224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_R0022 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0017  tRNA-Val  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0043  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.0000000280883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0036  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000106131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0037  tRNA-Val  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104744  normal  0.385221 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.293545  normal  0.0134461 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0029  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000448285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0013  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.557667  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0021  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0415147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0100  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.260163  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0048  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.117873  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0050  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0036  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.429203  normal  0.313017 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0031  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.0000744729  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0049  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.443386 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0015  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0394069 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0058  tRNA-Val  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.400004  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0023  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0011  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0033  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.166955 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  97.62 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  97.62 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  97.62 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0053  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.460889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0014  tRNA-Val  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.20827  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0513  tRNA-Val  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.309523  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-1  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.581803  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.57043  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0023  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000500863  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0025  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000443719  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2218  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0019  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0598  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0602  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.375399  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0510  tRNA-Val  94.44 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.228812  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1590  tRNA-Val  94.44 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0985046  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1161  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0179935  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1735  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000539085  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1739  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000050357  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1157  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00434161  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2183  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2179  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2260  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.177016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00140  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.110426 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0053  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.113148  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0051  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114614  normal  0.0557031 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0055  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.100813  normal  0.0566569 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0393  tRNA-Val  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0049  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0385641  normal  0.0854931 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0019  tRNA-Val  89.09 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0047  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0721509  normal  0.0848173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0045  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000428882  hitchhiker  0.00000000692947 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-1  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00200335  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1826  hypothetical protein  90.48 
 
 		 378 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt21  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1822  hypothetical protein  90.48 
 
 		 367 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt21  tRNA-Val  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0057  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00234927  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0058  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00230233  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0059  tRNA-Val  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00221278  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1167  tRNA-Val  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0002  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.157867  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0006  tRNA-Trp  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.576658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0002  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00018  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000172255  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00043  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000135072  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0032  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0059  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  6.36722e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3218  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.229381  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3219  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.232653  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3223  tRNA-Val  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0588431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4681  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.95676e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4656  tRNA-Val  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.90971e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5049  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000603353  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>