More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtur_1511 on replicon NC_011661
Organism: Dictyoglomus turgidum DSM 6724



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  34.09 
 
 
1148 aa  639    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  34.03 
 
 
1164 aa  640    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1330  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 
1148 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00266348 
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  47.58 
 
 
1148 aa  641    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0593  transcription-repair coupling factor  45.98 
 
 
1165 aa  656    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2754  transcription-repair coupling factor  36.86 
 
 
1112 aa  676    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.502691  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1287  transcription-repair coupling factor  37.03 
 
 
1155 aa  668    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0502901  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0048  transcription-repair coupling factor  48.74 
 
 
1176 aa  654    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3135  transcription-repair coupling factor  34.95 
 
 
1164 aa  645    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.223116  normal  0.109749 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01118  hypothetical protein  34.09 
 
 
1148 aa  639    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.451631  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5514  transcription-repair coupling factor  37.06 
 
 
1126 aa  661    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0008  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 
1165 aa  647    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1894  transcription-repair coupling factor  39.25 
 
 
1109 aa  657    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.377763  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1236  transcription-repair coupling factor  34.03 
 
 
1148 aa  638    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00316475  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1178 aa  661    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0657  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 
1202 aa  647    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1064  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  47.31 
 
 
1154 aa  659    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.566316  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0048  transcription-repair coupling factor  47.45 
 
 
1177 aa  647    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0182  transcription-repair coupling factor  48.3 
 
 
1183 aa  662    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3695  transcription-repair coupling factor  37.24 
 
 
1115 aa  636    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0059  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0424  transcription-repair coupling factor  35.53 
 
 
1210 aa  654    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1092  transcription-repair coupling factor  47.43 
 
 
1148 aa  652    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1696  transcription-repair coupling factor  38.09 
 
 
1107 aa  639    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000188307 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  44.67 
 
 
1178 aa  652    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1355  transcription-repair coupling factor  37.56 
 
 
1150 aa  734    Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2487  transcription-repair coupling factor  34.03 
 
 
1164 aa  639    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0203456  hitchhiker  0.00300257 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0112  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 
1179 aa  689    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2656  transcription-repair coupling factor  34.92 
 
 
1207 aa  679    Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0357057  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1237  transcription-repair coupling factor  34.03 
 
 
1148 aa  640    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.792337  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0262  transcription-repair coupling factor  36.88 
 
 
1179 aa  682    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0700  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 
1165 aa  676    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00154056  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0214  transcription-repair coupling factor  48.83 
 
 
1197 aa  643    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0330142  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0050  transcription-repair coupling factor  48.8 
 
 
1177 aa  654    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5241  transcription-repair coupling factor  34.1 
 
 
1112 aa  644    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1647  transcription-repair coupling factor  33.48 
 
 
1150 aa  641    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1202  transcription-repair coupling factor  37.5 
 
 
1121 aa  675    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.851406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  36.54 
 
 
1183 aa  744    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0696  transcription-repair coupling factor  35.5 
 
 
1151 aa  637    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.221423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1292  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 
1148 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.208562  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0766  transcription-repair coupling factor  35.91 
 
 
1120 aa  671    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2012  transcription-repair coupling factor  34 
 
 
1148 aa  639    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00267728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1709  transcription-repair coupling factor  35.49 
 
 
1137 aa  636    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.517079  normal  0.0571023 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1827  transcription-repair coupling factor  35.16 
 
 
1169 aa  639    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1494  transcription-repair coupling factor  34.12 
 
 
1148 aa  639    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44461  normal  0.168665 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21200  transcription-repair coupling factor  38.98 
 
 
1170 aa  730    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.010694  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  35.34 
 
 
1179 aa  636    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0638  transcription-repair coupling factor  37.85 
 
 
1141 aa  670    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.138681  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02437  transcription-repair coupling factor  35.54 
 
 
1165 aa  655    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.272439  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0770  transcription-repair coupling factor  38.05 
 
 
1116 aa  644    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  34.64 
 
 
1182 aa  657    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0048  transcription-repair coupling factor  49.4 
 
 
1176 aa  667    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1315  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 
1148 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000147681 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3741  transcription-repair coupling factor  39.33 
 
 
1182 aa  720    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.34254 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02560  transcription-repair coupling factor  38.43 
 
 
1126 aa  680    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3453  transcription-repair coupling factor  36.56 
 
 
1122 aa  643    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3728  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 
1103 aa  674    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  35.51 
 
 
1143 aa  655    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1511  transcription-repair coupling factor  100 
 
 
1059 aa  2117    Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0111  transcription-repair coupling factor  44.4 
 
 
1169 aa  651    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00148726  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0058  transcription-repair coupling factor  49.48 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1969  transcription-repair coupling factor  33.76 
 
 
1148 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2072  transcription-repair coupling factor  36.52 
 
 
1123 aa  678    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0073  transcription-repair coupling factor  38.18 
 
 
1073 aa  682    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  39.55 
 
 
1162 aa  697    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0271  transcription-repair coupling factor  36.59 
 
 
1165 aa  685    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0007  transcription-repair coupling factor  38.54 
 
 
1168 aa  659    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2147  transcription-repair coupling factor  38.29 
 
 
1103 aa  646    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2153  transcription-repair coupling factor  33.67 
 
 
1148 aa  637    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.164525  hitchhiker  0.0000432293 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3660  transcription-repair coupling factor  33.59 
 
 
1265 aa  657    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.593932 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5258  transcription-repair coupling factor  49.34 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2209  transcription-repair coupling factor  34.12 
 
 
1148 aa  640    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.872306  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  35.19 
 
 
1177 aa  649    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0878  transcription-repair coupling factor  38.74 
 
 
1127 aa  636    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0062  transcription-repair coupling factor  49.19 
 
 
1176 aa  661    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  35.23 
 
 
1155 aa  635    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0197  transcription-repair coupling factor  37.04 
 
 
1157 aa  701    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5656599999999998e-21 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1299  transcription-repair coupling factor  36.47 
 
 
1157 aa  634  1e-180  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3090  transcription-repair coupling factor  47.98 
 
 
1174 aa  635  1e-180  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.192538  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  34.91 
 
 
1173 aa  634  1e-180  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1201  transcription-repair coupling factor  34.71 
 
 
1154 aa  634  1e-180  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.656597  normal  0.0999319 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1998  transcription-repair coupling factor  34.35 
 
 
1176 aa  633  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0120843 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  35.48 
 
 
1160 aa  635  1e-180  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2786  transcription-repair coupling factor  34.13 
 
 
1150 aa  634  1e-180  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.974454  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  33.91 
 
 
1159 aa  630  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0072  transcription-repair coupling factor  45.43 
 
 
1176 aa  631  1e-179  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0902915  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1246  transcription-repair coupling factor  36.37 
 
 
1157 aa  630  1e-179  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.545868  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1706  transcription-repair coupling factor  34.49 
 
 
1148 aa  629  1e-179  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.43136  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0409  transcription-repair coupling factor  37.61 
 
 
1126 aa  632  1e-179  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0777  transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase)  35.34 
 
 
1194 aa  629  1e-179  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1598  transcription-repair coupling factor  34.49 
 
 
1148 aa  629  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000129728  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1478  transcription-repair coupling factor  42.74 
 
 
1246 aa  626  1e-178  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.313815 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1013  transcription-repair coupling factor  33.54 
 
 
1205 aa  627  1e-178  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0526678 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2833  transcription-repair coupling factor  35.25 
 
 
1157 aa  627  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000601821  hitchhiker  0.00381117 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3738  transcription-repair coupling factor  36.95 
 
 
1168 aa  627  1e-178  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  45.55 
 
 
1189 aa  626  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>