More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0168 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0168  shikimate kinase  100 
 
 
178 aa  359  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0150  shikimate kinase  98.31 
 
 
178 aa  353  5e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0013  shikimate kinase  64.94 
 
 
175 aa  227  6e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.668155  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  67.06 
 
 
174 aa  226  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  67.06 
 
 
182 aa  221  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  64.2 
 
 
182 aa  217  7e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  63.1 
 
 
179 aa  210  8e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3108  shikimate kinase  61.27 
 
 
184 aa  203  8e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0973333 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3401  shikimate kinase  59.52 
 
 
182 aa  199  2e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  60.57 
 
 
183 aa  189  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  57.83 
 
 
229 aa  186  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  57.49 
 
 
177 aa  183  1e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  57.49 
 
 
177 aa  183  1e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  57.49 
 
 
177 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  57.49 
 
 
209 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  57.49 
 
 
177 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  57.49 
 
 
177 aa  183  1e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  55.62 
 
 
183 aa  182  2e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  57.49 
 
 
184 aa  182  2e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  56.89 
 
 
199 aa  182  2e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  55.69 
 
 
190 aa  181  5e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3598  shikimate kinase  53.37 
 
 
183 aa  177  6e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000887516  hitchhiker  2.52706e-08 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  55.36 
 
 
192 aa  177  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2901  shikimate kinase  54.94 
 
 
179 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3248  shikimate kinase  54.32 
 
 
179 aa  174  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  52.91 
 
 
183 aa  175  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  53.29 
 
 
184 aa  172  3e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  54.22 
 
 
184 aa  172  3e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0320  shikimate kinase  53.7 
 
 
169 aa  168  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.715658 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  52.1 
 
 
184 aa  168  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2715  shikimate kinase  54.32 
 
 
169 aa  168  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0246166  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0371  shikimate kinase  53.7 
 
 
169 aa  166  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0295  shikimate kinase  56.13 
 
 
162 aa  164  4e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  46.51 
 
 
190 aa  144  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  46.71 
 
 
195 aa  144  5e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  46.67 
 
 
183 aa  144  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0089  shikimate kinase  47.83 
 
 
161 aa  142  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.506122  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  48.43 
 
 
190 aa  140  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0086  Shikimate kinase  45.68 
 
 
161 aa  139  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.744352  hitchhiker  0.00173966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  49.4 
 
 
172 aa  137  8e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  49.4 
 
 
172 aa  137  9e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0215  shikimate kinase  45.12 
 
 
172 aa  137  9e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.365544  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0547  shikimate kinase  48.47 
 
 
163 aa  137  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0839  shikimate kinase  46.88 
 
 
176 aa  136  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.657447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5575  shikimate kinase  52.69 
 
 
181 aa  136  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.421314  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  47.56 
 
 
174 aa  136  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66610  shikimate kinase  48.81 
 
 
172 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0410  shikimate kinase  52.38 
 
 
172 aa  134  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0407495  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5079  shikimate kinase  48.21 
 
 
172 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4952  shikimate kinase  48.21 
 
 
172 aa  134  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0408  shikimate kinase  48.21 
 
 
172 aa  133  1e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5127  shikimate kinase  51.7 
 
 
172 aa  132  2e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1878  shikimate kinase  46.06 
 
 
186 aa  132  2e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.190429  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  43.79 
 
 
167 aa  132  2e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5129  shikimate kinase  48.47 
 
 
163 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.206005  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  47.67 
 
 
196 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2168  shikimate kinase  46.34 
 
 
186 aa  131  5e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.157663  normal  0.699838 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  49.69 
 
 
180 aa  131  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2686  shikimate kinase  47.71 
 
 
169 aa  131  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.536815  normal  0.0662498 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1113  shikimate kinase  45.22 
 
 
163 aa  131  6e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0015491  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  51.97 
 
 
177 aa  130  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  42.6 
 
 
170 aa  130  1e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0387  shikimate kinase  47.24 
 
 
163 aa  129  2e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.458969  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  42.86 
 
 
179 aa  127  8e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3894  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  126  1e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.13438e-09  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4202  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  126  2e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  3.83652e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4113  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  126  2e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.0137e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4003  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  126  2e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  5.58194e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4084  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  126  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.58948e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3698  shikimate kinase I  44.51 
 
 
171 aa  125  4e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.25658e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0247  shikimate kinase I  44.51 
 
 
171 aa  125  4e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.94714e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3368  shikimate kinase I  44.51 
 
 
171 aa  124  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.1554e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0261  shikimate kinase I  44.51 
 
 
171 aa  125  5e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.54257e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0286  shikimate kinase I  45.12 
 
 
171 aa  124  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3706  shikimate kinase I  44.51 
 
 
171 aa  124  8e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  1.03243e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  43.03 
 
 
172 aa  123  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0400  shikimate kinase  42.01 
 
 
180 aa  122  3e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00240866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0375  shikimate kinase I  43.9 
 
 
171 aa  121  4e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00773873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0238  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  121  5e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.34252e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  46.31 
 
 
179 aa  121  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  46.31 
 
 
179 aa  121  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4265  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  121  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.220429 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0213  shikimate kinase I  42.68 
 
 
171 aa  120  1e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.06831e-08  hitchhiker  0.00783685 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  42.94 
 
 
175 aa  120  1e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  42.94 
 
 
175 aa  120  1e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.75 
 
 
173 aa  120  1e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0340  shikimate kinase I  42.07 
 
 
171 aa  120  1e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  41.21 
 
 
174 aa  119  2e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0163  shikimate kinase  40.35 
 
 
171 aa  119  2e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.919882  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0666  shikimate kinase I  40.85 
 
 
171 aa  119  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  3.17623e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  42.17 
 
 
173 aa  119  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  42.17 
 
 
173 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  42.17 
 
 
173 aa  119  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  42.17 
 
 
173 aa  118  4e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.16276e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00510  shikimate kinase I  41.46 
 
 
171 aa  118  5e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.02686e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1700  shikimate kinase  45.73 
 
 
187 aa  117  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.18068 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  40 
 
 
170 aa  117  8e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  40 
 
 
172 aa  117  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  41.57 
 
 
173 aa  117  1e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40 
 
 
181 aa  116  1e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>