172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0010 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0010  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
487 aa  978  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0508854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2343  diguanylate phosphodiesterase  43.46 
 
 
431 aa  350  3e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00856181  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3130  diguanylate phosphodiesterase  39.85 
 
 
413 aa  303  5e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3129  diguanylate phosphodiesterase  36.71 
 
 
415 aa  298  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1720  diguanylate phosphodiesterase  41.82 
 
 
412 aa  283  6e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2451  diguanylate phosphodiesterase  41.38 
 
 
423 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.694346  normal  0.603659 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2840  diguanylate phosphodiesterase  37.83 
 
 
403 aa  263  5e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3594  diguanylate phosphodiesterase  34 
 
 
402 aa  226  6e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249356  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1990  diguanylate phosphodiesterase  34.03 
 
 
414 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.973618  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2417  diguanylate phosphodiesterase  30.82 
 
 
411 aa  201  2e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  4.717e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0122  diguanylate phosphodiesterase  31.7 
 
 
400 aa  201  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000715595  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0413  diguanylate phosphodiesterase  29.11 
 
 
397 aa  199  1e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.9399e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0127  hypothetical protein  30.02 
 
 
402 aa  199  1e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2780  diguanylate phosphodiesterase  31.31 
 
 
411 aa  198  2e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.948032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1442  hypothetical protein  31 
 
 
404 aa  195  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.50338e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1729  diguanylate phosphodiesterase  30.82 
 
 
419 aa  194  2e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1937  putative signaling protein  30.52 
 
 
400 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002124  predicted signal transduction protein  31.62 
 
 
407 aa  194  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1073  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
428 aa  194  3e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1852  diguanylate phosphodiesterase  32.26 
 
 
412 aa  194  4e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.12834  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0339  signal transduction protein  31.91 
 
 
409 aa  193  6e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0012225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00298  signal transduction protein  31.16 
 
 
407 aa  193  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3464  EAL domain-containing protein  29.25 
 
 
406 aa  192  8e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.126352  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0322  putative signal transduction protein  31.68 
 
 
403 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1652  diguanylate phosphodiesterase  30.5 
 
 
406 aa  188  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1149  EAL domain-containing protein  30.91 
 
 
411 aa  188  2e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2098  diguanylate phosphodiesterase  28.37 
 
 
405 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03533  EAL domain protein  26.93 
 
 
408 aa  186  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0828  diguanylate phosphodiesterase  32.87 
 
 
413 aa  185  2e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.81779  normal  0.35188 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2383  hypothetical protein  30.07 
 
 
408 aa  184  4e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2174  diguanylate phosphodiesterase  28.34 
 
 
408 aa  184  4e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.120475  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2937  diguanylate phosphodiesterase  32.56 
 
 
411 aa  182  8e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.64133  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0347  diguanylate phosphodiesterase  31.03 
 
 
400 aa  181  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.145586  normal  0.218991 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3300  EAL  31.87 
 
 
417 aa  181  3e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2981  diguanylate phosphodiesterase  28.67 
 
 
412 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0150403  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03534  diguanylate phosphodiesterase  27.44 
 
 
411 aa  180  5e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0852439  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3234  diguanylate phosphodiesterase  29.65 
 
 
408 aa  180  6e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.114779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0920  diguanylate phosphodiesterase  33.49 
 
 
416 aa  178  2e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.135015  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3947  diguanylate phosphodiesterase  27.59 
 
 
413 aa  176  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.103414  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1814  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 
405 aa  176  1e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.877922  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1462  diguanylate phosphodiesterase  29.74 
 
 
405 aa  174  2e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2930  putative signaling protein  27.7 
 
 
406 aa  174  3e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1598  diguanylate phosphodiesterase  31.12 
 
 
411 aa  174  3e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003840  predicted signal transduction protein  28.84 
 
 
404 aa  174  4e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000123266  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2312  diguanylate phosphodiesterase  32.72 
 
 
423 aa  173  6e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0860  diguanylate phosphodiesterase  28.54 
 
 
397 aa  171  2e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2615  diguanylate phosphodiesterase  29.34 
 
 
411 aa  170  4e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1998  diguanylate phosphodiesterase  32.33 
 
 
404 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1612  diguanylate phosphodiesterase  28.97 
 
 
410 aa  168  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0416985  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1268  diguanylate phosphodiesterase  30.23 
 
 
407 aa  168  3e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15473  normal  0.0747469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1938  diguanylate phosphodiesterase  29.11 
 
 
422 aa  167  3e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.818289 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1965  diguanylate phosphodiesterase  28.84 
 
 
413 aa  166  6e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.616321  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3084  putative signal transduction protein  28.12 
 
 
419 aa  167  6e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1497  putative signal transduction protein  29.34 
 
 
414 aa  161  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1693  EAL domain protein  27.76 
 
 
410 aa  151  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5115  diguanylate phosphodiesterase  26.86 
 
 
429 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.959026 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1315  diguanylate phosphodiesterase  27.84 
 
 
449 aa  148  2e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1332  diguanylate phosphodiesterase  28.47 
 
 
424 aa  147  4e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1888  diguanylate phosphodiesterase  24.59 
 
 
400 aa  145  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.61283  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0990  diguanylate phosphodiesterase  26.35 
 
 
431 aa  143  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3736  diguanylate phosphodiesterase  28.67 
 
 
406 aa  142  1e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.03381e-07 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1352  hypothetical protein  24.82 
 
 
411 aa  142  1e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0905  diguanylate phosphodiesterase  26.52 
 
 
431 aa  142  1e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0906  diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 
423 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.3977  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0991  diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 
423 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5114  diguanylate phosphodiesterase  27.51 
 
 
464 aa  136  7e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.488167 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4244  diguanylate phosphodiesterase  29.93 
 
 
428 aa  135  2e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1719  diguanylate phosphodiesterase  26.28 
 
 
448 aa  130  4e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.189633  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2912  diguanylate phosphodiesterase  29.4 
 
 
447 aa  129  9e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.776236 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3785  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 
444 aa  129  2e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.942548  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1571  diguanylate phosphodiesterase  29.97 
 
 
445 aa  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.256124  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1776  diguanylate phosphodiesterase  29.37 
 
 
448 aa  122  1e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.265098  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1316  diguanylate phosphodiesterase  27.21 
 
 
419 aa  122  1e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1476  putative signal transduction protein  22.22 
 
 
403 aa  109  1e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  5.42008e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2882  putative signal transduction protein  24.59 
 
 
397 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.567941  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1384  putative signal transduction protein  29.17 
 
 
463 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1568  diguanylate phosphodiesterase  25.53 
 
 
460 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2159  signal transduction protein  26.28 
 
 
480 aa  97.4  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.140137  normal  0.149553 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2907  signal transduction protein  23.21 
 
 
439 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386149  normal  0.411691 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1779  diguanylate phosphodiesterase  25.33 
 
 
450 aa  94.7  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3725  putative signal transduction protein  31.2 
 
 
378 aa  93.2  8e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0573  hypothetical protein  22.71 
 
 
379 aa  93.2  1e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0056  signal transduction protein  28.21 
 
 
444 aa  92.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.680301  normal  0.542378 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0592  hypothetical protein  22.9 
 
 
379 aa  91.7  3e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2915  diguanylate phosphodiesterase  24.88 
 
 
458 aa  91.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.555808 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4213  EAL  33.66 
 
 
402 aa  81.6  3e-14  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2723  putative signal transduction protein  30.95 
 
 
399 aa  81.6  3e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2717e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4155  putative signal transduction protein  27.89 
 
 
438 aa  80.1  9e-14  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.78127  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3062  signal transduction protein  26.92 
 
 
403 aa  77.8  4e-13  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0202013  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2212  putative signal transduction protein  25.1 
 
 
394 aa  77.8  4e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.566783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0842  signal transduction protein  29.38 
 
 
389 aa  77  7e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0117523 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1201  putative signal transduction protein  22.31 
 
 
406 aa  75.9  1e-12  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2226  diguanylate phosphodiesterase  30.3 
 
 
242 aa  75.5  2e-12  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0863855  hitchhiker  0.00537893 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31360  predicted signal transduction protein containing EAL and modified HD-GYP domains  27.91 
 
 
418 aa  69.3  1e-10  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.041924 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2227  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 
207 aa  67  8e-10  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.118815  hitchhiker  0.00585618 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3112  putative signal transduction protein  29.31 
 
 
413 aa  65.1  2e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3839  putative signal transduction protein  29.31 
 
 
403 aa  64.7  3e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4432  putative signal transduction protein  28.07 
 
 
409 aa  58.5  3e-07  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0622  putative signal transduction protein  26.29 
 
 
430 aa  57  7e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1981  metal dependent phosphohydrolase  40.51 
 
 
280 aa  55.1  3e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>