71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4135 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009958  Dshi_4135  hypothetical protein  100 
 
 		 440 aa  878    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2944  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  38.67 
 
 		 409 aa  250  4e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4481  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  36.36 
 
 		 418 aa  202  9e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0214  iron-sulfur cluster-binding protein/coenzyme F420-reducing hydrogenase, beta subunit, putative  28.84 
 
 		 428 aa  130  6e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0139  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  27.22 
 
 		 428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.668002  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0585  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  25.38 
 
 		 395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00081136  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3880  hypothetical protein  30.9 
 
 		 459 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2619  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  26.46 
 
 		 468 aa  99  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.912572  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0955  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.39 
 
 		 463 aa  95.9  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.157749  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0828  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.05 
 
 		 836 aa  85.9  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.241556 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0662  coenzyme F420 hydrogenase beta subunit  27.52 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0959  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.25 
 
 		 453 aa  83.6  0.000000000000007  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.848293  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2177  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  26.59 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0783  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.54 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00366682  normal  0.213871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2892  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  26.65 
 
 		 537 aa  75.9  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2707  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  26.75 
 
 		 341 aa  73.2  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.889848  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0646  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.58 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0630  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.39 
 
 		 282 aa  70.1  0.00000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.9157 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1288  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  23.83 
 
 		 282 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0193  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.39 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1303  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.51 
 
 		 357 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.808254  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1150  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.51 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0331  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  25.21 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0961  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.32 
 
 		 407 aa  67  0.0000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.925835  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0076  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  23.26 
 
 		 282 aa  65.9  0.000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0619  nitrite and sulphite reductase  23.72 
 
 		 639 aa  65.1  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00799056  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0695  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  24.45 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.507932  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0881  coenzyme F420 hydrogenase, beta subunit  25.6 
 
 		 387 aa  63.5  0.000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3268  putative coenzyme F420 hydrogenase  24.81 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.96965 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1693  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  25.37 
 
 		 340 aa  63.2  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.884047  normal  0.69888 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0087  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  25.52 
 
 		 291 aa  62  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.127818  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0866  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.72 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.161905  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0140  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  21.14 
 
 		 867 aa  59.7  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  7.0838e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1595  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.1 
 
 		 359 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.502541  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2548  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  25.93 
 
 		 399 aa  58.5  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0542  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  25.28 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.428653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1245  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  23.08 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.491733  unclonable  0.0000000241639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1688  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  26.38 
 
 		 409 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1095  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.22 
 
 		 358 aa  57  0.0000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1081  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.1 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1377  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.94 
 
 		 387 aa  55.5  0.000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00118672  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3777  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.22 
 
 		 410 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0498224  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0778  nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S region  21.47 
 
 		 618 aa  54.3  0.000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.542223  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2329  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.62 
 
 		 288 aa  54.3  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0296  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  23.55 
 
 		 387 aa  54.3  0.000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.510341  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1326  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  25.45 
 
 		 498 aa  53.9  0.000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.137293  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0174  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.1 
 
 		 362 aa  53.9  0.000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.318509  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1042  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.41 
 
 		 282 aa  53.1  0.00001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2020  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  23.26 
 
 		 414 aa  53.1  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4023  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  24.66 
 
 		 410 aa  52.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.53217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0577  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.27 
 
 		 374 aa  51.2  0.00004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0422  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.55 
 
 		 355 aa  50.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.664623 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0476  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.19 
 
 		 308 aa  50.8  0.00005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.601068 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0937  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  30 
 
 		 410 aa  50.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1394  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  22.82 
 
 		 401 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1364  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  22.82 
 
 		 401 aa  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0964  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like protein  25.3 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0907338  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1814  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  23.64 
 
 		 414 aa  48.1  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1359  coenzyme F420 hydrogenase  22.97 
 
 		 401 aa  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0449  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.54 
 
 		 291 aa  48.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0101  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  22.19 
 
 		 397 aa  47.4  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0353763 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1378  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  23.86 
 
 		 412 aa  47.4  0.0005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0012  coenzyme F420-reducing hydrogenase subunit beta  22.26 
 
 		 290 aa  47  0.0007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0607  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.83 
 
 		 387 aa  47  0.0007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1334  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  21.37 
 
 		 396 aa  46.2  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3479  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  27.42 
 
 		 429 aa  45.8  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0742  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  22.47 
 
 		 401 aa  45.1  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0242  Coenzyme F420 hydrogenase  25.76 
 
 		 538 aa  45.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43972  predicted protein  23.01 
 
 		 536 aa  44.3  0.004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.549222  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2371  F420H2 dehydrogenase subunit F  22.67 
 
 		 343 aa  43.9  0.005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1623  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  25.58 
 
 		 421 aa  43.9  0.006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>