More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0227 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0227  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
267 aa  560  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0233  exodeoxyribonuclease III Xth  99.25 
 
 
267 aa  556  1e-158  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0288  exodeoxyribonuclease III Xth  85.61 
 
 
264 aa  488  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0339  exodeoxyribonuclease III Xth  83.52 
 
 
267 aa  485  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3929  exodeoxyribonuclease III  77.53 
 
 
263 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1619  exodeoxyribonuclease III Xth  80.15 
 
 
266 aa  435  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.8373 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0277  exodeoxyribonuclease III Xth  74.16 
 
 
267 aa  431  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0273673  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0167  exodeoxyribonuclease III Xth  63.01 
 
 
319 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201775  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4050  exodeoxyribonuclease III Xth  66.92 
 
 
262 aa  378  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000121179 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0089  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  69.29 
 
 
263 aa  366  1e-100  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.499029 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0167  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.580227  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0371  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2780  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2299  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.87728  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0186  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0175  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2379  exodeoxyribonuclease III  59.85 
 
 
256 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124522  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3160  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 
257 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0485064  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3043  exodeoxyribonuclease III Xth  59.47 
 
 
257 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6456  exodeoxyribonuclease III xth  59.09 
 
 
257 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1725  exodeoxyribonuclease III Xth  59.33 
 
 
260 aa  335  7e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.569641  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3102  exodeoxyribonuclease III Xth  58.27 
 
 
256 aa  334  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2008  exodeoxyribonuclease III Xth  58.96 
 
 
260 aa  333  2e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0151  exodeoxyribonuclease III  59.02 
 
 
256 aa  330  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3121  exodeoxyribonuclease III Xth  58.65 
 
 
257 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.918757 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2491  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.65 
 
 
257 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.510804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3105  exodeoxyribonuclease III Xth  58.65 
 
 
257 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0194  AP endonuclease  58.58 
 
 
258 aa  328  7e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4393  exodeoxyribonucleaseiii xth  58.36 
 
 
259 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.599259  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0331  exodeoxyribonuclease III Xth  58.65 
 
 
259 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0057  exodeoxyribonuclease III Xth  57.99 
 
 
259 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0685  exodeoxyribonuclease III Xth  56.72 
 
 
260 aa  323  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0123  AP endonuclease  57.52 
 
 
259 aa  322  4e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2484  exodeoxyribonuclease III (xth)  57.36 
 
 
257 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0216  exodeoxyribonuclease III (xth)  77.89 
 
 
349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0149  exodeoxyribonuclease III (xth)  58.58 
 
 
258 aa  316  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0254  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  58.43 
 
 
259 aa  314  8e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0140  putative exodeoxyribonuclease III protein  56.51 
 
 
261 aa  311  5.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0042  exodeoxyribonuclease III Xth  56.34 
 
 
261 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.169682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0036  exodeoxyribonuclease III Xth  56.34 
 
 
261 aa  305  6e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0224  exodeoxyribonuclease III  54.31 
 
 
259 aa  293  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.465844  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0321  exodeoxyribonuclease III  50.19 
 
 
257 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.323864  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0109  exodeoxyribonuclease III Xth  50.94 
 
 
261 aa  272  5.000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0626468  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0070  exodeoxyribonuclease III Xth  49.63 
 
 
257 aa  265  5e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02934  exodeoxyribonuclease III  48.89 
 
 
266 aa  244  9e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0702  hypothetical protein  48.87 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0684  hypothetical protein  48.87 
 
 
260 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0039  exodeoxyribonuclease III Xth  46.21 
 
 
256 aa  235  6e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0121  exodeoxyribonuclease III Xth  48.53 
 
 
266 aa  235  7e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00155792  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3225  exodeoxyribonuclease III Xth  43.07 
 
 
265 aa  235  7e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  hitchhiker  0.00000209509 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0295  exodeoxyribonuclease III Xth  45.96 
 
 
266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.049779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5745  exodeoxyribonuclease III Xth  41.3 
 
 
294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321792  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0138  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  47.79 
 
 
266 aa  233  3e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.287048  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1541  AP endonuclease  44.24 
 
 
267 aa  230  2e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.241112  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0403  exodeoxyribonuclease III  42.7 
 
 
259 aa  229  5e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1784  exodeoxyribonuclease III  42.32 
 
 
259 aa  226  4e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05100  exodeoxyribonuclease III  39.78 
 
 
265 aa  216  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2193  exodeoxyribonuclease III Xth  41.09 
 
 
267 aa  214  8e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000941808  hitchhiker  0.000239022 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6475  exodeoxyribonuclease III Xth  39.34 
 
 
264 aa  214  9e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0269  exodeoxyribonuclease III  41.38 
 
 
254 aa  209  5e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0890  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 
254 aa  206  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0461  exodeoxyribonuclease III (xth)  44.44 
 
 
267 aa  206  4e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.25576  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0948  exodeoxyribonuclease III Xth  39.43 
 
 
272 aa  197  1.0000000000000001e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.875165  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4271  exodeoxyribonuclease III Xth  41.29 
 
 
256 aa  193  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0618  exodeoxyribonuclease III Xth  37.83 
 
 
258 aa  187  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000157128 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1195  exodeoxyribonuclease III Xth  39.42 
 
 
277 aa  186  3e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000488572 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0521  exodeoxyribonuclease III Xth  37.74 
 
 
254 aa  185  8e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000060728  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3497  exodeoxyribonuclease III  38.46 
 
 
254 aa  184  9e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.570342 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3242  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  36.7 
 
 
258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0851525 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1451  exodeoxyribonuclease III Xth  39.31 
 
 
254 aa  184  1.0000000000000001e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.991336  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2986  exodeoxyribonuclease III Xth  39.46 
 
 
254 aa  183  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1767  exodeoxyribonuclease III Xth  38.6 
 
 
278 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4586  exodeoxyribonuclease III Xth  38.13 
 
 
250 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000013952  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0215  exodeoxyribonuclease III xth  34.07 
 
 
259 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0079  exodeoxyribonuclease III, putative  34.07 
 
 
259 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3322  exodeoxyribonuclease III Xth  37.07 
 
 
253 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000530541  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1258  exodeoxyribonuclease III Xth  38.29 
 
 
257 aa  181  1e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1247  exodeoxyribonuclease III Xth  35.36 
 
 
255 aa  181  1e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0832  exodeoxyribonuclease III Xth  38.87 
 
 
253 aa  180  2e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.808552  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27900  exodeoxyribonuclease III Xth  37.09 
 
 
266 aa  181  2e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.408548  normal  0.79978 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3484  exodeoxyribonuclease III  38.08 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.385947  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2145  exodeoxyribonuclease III  36.82 
 
 
251 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3507  exodeoxyribonuclease III Xth  37.93 
 
 
252 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0122233  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0258  exonuclease III  37.63 
 
 
286 aa  179  4e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209471  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1556  exodeoxyribonuclease III Xth  39.29 
 
 
270 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0939703 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3496  exodeoxyribonuclease III  38.08 
 
 
252 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181471  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4873  exodeoxyribonuclease III Xth  38.57 
 
 
274 aa  178  7e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0668549  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3750  exodeoxyribonuclease III  37.69 
 
 
252 aa  178  8e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000021797 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3584  exodeoxyribonuclease III  37.69 
 
 
252 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3868  exodeoxyribonuclease III  37.69 
 
 
252 aa  178  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5545  exodeoxyribonuclease III xth  33.7 
 
 
259 aa  178  9e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0698  exodeoxyribonuclease III Xth  37.68 
 
 
287 aa  178  9e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.13034  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1734  exodeoxyribonuclease III  40.3 
 
 
256 aa  178  1e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00350824  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0180  exodeoxyribonuclease III Xth  34.19 
 
 
259 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.101584  hitchhiker  0.00000710685 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0254  exodeoxyribonuclease III Xth  34.72 
 
 
249 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.345857  normal  0.41311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6108  catabolite repression control protein  34.07 
 
 
259 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0466604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4384  exodeoxyribonuclease III Xth  34.07 
 
 
259 aa  176  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465503  normal  0.053083 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0982  exodeoxyribonuclease III  36.29 
 
 
250 aa  176  4e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70390  catabolite repression control protein  34.07 
 
 
259 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02870  catabolite repression control protein; Crc  35.07 
 
 
259 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>