More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_5002 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_5002  hypothtical protein  100 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  hitchhiker  0.0000000255834 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2381  site-specific tyrosine recombinase XerC  65.68 
 
 		 311 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.14 
 
 		 307 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1222  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.59 
 
 		 306 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.120622 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2215  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.14 
 
 		 306 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0563  site-specific tyrosine recombinase XerC  64.14 
 
 		 306 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.792208  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  61.51 
 
 		 312 aa  355  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  54.67 
 
 		 326 aa  311  7.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  50.65 
 
 		 311 aa  293  2e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0553  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.78 
 
 		 329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.172687  normal  0.167276 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  51.61 
 
 		 323 aa  283  3.0000000000000004e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0271  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.82 
 
 		 351 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.28022  normal  0.462537 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  46.62 
 
 		 322 aa  279  4e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0177  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.44 
 
 		 323 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.17 
 
 		 322 aa  276  4e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.51 
 
 		 311 aa  275  5e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.68 
 
 		 315 aa  273  3e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.17 
 
 		 311 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.35 
 
 		 315 aa  273  4.0000000000000004e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.68 
 
 		 315 aa  272  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0401  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.01 
 
 		 324 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.145415 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0536  site-specific tyrosine recombinase XerC  52.01 
 
 		 300 aa  271  1e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.538013  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.18 
 
 		 313 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4288  tyrosine recombinase XerC  55.24 
 
 		 365 aa  267  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.710874 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4655  tyrosine recombinase XerC  55.24 
 
 		 365 aa  267  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.223284 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4805  tyrosine recombinase XerC  54.39 
 
 		 367 aa  266  5e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104736  normal  0.146847 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.36 
 
 		 321 aa  263  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0180  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.5 
 
 		 324 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3403  site-specific tyrosine recombinase XerC  50.85 
 
 		 313 aa  263  3e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  49.66 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0247  integrase family protein  51.34 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.121071  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2064  phage integrase  49.83 
 
 		 297 aa  259  3e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  51.6 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  47.52 
 
 		 330 aa  252  7e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1177  integrase family protein  51.68 
 
 		 329 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  46.6 
 
 		 342 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0259  phage integrase  47.32 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3189  integrase family protein  49.36 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00303256 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0928  integrase family protein  50.5 
 
 		 326 aa  235  7e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0222  phage integrase family protein  47.44 
 
 		 308 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0666  Phage integrase, N-terminal SAM- like  37.12 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.555034  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  38.74 
 
 		 311 aa  217  2e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  43.85 
 
 		 324 aa  217  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0447  phage integrase family site specific recombinase  39.13 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0752  phage integrase family site specific recombinase  35.74 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.232674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  39.39 
 
 		 294 aa  192  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0564  tyrosine recombinase XerC subunit  34.81 
 
 		 328 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  39.33 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  39.13 
 
 		 293 aa  189  5e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  38.41 
 
 		 312 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  39.35 
 
 		 332 aa  186  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  36.39 
 
 		 341 aa  186  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  38.3 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6023  site-specific tyrosine recombinase XerC  41.67 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  38.11 
 
 		 317 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  37.34 
 
 		 335 aa  180  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  36.94 
 
 		 332 aa  179  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  38.78 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  34.3 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.18 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.18 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.18 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.18 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69710  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.33 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.737312  normal  0.478185 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.18 
 
 		 310 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  38.67 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0170  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.82 
 
 		 306 aa  177  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.22 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.22 
 
 		 310 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.01 
 
 		 306 aa  176  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.81 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.16 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  37.69 
 
 		 345 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  34.07 
 
 		 336 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0242  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.47 
 
 		 299 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322874  normal  0.826572 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.88 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  36.72 
 
 		 299 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0194  tyrosine recombinase XerC subunit  39.74 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0273  tyrosine recombinase XerC  34.45 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.007038  normal  0.809464 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  36.21 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.88 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.48 
 
 		 306 aa  170  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  35.48 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  36.21 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0611  integrase family protein  33.96 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  35.18 
 
 		 373 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  34.86 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  30.89 
 
 		 330 aa  169  7e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5250  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.23 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4168  tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4196  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0689633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4036  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  38.59 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4330  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4177  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4271  site-specific tyrosine recombinase XerC  37.59 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>