64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0027 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_R0032    100 
 
 		 376 bp  745    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.550963 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0027    100 
 
 		 378 bp  749    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0042    89.42 
 
 		 376 bp  420  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.133373  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0060    88.68 
 
 		 377 bp  392  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709504 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0037    88.37 
 
 		 384 bp  182  4.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0118004 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0036    93.18 
 
 		 356 bp  127  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129143  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0012    87.04 
 
 		 384 bp  123  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.766656  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0041    85.62 
 
 		 384 bp  119  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00705432  hitchhiker  0.00312299 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0019    90.91 
 
 		 384 bp  111  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.170499  unclonable  0.0000024281 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0012    85.71 
 
 		 359 bp  71.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0039    97.37 
 
 		 358 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000972065  hitchhiker  3.4201500000000003e-23 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0014    97.37 
 
 		 356 bp  67.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00683811  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0023    89.66 
 
 		 367 bp  67.9  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0039    89.66 
 
 		 362 bp  67.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.174278  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0067    94.74 
 
 		 357 bp  60  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.162671  normal  0.0116195 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0007    94.74 
 
 		 360 bp  60  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.371342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0008    94.74 
 
 		 357 bp  60  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.144827 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0045    94.74 
 
 		 360 bp  60  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3862    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.896825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4975    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0450462  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0026    96.88 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0895.1    94.44 
 
 		 360 bp  56  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285075  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0030    96.88 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.462293  normal  0.749063 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2909    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0323379 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2910    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.93402 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0046  tRNA-Ala  100 
 
 		 75 bp  56  0.000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2891    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2839    96.88 
 
 		 362 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5057  10Sa RNA (tmRNA)  96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.434725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4764    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000108878  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01123    96.88 
 
 		 367 bp  56  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2840    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3023    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0263643 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0072    96.88 
 
 		 380 bp  56  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0065    96.88 
 
 		 363 bp  56  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07640    96.77 
 
 		 371 bp  54  0.00003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.755411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_MctmRNA1  sRNA  94.29 
 
 		 356 bp  54  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0016    96.67 
 
 		 384 bp  52  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000497382  normal  0.186928 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0023    96.67 
 
 		 371 bp  52  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000931822  normal  0.479767 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0023    94.12 
 
 		 363 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1411  AftmRNA  94.12 
 
 		 364 bp  52  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0036    93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.777782  normal  0.19234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0038    93.94 
 
 		 359 bp  50.1  0.0005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765135 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0569  sRNA  96.55 
 
 		 375 bp  50.1  0.0005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0494255  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0033    96.55 
 
 		 354 bp  50.1  0.0005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0050    96.55 
 
 		 362 bp  50.1  0.0005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20280    93.75 
 
 		 370 bp  48.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.901931  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0027    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0045    93.75 
 
 		 358 bp  48.1  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0064    100 
 
 		 363 bp  48.1  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0065    93.75 
 
 		 351 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0064    93.75 
 
 		 330 bp  48.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00788989  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0048  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143033  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpptmRNA1    96.3 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0008    100 
 
 		 340 bp  46.1  0.007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.390782  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0014    93.55 
 
 		 384 bp  46.1  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.508496 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0019    93.55 
 
 		 373 bp  46.1  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0018    93.55 
 
 		 366 bp  46.1  0.007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpltmRNA1    96.3 
 
 		 405 bp  46.1  0.007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0034    93.55 
 
 		 355 bp  46.1  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0410971  normal  0.0338501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0050  tmRNA  93.55 
 
 		 365 bp  46.1  0.007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.720301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0045    93.55 
 
 		 374 bp  46.1  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105672  normal  0.819759 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0060    93.55 
 
 		 358 bp  46.1  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000359953  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2226    100 
 
 		 360 bp  46.1  0.007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.575678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>