More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0042 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0042  diguanylate cyclase  100 
 
 
382 aa  750  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  28.53 
 
 
389 aa  143  5e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  1.23921e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  39.39 
 
 
385 aa  143  6e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.68 
 
 
550 aa  139  6e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  45.71 
 
 
563 aa  138  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
582 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 
457 aa  138  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  34.07 
 
 
397 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.37 
 
 
525 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  45.29 
 
 
247 aa  135  8e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.49 
 
 
680 aa  135  8e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.93 
 
 
455 aa  135  8e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.44 
 
 
457 aa  135  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 
531 aa  134  2e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  48.3 
 
 
758 aa  133  4e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  34.02 
 
 
409 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 
594 aa  132  1e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.94 
 
 
493 aa  131  2e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.35 
 
 
525 aa  131  2e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.2 
 
 
355 aa  131  2e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  5.95067e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  40 
 
 
172 aa  130  3e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  7.25118e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  41.76 
 
 
454 aa  130  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.7 
 
 
314 aa  130  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  42.29 
 
 
400 aa  130  4e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.49 
 
 
1032 aa  130  5e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  43.53 
 
 
323 aa  129  6e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  32.05 
 
 
411 aa  129  7e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  42.86 
 
 
415 aa  129  7e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
495 aa  129  7e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 
493 aa  129  9e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  43.78 
 
 
411 aa  128  1e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.1 
 
 
578 aa  128  1e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 
314 aa  128  2e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
227 aa  128  2e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  44.1 
 
 
461 aa  128  2e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.56 
 
 
457 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
380 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  41.95 
 
 
385 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.38 
 
 
548 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  40.56 
 
 
457 aa  127  4e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0546  diguanylate cyclase  43.94 
 
 
499 aa  127  4e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  42.54 
 
 
400 aa  127  4e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.25 
 
 
632 aa  127  4e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.1 
 
 
512 aa  127  4e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
523 aa  126  5e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
226 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 
328 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.68 
 
 
730 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0219  diguanylate cyclase  36.78 
 
 
303 aa  126  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  42.77 
 
 
609 aa  126  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.77 
 
 
384 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.12 
 
 
532 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 
485 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  43.75 
 
 
312 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  43.9 
 
 
623 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.18 
 
 
459 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  37.16 
 
 
237 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 
342 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.94 
 
 
309 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0892  diguanylate cyclase  47.88 
 
 
553 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.16 
 
 
411 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.02 
 
 
469 aa  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
493 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.8 
 
 
335 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 
353 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.0214e-05  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  43.83 
 
 
569 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.95 
 
 
487 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  36.21 
 
 
312 aa  124  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  36.96 
 
 
571 aa  124  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  37.72 
 
 
640 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  39.7 
 
 
502 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  32.47 
 
 
485 aa  124  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  1.77476e-06 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7417  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
457 aa  124  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196799  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  44.97 
 
 
574 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.17 
 
 
624 aa  123  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 
312 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
1774 aa  123  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 
342 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  41.48 
 
 
332 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  41.88 
 
 
525 aa  123  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  38.95 
 
 
1346 aa  123  5e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.78 
 
 
328 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
764 aa  123  6e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
510 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  41.04 
 
 
1079 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.08 
 
 
422 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.91935e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.65 
 
 
220 aa  123  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
510 aa  123  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  42.5 
 
 
532 aa  123  6e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  42.51 
 
 
369 aa  123  7e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
764 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.2 
 
 
312 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  6.33587e-07 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.01 
 
 
492 aa  122  8e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  36.09 
 
 
357 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
794 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.12 
 
 
310 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  38.86 
 
 
510 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  39.11 
 
 
430 aa  122  9e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
366 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  44.44 
 
 
388 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>