220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0005 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0005  methyltransferase small  100 
 
 
264 aa  530  1e-149  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125741 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1029  methyltransferase small  66.23 
 
 
240 aa  322  4e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1002  methyltransferase small  56.14 
 
 
240 aa  269  3e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1737  Methyltransferase-16, putative  43.85 
 
 
246 aa  176  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.762946 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0452  methyltransferase type 12  36.48 
 
 
244 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0580  Methyltransferase type 12  30.21 
 
 
233 aa  95.9  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.260933 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1760  hypothetical protein  33.33 
 
 
229 aa  94.7  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1626  hypothetical protein  30.84 
 
 
231 aa  94  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.220792 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0686  Methyltransferase type 12  30.15 
 
 
236 aa  90.1  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0562  methyltransferase type 12  29.13 
 
 
239 aa  89.7  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  32.35 
 
 
235 aa  88.6  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0609  Methyltransferase type 12  28.09 
 
 
235 aa  85.5  9e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1098  methyltransferase small  29.93 
 
 
210 aa  77  3e-13  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391663  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3232  Methyltransferase type 11  32.06 
 
 
218 aa  70.5  3e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.74588  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1383  Methyltransferase type 12  34.06 
 
 
249 aa  69.3  5e-11  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.413132  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  30.84 
 
 
260 aa  68.2  1e-10  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_92828  predicted protein  35.1 
 
 
566 aa  65.5  8e-10  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1764  hypothetical protein  30 
 
 
232 aa  63.2  5e-09  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1914  histidine kinase  30.48 
 
 
221 aa  61.2  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.116894  normal  0.357859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0513  hypothetical protein  26.94 
 
 
220 aa  58.5  1e-07  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0475  hypothetical protein  32.41 
 
 
227 aa  57  3e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0149122 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92077  predicted protein  31.28 
 
 
215 aa  57.4  3e-07  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00026919  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2589  hypothetical protein  26.25 
 
 
240 aa  56.2  5e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.240157 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4036  histidine kinase  24.87 
 
 
221 aa  56.2  5e-07  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  31.21 
 
 
217 aa  55.8  7e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_92679  predicted protein  32.37 
 
 
216 aa  54.7  1e-06  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0828  methyltransferase small  55 
 
 
414 aa  55.1  1e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.267294  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2848  histidine kinase  22.4 
 
 
217 aa  53.5  3e-06  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.531025  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1038  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  28.03 
 
 
244 aa  52.8  6e-06  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3014  hypothetical protein  22.73 
 
 
230 aa  52.8  6e-06  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 
295 aa  52.8  7e-06  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.1349e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 
295 aa  52.4  8e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2435  hypothetical protein  25.64 
 
 
237 aa  51.6  1e-05  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.77423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3267  histidine kinase  27.86 
 
 
219 aa  51.6  1e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3309  histidine kinase  27.86 
 
 
219 aa  51.6  1e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2861  histidine kinase  26 
 
 
219 aa  52  1e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0824  methyltransferase type 12  32.19 
 
 
200 aa  52  1e-05  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3445  histidine kinase  27.86 
 
 
219 aa  51.6  1e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00303754 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1100  histidine kinase  27.86 
 
 
219 aa  51.6  1e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.04684e-09 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.99 
 
 
293 aa  50.8  2e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_35002  predicted protein  41.54 
 
 
302 aa  51.2  2e-05  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.353104  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
293 aa  51.2  2e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  30.13 
 
 
217 aa  50.4  3e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_16816  predicted protein  27.91 
 
 
669 aa  50.4  3e-05  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  decreased coverage  0.000655212 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.38 
 
 
293 aa  50.4  3e-05  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2955  hypothetical protein  28.57 
 
 
237 aa  50.4  3e-05  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0919903  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2494  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.89 
 
 
308 aa  50.4  3e-05  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00440175  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3049  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.23 
 
 
418 aa  49.7  4e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3206  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.23 
 
 
428 aa  50.1  4e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 
295 aa  50.1  4e-05  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1314  Cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.23 
 
 
428 aa  50.1  4e-05  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.393675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4470  methyltransferase small  41.94 
 
 
223 aa  50.1  4e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.820054 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  34.48 
 
 
318 aa  50.1  4e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3063  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.23 
 
 
418 aa  50.1  4e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.13 
 
 
306 aa  50.1  4e-05  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.91055e-05  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 
295 aa  49.7  5e-05  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2709  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  26.23 
 
 
417 aa  49.7  5e-05  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.443104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15760  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.3 
 
 
232 aa  49.7  5e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.13 
 
 
293 aa  49.7  5e-05  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.2526e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.13 
 
 
293 aa  49.7  5e-05  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07230  methylase of polypeptide chain release factors  39.08 
 
 
227 aa  49.7  5e-05  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.242391  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.29 
 
 
293 aa  49.7  5e-05  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
302 aa  49.3  6e-05  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.38 
 
 
293 aa  49.7  6e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.38 
 
 
293 aa  49.7  6e-05  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.38 
 
 
293 aa  49.7  6e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.21 
 
 
299 aa  49.3  6e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1171  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  28.8 
 
 
418 aa  48.9  8e-05  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5354  hypothetical protein  31.34 
 
 
216 aa  48.9  8e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190586  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0092  ribosomal protein L11 methyltransferase  27.4 
 
 
292 aa  48.9  8e-05  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1170  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  28.8 
 
 
418 aa  48.9  9e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.513218  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.86 
 
 
295 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0173  ribosomal protein L3 N-methyltransferase  38.03 
 
 
303 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.18041  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3281  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1241  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  28 
 
 
418 aa  48.1  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101333  normal  0.895253 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0352  protein-(glutamine-N5) methyltransferase, ribosomal protein L3-specific  38.03 
 
 
303 aa  48.5  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.576834  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1958  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  29.55 
 
 
232 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.937117  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2503  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1283  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0822  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  37.36 
 
 
306 aa  48.1  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.608394  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0253  hypothetical protein  26.12 
 
 
220 aa  48.5  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3502  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3467  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0424  ribosomal protein L11 methyltransferase  26.39 
 
 
300 aa  48.5  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0780  methyltransferase  35.59 
 
 
382 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00897963  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0211  Methyltransferase type 12  33.09 
 
 
214 aa  47.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.873381  normal 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_40967  predicted protein  34.31 
 
 
458 aa  47.4  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.86 
 
 
295 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23220  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.79 
 
 
232 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0574161  hitchhiker  0.00443225 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1236  N5-glutamine S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase  40.28 
 
 
303 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.343931  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3379  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  28.8 
 
 
418 aa  47  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.31 
 
 
316 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0108  Methyltransferase type 11  33.64 
 
 
363 aa  47.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.082076  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  25 
 
 
293 aa  47.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0803  methyltransferase small  38.98 
 
 
264 aa  47  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1730  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  31.16 
 
 
237 aa  47.4  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00224217 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0273  16S RNA G1207 methylase RsmC  28.57 
 
 
211 aa  47  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3193  methyltransferase small  42.19 
 
 
390 aa  46.6  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.455241 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45331  predicted protein  35.82 
 
 
340 aa  46.6  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0689578  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2186  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  28.47 
 
 
239 aa  46.6  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0852291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>