More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0008 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0008  transcriptional regulator, TraR/DksA family  100 
 
 		 120 aa  241  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0752856 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1083  TraR/DksA family transcriptional regulator  85 
 
 		 120 aa  211  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.700451 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2345  TraR/DksA family transcriptional regulator  84.17 
 
 		 132 aa  206  9e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000283018  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0293  transcriptional regulator, TraR/DksA family  76.67 
 
 		 120 aa  197  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00672458  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1736  transcriptional regulator, TraR/DksA family  68.38 
 
 		 120 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.70977 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0238  transcriptional regulator, TraR/DksA family  60.83 
 
 		 120 aa  151  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 120 aa  136  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1504  TraR/DksA family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 120 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000779378  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  56.03 
 
 		 118 aa  130  6.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  55.17 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0421  TraR/DksA family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 118 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000533151  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.08 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4001  transcriptional regulator, TraR/DksA family  55.08 
 
 		 118 aa  127  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2760  DnaK suppressor protein  52.99 
 
 		 118 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.19847e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0129  TraR/DksA family transcriptional regulator  53.39 
 
 		 118 aa  123  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000014175  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0401  transcriptional regulator, TraR/DksA family  52.59 
 
 		 118 aa  123  8.000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000019993  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  52.59 
 
 		 139 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2447  hypothetical protein  50.86 
 
 		 141 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000244827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1697  transcriptional regulator, TraR/DksA family  50.86 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000137678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 149 aa  110  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3295  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 155 aa  110  9e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0013948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4557  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 257 aa  109  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0072  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 140 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000740961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 140 aa  108  3e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5516  DnaK suppressor protein  45 
 
 		 133 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.596714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4637  TraR/DksA family transcriptional regulator  45 
 
 		 158 aa  106  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.367701  normal  0.092052 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  46.55 
 
 		 152 aa  106  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3835  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 162 aa  105  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.827568 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.55 
 
 		 151 aa  105  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.54 
 
 		 146 aa  106  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4430  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.17 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.61 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 147 aa  104  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1346  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 138 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1113  DnaK suppressor protein DksA  42.5 
 
 		 136 aa  104  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17474  normal  0.305826 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2993  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 		 223 aa  104  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0808  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 165 aa  104  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.841601  normal  0.866362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  44.83 
 
 		 154 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2847  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 138 aa  103  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0799762  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3683  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 281 aa  103  6e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3704  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.83 
 
 		 223 aa  103  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3792  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 140 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0620628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3381  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.83 
 
 		 223 aa  103  7e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3085  TraR/DksA family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 138 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0483117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3036  RNA polymerase-binding protein DksA  45 
 
 		 139 aa  103  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0897126 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3260  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45 
 
 		 139 aa  103  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3387  putative dnaK suppressor protein  41.67 
 
 		 126 aa  102  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.127508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1457  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 164 aa  102  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.969843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0162  hypothetical protein  40.83 
 
 		 228 aa  103  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3438  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 429 aa  103  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.258531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0151479  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4193  TraR/DksA family transcriptional regulator  45 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.414689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0126  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 229 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.209687  normal  0.138319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3227  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45 
 
 		 139 aa  102  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0571  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 		 134 aa  103  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  45.38 
 
 		 143 aa  102  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0114  RNA polymerase-binding protein DksA  41.18 
 
 		 147 aa  102  2e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000001721  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3529  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.33 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0100266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3585  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.845772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  46.43 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  44.83 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  46.43 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4804  TraR/DksA family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 147 aa  101  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.178238  hitchhiker  0.00624661 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  44.83 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3372  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 145 aa  101  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.911345  normal  0.0274052 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1679  transcriptional regulators, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 138 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  44.83 
 
 		 148 aa  101  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3431  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0192  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.426032  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3129  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 147 aa  101  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000056681  normal  0.0353439 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3255  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0387  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2917  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.123295  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0203  RNA polymerase-binding protein DksA  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2172  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.297381  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1132  TraR/DksA family transcriptional regulator  45 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.807192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0166  DnaK suppressor protein  40.83 
 
 		 138 aa  101  4e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.534243  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3170  RNA polymerase-binding, DksA  44.83 
 
 		 147 aa  101  4e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000043315  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3428  TraR/DksA family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  101  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.478863 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1499  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0747562 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3060  TraR/DksA family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 145 aa  100  5e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0497831  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1419  TraR/DksA family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 138 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0906  transcriptional regulator, TraR/DksA family  40.83 
 
 		 207 aa  100  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2671  transcriptional regulator, TraR/DksA family  42.5 
 
 		 137 aa  100  6e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0417031  normal  0.389784 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0874  DnaK suppressor protein  43.97 
 
 		 147 aa  100  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  45.54 
 
 		 145 aa  100  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3128  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000188351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0730  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000697807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3292  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000329302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0872  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.97 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000169398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0849  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000107681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0884  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000326518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3490  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 147 aa  100  7e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000869556  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0879  suppressor protein DksA  42.86 
 
 		 145 aa  100  8e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  46.36 
 
 		 148 aa  100  9e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  43.97 
 
 		 156 aa  99.8  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 147 aa  99.4  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 147 aa  99.8  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>