More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_2102 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  59.48 
 
 
677 aa  806    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  100 
 
 
676 aa  1357    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  55.7 
 
 
654 aa  712    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  53.74 
 
 
661 aa  640    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  60.29 
 
 
672 aa  824    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  47.41 
 
 
736 aa  608  9.999999999999999e-173  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  46.2 
 
 
678 aa  572  1.0000000000000001e-162  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1344  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.82 
 
 
687 aa  545  1e-154  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0642692  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  42.75 
 
 
705 aa  541  9.999999999999999e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.32153 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.45 
 
 
694 aa  530  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1728  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  39.72 
 
 
672 aa  494  9.999999999999999e-139  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0455896  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  40.03 
 
 
686 aa  469  1.0000000000000001e-131  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2449  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  38.02 
 
 
643 aa  452  1.0000000000000001e-126  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000629318  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11646  30S ribosomal protein S1  49.86 
 
 
481 aa  357  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.75465 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2872  RNA binding S1 domain protein  48.49 
 
 
487 aa  352  8.999999999999999e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  51.04 
 
 
495 aa  351  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3356  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
481 aa  351  2e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0698685  normal  0.453235 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
479 aa  351  3e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
479 aa  351  3e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
481 aa  351  3e-95  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3051  30S ribosomal protein S1  49 
 
 
479 aa  351  3e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5672  30S ribosomal protein S1  48.86 
 
 
493 aa  349  1e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.457368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25930  30S ribosomal protein S1  50.59 
 
 
495 aa  348  1e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2435  RNA binding S1 domain protein  47.7 
 
 
499 aa  345  2e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05300  SSU ribosomal protein S1P  51.66 
 
 
403 aa  344  4e-93  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.467971  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2850  RNA binding S1 domain protein  48.73 
 
 
487 aa  343  5e-93  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000968936  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  49.41 
 
 
488 aa  343  5.999999999999999e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1477  RNA binding S1 domain-containing protein  49.12 
 
 
480 aa  343  8e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.22973  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  48.13 
 
 
515 aa  342  1e-92  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2989  30S ribosomal protein S1  49.85 
 
 
490 aa  342  2e-92  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0790572  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  48.23 
 
 
491 aa  341  2.9999999999999998e-92  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1960  RNA binding S1 domain protein  48.04 
 
 
492 aa  340  5.9999999999999996e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1515  RNA binding S1 domain protein  49.27 
 
 
490 aa  340  5.9999999999999996e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.906108  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20190  SSU ribosomal protein S1P  48.98 
 
 
496 aa  339  9.999999999999999e-92  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.287124 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  46.47 
 
 
427 aa  338  1.9999999999999998e-91  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2065  30S ribosomal protein S1  48.53 
 
 
491 aa  337  2.9999999999999997e-91  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00632138  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  48.75 
 
 
529 aa  337  5e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11140  30S ribosomal protein S1  46.67 
 
 
485 aa  337  5e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.28152  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1804  30S ribosomal protein S1  48.53 
 
 
491 aa  337  5e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000161597 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1229  30S ribosomal protein S1  48.4 
 
 
488 aa  337  5.999999999999999e-91  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.964467  normal  0.190984 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  49.11 
 
 
492 aa  336  7e-91  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2968  Ribosomal protein S1-like protein  48.36 
 
 
500 aa  336  7e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14990  30S ribosomal protein S1  48.69 
 
 
493 aa  336  9e-91  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0409109  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2193  30S ribosomal protein S1  47.62 
 
 
488 aa  335  1e-90  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.210966  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5494  30S ribosomal protein S1  48.96 
 
 
493 aa  335  2e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.117184  normal  0.159849 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1057  30S ribosomal protein S1  48.66 
 
 
492 aa  334  3e-90  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.960366 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0962  RNA binding S1 domain protein  50.14 
 
 
418 aa  333  4e-90  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.331059  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3034  30S ribosomal protein S1  46.81 
 
 
485 aa  334  4e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000095518  hitchhiker  0.00573325 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  50.15 
 
 
405 aa  334  4e-90  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0961  RNA binding S1 domain protein  48.26 
 
 
496 aa  329  8e-89  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1191  30S ribosomal protein S1  48.26 
 
 
485 aa  329  1.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00406916  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0601  30S ribosomal protein S1  49.71 
 
 
500 aa  323  5e-87  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  45.03 
 
 
387 aa  323  5e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2948  30S ribosomal protein S1  47.9 
 
 
505 aa  319  1e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.188906 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3140  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 
493 aa  317  6e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3369  30S ribosomal protein S1  49.55 
 
 
493 aa  317  6e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.412554  normal  0.0109188 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  46.99 
 
 
407 aa  314  2.9999999999999996e-84  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1703  RNA binding S1 domain protein  42.3 
 
 
385 aa  310  5.9999999999999995e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000241805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0455  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 
387 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  42.55 
 
 
382 aa  303  6.000000000000001e-81  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1408  30S ribosomal protein S1  43.51 
 
 
382 aa  301  2e-80  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000102607  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1380  30S ribosomal protein S1  43.51 
 
 
382 aa  301  2e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1379  30S ribosomal protein S1  43.24 
 
 
382 aa  301  2e-80  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000385959  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1519  30S ribosomal protein S1  43.51 
 
 
382 aa  301  2e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000156073  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1592  30S ribosomal protein S1  43.51 
 
 
382 aa  301  2e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0386100000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1421  30S ribosomal protein S1  43.24 
 
 
382 aa  301  3e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00177938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1553  30S ribosomal protein S1  42.97 
 
 
382 aa  299  9e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00270143  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1661  30S ribosomal protein S1  43.24 
 
 
382 aa  300  9e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  47.97 
 
 
584 aa  298  2e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1625  30S ribosomal protein S1  42.97 
 
 
382 aa  298  2e-79  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000150504  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3767  RNA binding S1 domain-containing protein  48.22 
 
 
507 aa  298  2e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0768989  normal  0.0130256 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3791  30S ribosomal protein S1  42.97 
 
 
382 aa  298  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000784339  hitchhiker  0.000188764 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2024  SSU ribosomal protein S1P  51.56 
 
 
411 aa  296  8e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  31.4 
 
 
810 aa  294  4e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  43.58 
 
 
596 aa  293  9e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  43.3 
 
 
557 aa  291  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.49 
 
 
411 aa  291  3e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  46.09 
 
 
584 aa  291  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  46.09 
 
 
584 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  40.61 
 
 
720 aa  290  8e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
378 aa  289  9e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  44.06 
 
 
378 aa  289  1e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  42.23 
 
 
573 aa  288  2e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1327  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  31.96 
 
 
663 aa  288  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  40.79 
 
 
598 aa  288  2e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.57 
 
 
403 aa  287  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  41.93 
 
 
559 aa  286  7e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1533  30S ribosomal protein S1  41.95 
 
 
391 aa  286  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.920483  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  43.31 
 
 
560 aa  285  1.0000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1563  30S ribosomal protein S1  41.95 
 
 
391 aa  286  1.0000000000000001e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.909441  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  45.27 
 
 
561 aa  286  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  45.1 
 
 
577 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  41.74 
 
 
558 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  42.19 
 
 
558 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  42.22 
 
 
557 aa  285  3.0000000000000004e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  42.19 
 
 
558 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  42.19 
 
 
558 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2917  30S ribosomal protein S1  44.12 
 
 
571 aa  284  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.371234  normal  0.0728232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  42.19 
 
 
558 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6612  30S ribosomal protein S1  41.11 
 
 
569 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.328912  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>