More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0011 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0011  serine dehydratase alpha chain  100 
 
 
459 aa  918  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204845 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1086  serine dehydratase alpha chain  70.12 
 
 
502 aa  633  1e-180  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.787533 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2251  serine dehydratase alpha chain  55.41 
 
 
454 aa  436  1e-121  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.472865  normal  0.778553 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2740  serine dehydratase alpha chain  50.22 
 
 
460 aa  431  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  1.27179e-05  hitchhiker  4.03127e-07 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  45.28 
 
 
460 aa  331  2e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  45.53 
 
 
529 aa  330  5e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  45.15 
 
 
461 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  45.78 
 
 
461 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  45.78 
 
 
461 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  44.51 
 
 
468 aa  324  2e-87  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  46.65 
 
 
458 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  45.15 
 
 
461 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  43.07 
 
 
458 aa  323  4e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  44.85 
 
 
458 aa  323  5e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  43.52 
 
 
458 aa  322  1e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  44.94 
 
 
461 aa  320  4e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  44.94 
 
 
461 aa  320  4e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  45.55 
 
 
455 aa  319  6e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  43.53 
 
 
458 aa  319  8e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  42.62 
 
 
458 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  1.07679e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  43.13 
 
 
458 aa  318  2e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  45.11 
 
 
504 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
504 aa  318  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  45.73 
 
 
462 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  45.73 
 
 
462 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  45.11 
 
 
490 aa  317  3e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  45.11 
 
 
545 aa  317  3e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  43.66 
 
 
457 aa  317  4e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  41.79 
 
 
458 aa  316  6e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  45.7 
 
 
470 aa  315  7e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  41.88 
 
 
458 aa  315  7e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  45.73 
 
 
462 aa  315  8e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  44.44 
 
 
461 aa  315  8e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  41.88 
 
 
458 aa  315  1e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  42.74 
 
 
458 aa  315  1e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  43.55 
 
 
462 aa  315  1e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  43.79 
 
 
464 aa  314  2e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  41.88 
 
 
458 aa  314  2e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  44.21 
 
 
462 aa  315  2e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  45.51 
 
 
462 aa  314  3e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  46.5 
 
 
459 aa  313  3e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  44.09 
 
 
469 aa  313  3e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  43.07 
 
 
458 aa  313  4e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  43.07 
 
 
458 aa  313  4e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  43.07 
 
 
458 aa  313  4e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  43.07 
 
 
458 aa  313  4e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  43.58 
 
 
464 aa  313  5e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  41.45 
 
 
458 aa  313  6e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  46.14 
 
 
458 aa  312  7e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  46.07 
 
 
462 aa  312  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  45.3 
 
 
462 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  44.92 
 
 
459 aa  311  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  44.26 
 
 
472 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  43.83 
 
 
458 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  45.3 
 
 
462 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  45.57 
 
 
458 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  45.38 
 
 
458 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  45.71 
 
 
458 aa  311  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  45.81 
 
 
458 aa  310  3e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  45.4 
 
 
473 aa  310  3e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  45.84 
 
 
460 aa  310  3e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  43.13 
 
 
458 aa  310  4e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  42.83 
 
 
450 aa  310  4e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  46.24 
 
 
457 aa  309  6e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  309  7e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  309  7e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  309  7e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  309  7e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  45.38 
 
 
458 aa  309  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  43.32 
 
 
457 aa  309  9e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  44.56 
 
 
472 aa  308  1e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  45.32 
 
 
463 aa  307  2e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  44.87 
 
 
462 aa  307  2e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  44.49 
 
 
489 aa  307  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  44.89 
 
 
462 aa  307  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  41.95 
 
 
458 aa  306  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  44.85 
 
 
463 aa  306  4e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  44.68 
 
 
462 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  44.63 
 
 
462 aa  305  8e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  41.72 
 
 
458 aa  305  8e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  46.19 
 
 
459 aa  305  8e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  42.98 
 
 
458 aa  305  1e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  43.74 
 
 
467 aa  305  1e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  44.89 
 
 
457 aa  305  1e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  42.27 
 
 
458 aa  305  1e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3038  L-serine ammonia-lyase  45.3 
 
 
459 aa  305  1e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  43.8 
 
 
464 aa  305  1e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  43.8 
 
 
458 aa  304  2e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  41.51 
 
 
458 aa  304  2e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  44.75 
 
 
458 aa  304  3e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  44.54 
 
 
458 aa  303  5e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  44.52 
 
 
457 aa  301  1e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  44.85 
 
 
462 aa  301  1e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  42.61 
 
 
458 aa  301  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  43.74 
 
 
462 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  45.4 
 
 
462 aa  301  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1037  L-serine dehydratase 1  44.35 
 
 
466 aa  299  7e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  41.83 
 
 
455 aa  298  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  41.83 
 
 
455 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>