker  1.30731e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.46 
 
 
450 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  3.12339e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.23 
 
 
459 aa  114  4e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.61 
 
 
450 aa  113  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.94 
 
 
449 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.69798e-10 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.94 
 
 
449 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.94 
 
 
449 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2203  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.63 
 
 
422 aa  113  7e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.92236  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.42 
 
 
449 aa  112  9e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.45 
 
 
364 aa  112  1e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.08 
 
 
451 aa  112  1e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.27 
 
 
450 aa  111  2e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.43 
 
 
488 aa  111  2e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  25.64 
 
 
464 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  4.17169e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  27.29 
 
 
432 aa  109  9e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4491  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.81 
 
 
441 aa  107  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.96 
 
 
427 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.06 
 
 
401 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5803  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.43 
 
 
432 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  27.12 
 
 
415 aa  104  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.68 
 
 
452 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  1.48311e-07  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  24.12 
 
 
463 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4378  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.47 
 
 
441 aa  103  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.335616  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.47 
 
 
441 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6026  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.86 
 
 
431 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.18 
 
 
451 aa  100  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  5.21115e-07  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.38 
 
 
422 aa  100  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.81 
 
 
415 aa  99.8  8e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.84 
 
 
444 aa  99  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.88 
 
 
417 aa  98.6  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.34 
 
 
405 aa  97.8  3e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  24.52 
 
 
432 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.38 
 
 
415 aa  97.4  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.95 
 
 
446 aa  96.7  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>