More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_1793 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
303 aa  624  1e-178  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
303 aa  624  1e-178  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  80.13 
 
 
303 aa  508  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  78.15 
 
 
303 aa  492  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  78.15 
 
 
303 aa  490  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
303 aa  473  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.54 
 
 
303 aa  437  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.57 
 
 
303 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.87 
 
 
303 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.88 
 
 
303 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.33 
 
 
305 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.88 
 
 
303 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.55 
 
 
303 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.69 
 
 
303 aa  427  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.44 
 
 
304 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  428  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.67 
 
 
305 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  67.22 
 
 
303 aa  425  1e-118  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.22 
 
 
303 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  427  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.88 
 
 
305 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.78 
 
 
304 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  66.78 
 
 
304 aa  423  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.55 
 
 
305 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  65.78 
 
 
304 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.25 
 
 
303 aa  404  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  62.88 
 
 
328 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.37 
 
 
313 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.36 
 
 
308 aa  332  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.03 
 
 
307 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.82 
 
 
301 aa  325  7e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  54.21 
 
 
301 aa  320  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.17 
 
 
301 aa  316  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.82 
 
 
312 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.82 
 
 
312 aa  315  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.99 
 
 
311 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.66 
 
 
336 aa  312  4.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.66 
 
 
301 aa  305  4.0000000000000004e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.53 
 
 
304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
301 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
301 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.17 
 
 
304 aa  285  5e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  46.9 
 
 
307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.84 
 
 
301 aa  282  5.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
304 aa  281  1e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50 
 
 
304 aa  278  9e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.83 
 
 
304 aa  270  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.29 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  42.76 
 
 
301 aa  228  8e-59  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  41.4 
 
 
321 aa  225  7e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.76 
 
 
301 aa  224  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  42.81 
 
 
301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  39.93 
 
 
311 aa  212  5.999999999999999e-54  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.25 
 
 
301 aa  209  5e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  38.44 
 
 
308 aa  206  3e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.62 
 
 
330 aa  203  3e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.6 
 
 
326 aa  198  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.41 
 
 
313 aa  195  7e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.66 
 
 
300 aa  188  7e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40 
 
 
306 aa  185  8e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.52 
 
 
291 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  58.33 
 
 
199 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  31.38 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  30.54 
 
 
293 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  32.93 
 
 
293 aa  120  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  32.93 
 
 
293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  31.85 
 
 
294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  30.69 
 
 
294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  31.85 
 
 
294 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.9 
 
 
301 aa  115  8.999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  30.03 
 
 
293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1503  dihydrodipicolinate synthase  31.47 
 
 
308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00000230491  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  29.17 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  32.36 
 
 
298 aa  113  5e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 
297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  29.63 
 
 
290 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 
296 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.62 
 
 
291 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01439  dihydrodipicolinate synthetase  28.94 
 
 
302 aa  106  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  31.62 
 
 
300 aa  106  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  29.6 
 
 
292 aa  105  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  30.77 
 
 
292 aa  105  7e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0072  dihydrodipicolinate synthase  27.95 
 
 
304 aa  105  8e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2862  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 
291 aa  104  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.338154  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1865  dihydrodipicolinate synthase  29.03 
 
 
293 aa  104  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  30.1 
 
 
290 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  29.97 
 
 
290 aa  104  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  29.89 
 
 
287 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2358  dihydrodipicolinate synthase  35.29 
 
 
291 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.592923  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1992  dihydrodipicolinate synthase  35.29 
 
 
291 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.122144  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  31.67 
 
 
296 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  30.45 
 
 
290 aa  103  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4227  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0531975  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2161  dihydrodipicolinate synthase  26.69 
 
 
291 aa  103  3e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4139  dihydrodipicolinate synthetase  29.24 
 
 
306 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.405813  normal  0.104892 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3482  dihydrodipicolinate synthase  27.53 
 
 
294 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000010244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>