More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_2746 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 288 aa  592  1e-168  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  52.65 
 
 		 291 aa  291  6e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  52.78 
 
 		 297 aa  281  1e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  45.93 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  45.22 
 
 		 277 aa  236  3e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 280 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  46.55 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 		 277 aa  231  9e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 278 aa  228  1e-58  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 280 aa  228  1e-58  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  44.85 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  42.31 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 283 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  48.25 
 
 		 295 aa  225  6e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 284 aa  225  7e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  45.82 
 
 		 277 aa  225  7e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 		 277 aa  223  3e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  45.91 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  37.81 
 
 		 294 aa  219  3e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 277 aa  219  3e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  43.99 
 
 		 289 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  41.03 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  42.55 
 
 		 290 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  42.96 
 
 		 290 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  37.89 
 
 		 288 aa  211  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  38.04 
 
 		 290 aa  211  9e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  45.26 
 
 		 286 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  42.61 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  47.54 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  42.14 
 
 		 283 aa  209  5e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  37.54 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  37.19 
 
 		 288 aa  208  8e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  43.57 
 
 		 286 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  37.19 
 
 		 288 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  36.49 
 
 		 289 aa  205  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  40.38 
 
 		 283 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  40.83 
 
 		 288 aa  201  9e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  43.42 
 
 		 280 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  42.66 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  42.66 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 286 aa  200  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 283 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 298 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  44.53 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 285 aa  191  8e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 		 286 aa  189  4e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.33 
 
 		 286 aa  189  5e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 283 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.54 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  37.86 
 
 		 283 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 298 aa  185  6e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  36.27 
 
 		 275 aa  185  7e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.83 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  39.31 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  36.91 
 
 		 300 aa  183  3e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 276 aa  179  5.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  36.08 
 
 		 292 aa  177  3e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  35.49 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 		 271 aa  177  3e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  41.11 
 
 		 288 aa  176  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  35.09 
 
 		 291 aa  176  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  34.6 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  39.65 
 
 		 298 aa  172  5e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 282 aa  172  5.999999999999999e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 		 289 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  37.87 
 
 		 269 aa  170  3e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  39.21 
 
 		 269 aa  169  4e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  38.41 
 
 		 293 aa  169  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.93 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  39.64 
 
 		 266 aa  168  1e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  36.92 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 278 aa  168  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  37.89 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 279 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 		 280 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>