More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0016 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  99.54 
 
 		 218 aa  437  9.999999999999999e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 218 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  73.47 
 
 		 203 aa  290  1e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.05 
 
 		 211 aa  287  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  70.15 
 
 		 203 aa  285  4e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  73.76 
 
 		 221 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  58 
 
 		 204 aa  233  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  53.33 
 
 		 205 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.58 
 
 		 205 aa  216  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.58 
 
 		 205 aa  216  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  59 
 
 		 208 aa  215  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  52.53 
 
 		 204 aa  214  7e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  53.03 
 
 		 203 aa  214  8e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.16 
 
 		 212 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.63 
 
 		 212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.63 
 
 		 212 aa  212  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.02 
 
 		 204 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.29 
 
 		 203 aa  205  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.45 
 
 		 210 aa  202  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.43 
 
 		 211 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.67 
 
 		 199 aa  198  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.55 
 
 		 201 aa  198  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.07 
 
 		 203 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.7 
 
 		 203 aa  187  7e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  48.72 
 
 		 222 aa  185  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.28 
 
 		 215 aa  184  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.65 
 
 		 212 aa  169  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.08 
 
 		 204 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  41.62 
 
 		 227 aa  168  7e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  41.54 
 
 		 208 aa  167  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.79 
 
 		 229 aa  165  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.29 
 
 		 229 aa  164  8e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.28 
 
 		 218 aa  164  9e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.6 
 
 		 204 aa  164  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  39.41 
 
 		 203 aa  163  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.29 
 
 		 212 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.55 
 
 		 219 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.29 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  39.71 
 
 		 204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 		 208 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 		 208 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.26 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  39.71 
 
 		 204 aa  160  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.44 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 		 215 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.6 
 
 		 208 aa  157  8e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.62 
 
 		 205 aa  157  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.51 
 
 		 204 aa  151  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.21 
 
 		 204 aa  150  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.58 
 
 		 565 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.22 
 
 		 449 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.87 
 
 		 463 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.21 
 
 		 769 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.59 
 
 		 715 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.36 
 
 		 180 aa  114  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.11 
 
 		 459 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 		 205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.95 
 
 		 453 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  40.24 
 
 		 170 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  39.16 
 
 		 921 aa  111  9e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.76 
 
 		 174 aa  109  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  40.38 
 
 		 181 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.46 
 
 		 159 aa  108  5e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.85 
 
 		 462 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  40.94 
 
 		 909 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.91 
 
 		 453 aa  106  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.59 
 
 		 1397 aa  104  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.86 
 
 		 378 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  38.31 
 
 		 1433 aa  104  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.61 
 
 		 456 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  38 
 
 		 442 aa  103  2e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.16 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.72 
 
 		 456 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.51 
 
 		 398 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.16 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.16 
 
 		 375 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.4 
 
 		 1442 aa  103  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.04 
 
 		 530 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.95 
 
 		 383 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  36.36 
 
 		 457 aa  102  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.89 
 
 		 379 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.21 
 
 		 375 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.21 
 
 		 375 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.54 
 
 		 570 aa  101  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.47 
 
 		 395 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.67 
 
 		 392 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.94 
 
 		 168 aa  100  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.85 
 
 		 476 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  40.35 
 
 		 584 aa  99.4  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.52 
 
 		 482 aa  99  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.43 
 
 		 252 aa  99  5e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  36.54 
 
 		 1449 aa  97.8  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  38.27 
 
 		 719 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  30.36 
 
 		 180 aa  97.1  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  34.97 
 
 		 707 aa  97.1  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  33.71 
 
 		 1433 aa  96.7  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.1 
 
 		 584 aa  96.3  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  39.61 
 
 		 530 aa  95.9  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  35.9 
 
 		 1449 aa  95.9  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>