More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3217 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  100 
 
 
435 aa  892  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  2.21997e-06  hitchhiker  7.85503e-07 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  53.66 
 
 
436 aa  473  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  52.76 
 
 
450 aa  463  1e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  52.79 
 
 
449 aa  459  1e-128  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  53.01 
 
 
451 aa  457  1e-127  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  7.47616e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.46 
 
 
450 aa  452  1e-126  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  51.98 
 
 
450 aa  445  1e-124  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  51.98 
 
 
450 aa  445  1e-124  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  52.09 
 
 
450 aa  445  1e-124  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  52.1 
 
 
450 aa  446  1e-124  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0588  MiaB-like tRNA modifying enzyme  53.65 
 
 
450 aa  445  1e-124  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0962192  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  51.87 
 
 
450 aa  444  1e-123  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  49.42 
 
 
434 aa  431  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  47.59 
 
 
454 aa  427  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  51.55 
 
 
448 aa  426  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  51.55 
 
 
448 aa  426  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  50.59 
 
 
448 aa  426  1e-118  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  49.08 
 
 
449 aa  424  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  46.76 
 
 
434 aa  411  1e-113  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  48.19 
 
 
471 aa  401  1e-110  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  45.22 
 
 
434 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.98 
 
 
434 aa  392  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  43.55 
 
 
438 aa  390  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4295  RNA modification enzyme, MiaB family  48.13 
 
 
439 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00281289  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  50.12 
 
 
437 aa  385  1e-106  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  44.76 
 
 
446 aa  365  1e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  44.28 
 
 
431 aa  358  7e-98  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.24 
 
 
430 aa  345  8e-94  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.2 
 
 
466 aa  344  1e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.57 
 
 
432 aa  341  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.14049e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.98 
 
 
429 aa  334  2e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.58 
 
 
429 aa  333  3e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.96 
 
 
456 aa  326  4e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  4.54579e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.28 
 
 
431 aa  320  4e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  44.28 
 
 
434 aa  319  6e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.91 
 
 
442 aa  312  8e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.08 
 
 
444 aa  311  1e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.8 
 
 
425 aa  308  9e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  36.71 
 
 
441 aa  307  2e-82  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.95 
 
 
444 aa  307  3e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.88 
 
 
417 aa  306  4e-82  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  5.62047e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.04 
 
 
427 aa  305  7e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.85 
 
 
439 aa  306  7e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 
435 aa  305  1e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  2.07484e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  39.56 
 
 
438 aa  303  4e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.15 
 
 
438 aa  301  1e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  38.03 
 
 
458 aa  295  1e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.41 
 
 
438 aa  294  2e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.61 
 
 
441 aa  292  8e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  40.05 
 
 
436 aa  291  2e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.42 
 
 
495 aa  290  4e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.38 
 
 
429 aa  288  9e-77  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.29 
 
 
449 aa  288  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.84 
 
 
442 aa  287  2e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  39.66 
 
 
413 aa  282  8e-75  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0976  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.67 
 
 
467 aa  281  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0149677  normal  0.0700259 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  37.07 
 
 
440 aa  282  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0549  RNA modification protein  34.84 
 
 
443 aa  281  2e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  37.81 
 
 
416 aa  280  3e-74  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2207  RNA modification enzyme, MiaB family  37.14 
 
 
440 aa  280  5e-74  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  37.95 
 
 
446 aa  276  4e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.81 
 
 
416 aa  275  8e-73  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1112  tRNA-i(6)A37 modification enzyme MiaB  34.11 
 
 
444 aa  273  4e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  2.42644e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11680  RNA modification enzyme, MiaB family  33.26 
 
 
450 aa  272  8e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0952269  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.73 
 
 
409 aa  270  3e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1501  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.09 
 
 
471 aa  268  1e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1807  RNA modification enzyme, MiaB family  33.64 
 
 
451 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.10311e-07  decreased coverage  0.000315868 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2123  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  34.93 
 
 
451 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  4.17118e-07  normal  0.0490217 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1495  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  32.86 
 
 
451 aa  268  2e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.421573  hitchhiker  0.000974888 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0570  RNA modification enzyme, MiaB family  35.07 
 
 
447 aa  267  3e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  37.73 
 
 
458 aa  267  3e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.68 
 
 
421 aa  266  4e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.61 
 
 
420 aa  266  5e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2738  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.75 
 
 
447 aa  266  7e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.61297e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.61 
 
 
451 aa  264  2e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  37.83 
 
 
470 aa  263  4e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.62 
 
 
411 aa  263  5e-69  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.79 
 
 
434 aa  262  8e-69  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1889  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  33.57 
 
 
456 aa  262  9e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  2.13731e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.08 
 
 
420 aa  261  2e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0021  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  34.62 
 
 
450 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0814495  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1610  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  35.05 
 
 
471 aa  260  3e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.34792  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.39 
 
 
434 aa  260  3e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  38.63 
 
 
452 aa  260  3e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.97 
 
 
441 aa  259  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0783  RNA modification protein  32.73 
 
 
480 aa  259  6e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6072  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.22 
 
 
449 aa  259  6e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0928741  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.39 
 
 
444 aa  259  7e-68  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1018  RNA modification enzyme, MiaB family  34.11 
 
 
449 aa  259  7e-68  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.657516  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.83 
 
 
416 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  35.28 
 
 
427 aa  256  7e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  36.34 
 
 
421 aa  255  1e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  35.31 
 
 
427 aa  254  2e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1699  RNA modification enzyme, MiaB family  32.94 
 
 
478 aa  254  2e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  3.19842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2599  tRNA-i(6)A37 thiotransferase enzyme MiaB  33.94 
 
 
487 aa  254  2e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  4.74817e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>