More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0002 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0002  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
184 aa  377  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.138514 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  81.42 
 
 
186 aa  306  1e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  78.33 
 
 
188 aa  290  6e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  63.19 
 
 
186 aa  238  3e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  60.11 
 
 
184 aa  216  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0495  transcriptional regulator, XRE family  43.82 
 
 
184 aa  152  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  41.24 
 
 
183 aa  152  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1398  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 
184 aa  145  4e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.365461  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0521  cupin 2 domain-containing protein  40.45 
 
 
184 aa  145  5e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0316  cupin 2 domain-containing protein  39.33 
 
 
184 aa  143  1e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0587  cupin 2 domain-containing protein  39.56 
 
 
184 aa  143  2e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1468  transcriptional regulator, XRE family  39.55 
 
 
182 aa  142  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0100935  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0609  cupin sensor transcriptional regulator  36.26 
 
 
184 aa  139  2e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.176567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1243  transcriptional regulator  39.67 
 
 
184 aa  138  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2171  transcriptional regulator  37.7 
 
 
184 aa  135  2e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.809699 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  37.85 
 
 
182 aa  133  2e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1709  transcriptional regulator, XRE family  38.04 
 
 
193 aa  130  1e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17550  putative transcriptional regulator with cupin domain  39.47 
 
 
200 aa  129  2e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0466174  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17340  cupin domain-containing protein  33.71 
 
 
186 aa  118  6e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224659  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07930  cupin domain-containing protein  35.56 
 
 
194 aa  116  1e-25  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.211936  normal  0.409576 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1702  transcriptional regulator, XRE family  35.03 
 
 
183 aa  109  2e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 
192 aa  101  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  30.6 
 
 
187 aa  95.9  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  32.04 
 
 
192 aa  92.8  2e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 
187 aa  90.5  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  5.92797e-06 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
192 aa  90.5  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  29.51 
 
 
187 aa  89.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1819  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 
191 aa  89.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0201582  normal  0.3413 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 
187 aa  87  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  8.27128e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  30.98 
 
 
204 aa  86.7  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
192 aa  85.5  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
188 aa  85.5  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0311  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 
179 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02750  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 
179 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.549892  normal  0.0746214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1309  transcriptional regulator  31.64 
 
 
180 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
192 aa  84  1e-15  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.28 
 
 
192 aa  84.3  1e-15  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1444  cupin 2 domain-containing protein  27.42 
 
 
192 aa  83.2  2e-15  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 
212 aa  82.8  3e-15  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 
192 aa  82.8  3e-15  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
188 aa  81.6  5e-15  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2732  XRE family transcriptional regulator  31.21 
 
 
180 aa  81.3  7e-15  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  30.05 
 
 
188 aa  81.3  8e-15  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  30.68 
 
 
180 aa  80.9  1e-14  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 
180 aa  80.1  2e-14  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  29.61 
 
 
180 aa  76.6  2e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 
180 aa  76.6  2e-13  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0311  cupin 2 domain-containing protein  27.68 
 
 
189 aa  75.9  3e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 
187 aa  76.3  3e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  29.59 
 
 
212 aa  75.9  3e-13  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  27.38 
 
 
189 aa  76.3  3e-13  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  32.56 
 
 
218 aa  76.3  3e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0869  XRE family transcriptional regulator  28.8 
 
 
209 aa  76.3  3e-13  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 
180 aa  75.9  3e-13  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 
180 aa  75.9  3e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 
180 aa  75.5  4e-13  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
180 aa  75.1  5e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.49 
 
 
182 aa  72.8  3e-12  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  28.81 
 
 
187 aa  72.8  3e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
220 aa  72.8  3e-12  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 
200 aa  72.4  3e-12  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  28.81 
 
 
187 aa  72.4  4e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  28.81 
 
 
187 aa  72.4  4e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3151  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.13 
 
 
503 aa  72  4e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  29.31 
 
 
196 aa  72  5e-12  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.06175e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  26.78 
 
 
188 aa  71.6  6e-12  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1110  Phosphate butyryltransferase  29.76 
 
 
503 aa  71.6  6e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  27.96 
 
 
197 aa  71.2  8e-12  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  2.44144e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  27.98 
 
 
197 aa  70.1  2e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  26.7 
 
 
219 aa  70.1  2e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1559  transcriptional regulator, XRE family  31.14 
 
 
262 aa  70.1  2e-11  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 
182 aa  69.7  2e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.09 
 
 
189 aa  70.1  2e-11  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
213 aa  70.1  2e-11  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 
199 aa  69.7  2e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  28.25 
 
 
187 aa  69.3  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  28.25 
 
 
187 aa  69.3  3e-11  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  28.25 
 
 
187 aa  69.3  3e-11  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 
199 aa  69.3  3e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  28.25 
 
 
187 aa  69.3  3e-11  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  27.44 
 
 
182 aa  69.3  3e-11  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  27.01 
 
 
219 aa  69.3  3e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  26.74 
 
 
215 aa  68.6  5e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  6.22832e-05  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  28.65 
 
 
196 aa  67.8  8e-11  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5085  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 
251 aa  67.4  1e-10  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00667568  normal  0.553791 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  28.49 
 
 
208 aa  67.4  1e-10  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  30.36 
 
 
189 aa  67.4  1e-10  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
182 aa  66.2  2e-10  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  26.99 
 
 
184 aa  66.6  2e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 
189 aa  66.6  2e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  26.99 
 
 
182 aa  66.2  3e-10  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  27.03 
 
 
224 aa  65.9  3e-10  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.98 
 
 
188 aa  66.2  3e-10  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  28.16 
 
 
182 aa  65.5  4e-10  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  27.17 
 
 
201 aa  65.5  4e-10  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 
198 aa  65.1  5e-10  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 
198 aa  65.1  6e-10  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  27.22 
 
 
188 aa  64.7  7e-10  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  27.44 
 
 
189 aa  64.7  8e-10  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  25.86 
 
 
227 aa  64.3  9e-10  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0448941 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>