More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0003 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2317  AMP-binding protein  75.69 
 
 
549 aa  848    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0975464  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0818  AMP-dependent synthetase and ligase  67.15 
 
 
549 aa  768    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0109  AMP-dependent synthetase and ligase  66.3 
 
 
546 aa  747    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.822792  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0993  AMP-dependent synthetase and ligase  81.2 
 
 
551 aa  921    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.058663  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0003  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
557 aa  1140    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0974739 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0494  AMP-dependent synthetase and ligase  52.45 
 
 
552 aa  602  1.0000000000000001e-171  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0551  AMP-dependent synthetase and ligase  51.82 
 
 
554 aa  604  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0114354  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1399  AMP-dependent synthetase and ligase  49.73 
 
 
559 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561071  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0520  AMP-dependent synthetase and ligase  49.82 
 
 
559 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  52.29 
 
 
567 aa  580  1e-164  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0317  AMP-dependent synthetase and ligase  49.64 
 
 
559 aa  581  1e-164  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2172  AMP-binding protein  50.09 
 
 
559 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.69843 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0592  AMP-dependent synthetase and ligase  51.18 
 
 
555 aa  569  1e-161  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.132883 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1835  AMP-dependent synthetase and ligase  51.93 
 
 
571 aa  570  1e-161  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0537163 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0155  AMP-dependent synthetase and ligase  50.18 
 
 
627 aa  571  1e-161  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1242  acetyl-CoA synthetase  52.74 
 
 
557 aa  567  1e-160  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0844  hypothetical protein  50.46 
 
 
586 aa  567  1e-160  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.765159  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1151  AMP-dependent synthetase and ligase  51.36 
 
 
566 aa  558  1e-157  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2392  AMP-dependent synthetase and ligase  48.05 
 
 
616 aa  553  1e-156  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.971604 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1682  AMP-dependent synthetase and ligase  47.67 
 
 
609 aa  548  1e-154  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1469  AMP-dependent synthetase and ligase  47.64 
 
 
559 aa  538  9.999999999999999e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.447504  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1681  AMP-dependent synthetase and ligase  49.27 
 
 
555 aa  537  1e-151  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.89042  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0608  AMP-dependent synthetase and ligase  48.96 
 
 
534 aa  538  1e-151  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00970947  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1834  AMP-dependent synthetase and ligase  47.71 
 
 
552 aa  528  1e-149  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0992498 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1701  AMP-dependent synthetase and ligase  48.91 
 
 
557 aa  520  1e-146  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.902342  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1256  hypothetical protein  47.64 
 
 
563 aa  519  1e-146  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.956309  normal  0.567013 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07940  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  47.1 
 
 
594 aa  518  1.0000000000000001e-145  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.190116 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  46.56 
 
 
593 aa  517  1.0000000000000001e-145  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0040  AMP-binding protein  45.99 
 
 
550 aa  506  9.999999999999999e-143  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0957157  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17330  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  47.19 
 
 
582 aa  506  9.999999999999999e-143  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.296873  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17560  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  43.17 
 
 
589 aa  497  1e-139  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.208235  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4371  AMP-dependent synthetase and ligase  48.78 
 
 
528 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2531  AMP-dependent synthetase and ligase  43.57 
 
 
537 aa  429  1e-119  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1162  AMP-dependent synthetase and ligase  43.43 
 
 
563 aa  416  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.354451  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3170  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 
567 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4255  AMP-dependent synthetase and ligase  42.75 
 
 
565 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4143  AMP-dependent synthetase and ligase  42.75 
 
 
565 aa  402  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267383  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05310  acetyl-coenzyme A synthetase  43.73 
 
 
562 aa  401  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.366721 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0715  AMP-dependent synthetase and ligase  43.01 
 
 
609 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.54994 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5324  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
568 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00235844  normal  0.0342264 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3405  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
568 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.116321  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4962  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
568 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.461936  normal  0.441229 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0343  putative acetyl-coenzyme A synthetase  44.22 
 
 
571 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.624222  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2619  AMP-dependent synthetase and ligase  42.26 
 
 
568 aa  395  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.987136  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2586  AMP-dependent synthetase and ligase  41.35 
 
 
566 aa  399  1e-109  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.151835 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3071  AMP-dependent synthetase and ligase  43.72 
 
 
559 aa  398  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0361132  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3657  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 
568 aa  397  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.920641 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4903  AMP-dependent synthetase and ligase  41.99 
 
 
568 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.266774  normal  0.0797319 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01140  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  41.45 
 
 
550 aa  394  1e-108  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0408192  normal  0.80946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2275  AMP-dependent synthetase and ligase  44.08 
 
 
555 aa  393  1e-108  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.805584  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2800  AMP-dependent synthetase and ligase  41.89 
 
 
568 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4384  AMP-dependent synthetase and ligase  41.8 
 
 
568 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6529  normal  0.0709193 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2705  AMP-dependent synthetase and ligase  41.89 
 
 
568 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.050202  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0701  AMP-dependent synthetase and ligase  42.54 
 
 
576 aa  389  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0883  AMP-dependent synthetase and ligase  44.34 
 
 
560 aa  390  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3573  putative AMP-binding protein  42.1 
 
 
574 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0827  AMP-binding enzyme  43.76 
 
 
567 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2179  AMP-binding enzyme  43.76 
 
 
567 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1802  AMP-binding enzyme  43.95 
 
 
567 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.228659  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0919  AMP-binding enzyme  43.76 
 
 
567 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.210006  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15890  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  41.51 
 
 
587 aa  384  1e-105  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000158213  normal  0.0863462 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4026  AMP-dependent synthetase and ligase  42.64 
 
 
569 aa  385  1e-105  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4087  AMP-dependent synthetase and ligase  43.33 
 
 
564 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.201784  normal  0.138033 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3974  AMP-dependent synthetase and ligase  43.33 
 
 
564 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.136654  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05571  acetyl-coenzyme A synthetase  42.1 
 
 
567 aa  381  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537353  normal  0.230746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2808  putative acetyl-coenzyme A synthetase  42.62 
 
 
581 aa  380  1e-104  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4866  AMP-dependent synthetase and ligase  43.12 
 
 
565 aa  372  1e-102  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122937  normal  0.186116 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4525  AMP-dependent synthetase and ligase  43.85 
 
 
565 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.571943  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4438  AMP-dependent synthetase and ligase  43.85 
 
 
565 aa  372  1e-102  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.799628  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4819  AMP-dependent synthetase and ligase  43.65 
 
 
565 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5743  putative acetate-CoA ligase  40.25 
 
 
567 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  41.36 
 
 
573 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.123922  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2378  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 
567 aa  365  1e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.900828  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1564  AMP-dependent synthetase and ligase  43.1 
 
 
566 aa  364  2e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0433  AMP-dependent synthetase and ligase  39.96 
 
 
580 aa  364  2e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2842  AMP-dependent synthetase and ligase  42.31 
 
 
566 aa  363  4e-99  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5127  AMP-dependent synthetase and ligase  41.17 
 
 
568 aa  363  6e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.46532 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3780  AMP-dependent synthetase and ligase  40.11 
 
 
577 aa  362  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.97917 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3934  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 
573 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2396  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 
556 aa  358  9.999999999999999e-98  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0683421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3582  putative acetyl-CoA synthetase  39.67 
 
 
576 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.235263 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2123  AMP-dependent synthetase and ligase  40.07 
 
 
572 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500205  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2555  AMP-dependent synthetase and ligase  39.93 
 
 
577 aa  358  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1085  AMP-binding enzyme  40.52 
 
 
563 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.622614  normal  0.01656 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  41.43 
 
 
567 aa  355  1e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0429  AMP-dependent synthetase and ligase  39.31 
 
 
572 aa  354  2e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.312463  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02890  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  40.82 
 
 
593 aa  353  4e-96  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5649  AMP-dependent synthetase and ligase  42.2 
 
 
563 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3090  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 
576 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.145452 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3298  AMP-dependent synthetase and ligase  39.71 
 
 
573 aa  351  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373155  normal  0.115913 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1187  AMP-dependent synthetase and ligase  42.16 
 
 
562 aa  350  5e-95  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2716  AMP-dependent synthetase and ligase  38.16 
 
 
530 aa  348  2e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1456  AMP-dependent synthetase and ligase  41.19 
 
 
548 aa  348  2e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0723  AMP-dependent synthetase and ligase  39.22 
 
 
530 aa  346  6e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4754  putative acetyl-CoA synthetase  37.15 
 
 
528 aa  344  2e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22620  acyl-CoA synthetase/AMP-acid ligase  41.7 
 
 
594 aa  343  2.9999999999999997e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4389  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  36.96 
 
 
528 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4781  acetyl-CoA synthetase, putative  37.38 
 
 
522 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0669  AMP-dependent synthetase and ligase  38.69 
 
 
560 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4379  acetate--CoA ligase (acetyl-Co A synthetase)  36.77 
 
 
528 aa  337  5e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>