280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0051 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  100 
 
 
264 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
252 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
270 aa  92  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  34.33 
 
 
258 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 
251 aa  89  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  33.91 
 
 
260 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 
258 aa  87.4  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  33.48 
 
 
260 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
258 aa  79.3  5e-14  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  3.42463e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.47 
 
 
262 aa  77.4  2e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  26.15 
 
 
270 aa  77  3e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
265 aa  77  3e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  27.71 
 
 
272 aa  75.5  8e-13  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  24.9 
 
 
274 aa  75.5  8e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  27.89 
 
 
274 aa  74.7  1e-12  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
274 aa  75.1  1e-12  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
262 aa  74.7  1e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 
264 aa  74.7  1e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  27 
 
 
259 aa  73.9  2e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
272 aa  73.2  4e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  26.94 
 
 
272 aa  73.2  4e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
274 aa  73.2  4e-12  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 
274 aa  73.2  4e-12  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
272 aa  72.8  5e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.62274e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  26.25 
 
 
251 aa  72  9e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.06 
 
 
255 aa  71.6  1e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4742  hypothetical protein  33.01 
 
 
250 aa  72  1e-11  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177685  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  28.15 
 
 
264 aa  71.2  1e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
262 aa  71.6  1e-11  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  29.11 
 
 
255 aa  70.9  2e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  31.06 
 
 
262 aa  70.9  2e-11  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  28.25 
 
 
264 aa  70.1  3e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  29.38 
 
 
262 aa  70.1  3e-11  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  28.7 
 
 
264 aa  70.1  3e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  27.83 
 
 
247 aa  69.3  6e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.79 
 
 
243 aa  69.3  7e-11  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 
247 aa  68.9  8e-11  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  25 
 
 
273 aa  68.6  9e-11  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  26.17 
 
 
250 aa  68.2  1e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  26.79 
 
 
262 aa  68.2  1e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  32.52 
 
 
250 aa  68.6  1e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
271 aa  67.8  2e-10  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 
262 aa  67.8  2e-10  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  24.24 
 
 
303 aa  67.4  2e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
241 aa  67.8  2e-10  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  26.7 
 
 
264 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  26.7 
 
 
264 aa  67  3e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.78583e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  26.7 
 
 
264 aa  66.6  4e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  26.7 
 
 
264 aa  66.2  5e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.33475e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0619  hypothetical protein  25.11 
 
 
248 aa  64.7  1e-09  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.566502  normal  0.917839 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.9 
 
 
1055 aa  64.3  2e-09  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.69 
 
 
264 aa  64.3  2e-09  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0482  hypothetical protein  21.82 
 
 
258 aa  63.9  2e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
275 aa  63.5  3e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5716  hypothetical protein  32.44 
 
 
258 aa  63.5  3e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  23.38 
 
 
253 aa  63.9  3e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 
269 aa  63.9  3e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65870  hypothetical protein  32.44 
 
 
258 aa  63.9  3e-09  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 
295 aa  63.2  4e-09  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  27.72 
 
 
298 aa  62.4  7e-09  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 
253 aa  62.4  8e-09  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  27.27 
 
 
255 aa  62  8e-09  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
270 aa  62  9e-09  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  25.28 
 
 
259 aa  62  9e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  7.8049e-05 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4250  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.89 
 
 
251 aa  61.6  1e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190529 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 
457 aa  62  1e-08  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  22.89 
 
 
322 aa  61.6  1e-08  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  26.87 
 
 
254 aa  61.6  1e-08  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.02 
 
 
266 aa  61.6  1e-08  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  27.55 
 
 
260 aa  61.2  2e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  23.53 
 
 
263 aa  61.2  2e-08  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  27.35 
 
 
248 aa  61.2  2e-08  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 
253 aa  60.1  3e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  27.07 
 
 
297 aa  60.5  3e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
266 aa  59.3  6e-08  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67840  putative ABC-type amino acid transporter  24.26 
 
 
251 aa  58.9  8e-08  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.288914 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1179  extracellular solute-binding protein family 3  25.37 
 
 
385 aa  58.9  8e-08  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0461  hypothetical protein  20.91 
 
 
257 aa  58.9  8e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5872  hypothetical protein  24.26 
 
 
251 aa  58.9  8e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  24.36 
 
 
288 aa  58.5  1e-07  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  25.93 
 
 
264 aa  58.5  1e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.78 
 
 
253 aa  58.2  1e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2682  ABC transporter  26.11 
 
 
235 aa  58.2  1e-07  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.76928 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0485  hypothetical protein  20.91 
 
 
257 aa  58.2  1e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3188  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  27.39 
 
 
228 aa  57.8  2e-07  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  25.46 
 
 
264 aa  57.4  2e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  25.93 
 
 
264 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
266 aa  58.2  2e-07  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  24.79 
 
 
265 aa  57.4  2e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25 
 
 
253 aa  57.8  2e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.24 
 
 
245 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.42 
 
 
265 aa  57.8  2e-07  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  25.66 
 
 
243 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4251  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.52 
 
 
244 aa  57.8  2e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3858  hypothetical protein  21.66 
 
 
257 aa  57  3e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 
266 aa  57.4  3e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5873  hypothetical protein  24.02 
 
 
250 aa  57  3e-07  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  28.37 
 
 
269 aa  57  3e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  25.09 
 
 
286 aa  57  3e-07  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4249  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 
251 aa  57.4  3e-07  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>