More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0032 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0032  diguanylate cyclase  100 
 
 
578 aa  1146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.183562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.95 
 
 
820 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  30.71 
 
 
737 aa  103  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.63 
 
 
876 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.61 
 
 
523 aa  100  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.1 
 
 
876 aa  100  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.1 
 
 
876 aa  100  6e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0759  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 
718 aa  100  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0407  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 
873 aa  100  8e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0669941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 
876 aa  100  9e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08240  GGDEF domain protein  28.32 
 
 
448 aa  100  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2499  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.5 
 
 
615 aa  100  9e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0730388  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  41.86 
 
 
434 aa  100  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  42.65 
 
 
937 aa  99.8  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  39.76 
 
 
604 aa  99  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3041  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.97 
 
 
691 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00734608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.78 
 
 
882 aa  99  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.78 
 
 
882 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
891 aa  99  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  39.74 
 
 
1117 aa  99.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  34.78 
 
 
882 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.61 
 
 
877 aa  97.1  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1046  putative diguanylate cyclase  40.72 
 
 
559 aa  97.1  8e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.25674  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  45.64 
 
 
601 aa  97.1  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  35.76 
 
 
297 aa  96.7  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  37.57 
 
 
937 aa  97.1  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  35.16 
 
 
434 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  41.91 
 
 
937 aa  96.7  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.63 
 
 
1061 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.52 
 
 
873 aa  96.3  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
614 aa  95.1  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3151  histidine kinase  30.43 
 
 
741 aa  95.5  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.105074  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3669  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 
432 aa  95.1  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  35.07 
 
 
435 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
955 aa  95.1  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
923 aa  95.5  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
290 aa  95.1  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  35.67 
 
 
874 aa  95.1  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  35.03 
 
 
292 aa  95.1  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  40.51 
 
 
472 aa  94.7  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.3 
 
 
768 aa  94.7  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  39.07 
 
 
932 aa  94.7  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  31.05 
 
 
908 aa  94.4  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
603 aa  94.4  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  41.91 
 
 
937 aa  94.4  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3466  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 
1362 aa  94  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185791  normal  0.474676 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.05 
 
 
1032 aa  94  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  42 
 
 
1105 aa  94  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  39.46 
 
 
941 aa  94  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  42 
 
 
1105 aa  94  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  42 
 
 
1105 aa  94  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1803  diguanylate cyclase  34.35 
 
 
519 aa  93.6  9e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00715144  normal  0.974304 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42 
 
 
1105 aa  93.6  9e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  42 
 
 
1105 aa  93.6  9e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  42 
 
 
1105 aa  93.6  9e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.29 
 
 
1059 aa  93.2  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1829  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.61 
 
 
754 aa  93.2  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  1.10456e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.01 
 
 
467 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  42 
 
 
1105 aa  93.6  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  37.42 
 
 
604 aa  92.8  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  39.73 
 
 
928 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  47.37 
 
 
882 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.16 
 
 
716 aa  92.4  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.91 
 
 
693 aa  92  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.29 
 
 
892 aa  92.4  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  31.6 
 
 
1006 aa  92  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  31.54 
 
 
951 aa  92  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3265  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 
862 aa  92  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00136665  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.27 
 
 
928 aa  91.7  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  40.43 
 
 
443 aa  92  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1137  diguanylate cyclase  41.51 
 
 
721 aa  92  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0306516  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0495  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.02 
 
 
907 aa  92  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.128556 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2709  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.91 
 
 
873 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.602276 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.03 
 
 
832 aa  91.7  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726032  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0631  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
450 aa  92  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  29.74 
 
 
702 aa  91.7  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.56 
 
 
1327 aa  91.3  4e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3043  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.87 
 
 
738 aa  91.7  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0109423  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3258  sensory box protein  30.61 
 
 
1206 aa  91.7  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0064  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.76 
 
 
803 aa  91.3  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.59154e-21 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2828  diguanylate cyclase  25.33 
 
 
400 aa  91.7  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.238138  normal  0.24996 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0508  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.46 
 
 
917 aa  91.3  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0729931 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3241  diguanylate cyclase  32.51 
 
 
572 aa  91.7  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0306  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.5 
 
 
882 aa  91.3  4e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.212751  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0487  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
363 aa  91.7  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.468611  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  43.79 
 
 
1093 aa  91.3  5e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1557  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
292 aa  90.9  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.24573  hitchhiker  8.80766e-10 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.44 
 
 
1289 aa  90.9  5e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02626  GGDEF/EAL domain protein  33.48 
 
 
684 aa  90.9  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0230406  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5615  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.64 
 
 
1059 aa  90.9  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.635734  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 
583 aa  90.9  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  38.32 
 
 
360 aa  90.9  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  39.04 
 
 
912 aa  90.9  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  2.44551e-07 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
954 aa  90.5  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
585 aa  90.9  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.13 
 
 
687 aa  90.5  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.25746  normal  0.789676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.23 
 
 
867 aa  90.5  8e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.81451  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.46 
 
 
442 aa  90.5  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.17 
 
 
681 aa  90.5  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  38.36 
 
 
928 aa  90.5  8e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>