More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0001 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
498 aa  1016  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.184051 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0991  chromosomal replication initiator protein DnaA  70.6 
 
 
504 aa  688  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00365365  normal  0.278242 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2320  DnaA family protein  61.12 
 
 
461 aa  624  1e-178  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0326594  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0785  chromosomal replication initiator protein DnaA  48.45 
 
 
460 aa  458  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.75 
 
 
449 aa  456  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0833  Chromosomal replication initiator DnaA  48.28 
 
 
482 aa  438  1e-121  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.093159  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.6 
 
 
460 aa  244  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.06 
 
 
450 aa  239  6e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  33.19 
 
 
466 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  33.19 
 
 
466 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.44177e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  33.19 
 
 
466 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  33.19 
 
 
466 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
467 aa  229  1e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  6.6194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  32.57 
 
 
472 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.51721e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  33.33 
 
 
467 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  33.26 
 
 
467 aa  227  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  2.01887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.26813e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  1.36922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  1.02031e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  33.12 
 
 
467 aa  227  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  32.75 
 
 
468 aa  226  6e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  5.52796e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  32.57 
 
 
463 aa  226  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.17775e-05  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  33.19 
 
 
466 aa  226  8e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.7 
 
 
462 aa  226  9e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  34.62 
 
 
455 aa  225  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1100  chromosomal replication initiation protein  30.91 
 
 
482 aa  225  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.018395 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  32.56 
 
 
468 aa  223  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  32.23 
 
 
483 aa  224  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  3.28329e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.38 
 
 
474 aa  223  5e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00208216  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  31.67 
 
 
464 aa  223  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  32.03 
 
 
462 aa  223  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  31.95 
 
 
462 aa  222  1e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  unclonable  1.36332e-10 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  32.79 
 
 
451 aa  222  1e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  32.37 
 
 
449 aa  221  2e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  32.32 
 
 
468 aa  221  2e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  31.92 
 
 
462 aa  221  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  31.92 
 
 
462 aa  221  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  31.85 
 
 
461 aa  220  4e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  32.42 
 
 
461 aa  220  4e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  31.63 
 
 
460 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  31.21 
 
 
524 aa  220  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  31.8 
 
 
462 aa  220  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  30.08 
 
 
460 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  31.71 
 
 
462 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  31.71 
 
 
462 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  31.71 
 
 
462 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  31.71 
 
 
462 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  31.78 
 
 
460 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3008  chromosomal replication initiation protein  28.42 
 
 
471 aa  218  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  33.06 
 
 
465 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05681  chromosomal replication initiation protein  29.98 
 
 
454 aa  217  3e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.263255  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  31.94 
 
 
465 aa  218  3e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  31.21 
 
 
460 aa  217  3e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  31.78 
 
 
460 aa  217  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0001  chromosomal replication initiation protein  28 
 
 
487 aa  216  5e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00605191  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  27.27 
 
 
492 aa  217  5e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  32.32 
 
 
450 aa  215  1e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  6.34969e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  32.43 
 
 
478 aa  216  1e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  31.78 
 
 
461 aa  215  2e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  32.35 
 
 
495 aa  215  2e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0001  chromosomal replication initiation protein  32.3 
 
 
470 aa  214  2e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000177247  normal  0.980205 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2133  chromosomal replication initiation protein  27.25 
 
 
489 aa  215  2e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  8.45727e-09  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0001  chromosomal replication initiation protein  28.63 
 
 
476 aa  214  2e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00109258  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06291  chromosomal replication initiation protein  28.54 
 
 
463 aa  214  3e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  31.62 
 
 
510 aa  214  4e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  31.63 
 
 
459 aa  214  4e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  31.21 
 
 
457 aa  213  5e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.24276e-07  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  30.33 
 
 
472 aa  213  5e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  3.68077e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  31.97 
 
 
511 aa  213  5e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  29.02 
 
 
458 aa  213  5e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  3.04436e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.78 
 
 
456 aa  213  6e-54  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  28.78 
 
 
449 aa  213  6e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  28.22 
 
 
443 aa  212  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08301  chromosomal replication initiation protein  31.17 
 
 
463 aa  212  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.87 
 
 
461 aa  212  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.926832  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  32.73 
 
 
449 aa  212  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0001  chromosomal replication initiation protein  28.95 
 
 
466 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0001  chromosomal replication initiation protein  27.89 
 
 
491 aa  211  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  30.61 
 
 
452 aa  209  6e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06201  chromosomal replication initiation protein  29.55 
 
 
464 aa  209  7e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  33.89 
 
 
509 aa  209  7e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  29.41 
 
 
470 aa  209  9e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.33107e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  29.01 
 
 
459 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.86226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0001  chromosomal replication initiation protein  30.27 
 
 
481 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  5.6365e-07  unclonable  1.12062e-05 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0001  chromosomal replication initiation protein  29.59 
 
 
480 aa  208  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000170377  unclonable  6.50471e-10 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0001  chromosomal replication initiation protein  29.72 
 
 
456 aa  207  3e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  31.94 
 
 
494 aa  207  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.97 
 
 
443 aa  206  7e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  29.6 
 
 
533 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  29.64 
 
 
445 aa  206  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  29.6 
 
 
533 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  29.6 
 
 
533 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  29.6 
 
 
533 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
440 aa  205  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.18947e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0001  chromosomal replication initiation protein  30.38 
 
 
465 aa  206  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.0295e-06  decreased coverage  0.002869 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0001  chromosomal replication initiation protein  27.03 
 
 
490 aa  205  2e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  30.72 
 
 
511 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0565  chromosomal replication initiation protein  28.86 
 
 
464 aa  205  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>