More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4081 on replicon NC_009958
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009958  Dshi_4081  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
199 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0381075 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3680  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
199 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3876  resolvase domain-containing protein  100 
 
 
199 aa  398  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.3792 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0471  resolvase  64.89 
 
 
197 aa  254  8e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1397  Resolvase domain protein  64.89 
 
 
209 aa  251  5.000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.954133  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0955  Resolvase domain protein  64.89 
 
 
194 aa  249  1e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3655  Resolvase domain protein  61.93 
 
 
212 aa  244  4.9999999999999997e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0554731  normal  0.301287 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3572  Resolvase domain protein  61.62 
 
 
213 aa  239  2e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000252709  hitchhiker  0.00189094 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25710  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  62.23 
 
 
201 aa  236  2e-61  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0381  resolvase domain-containing protein  73.72 
 
 
147 aa  203  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0368407  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  41.34 
 
 
188 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  40.76 
 
 
184 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  42.02 
 
 
219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  39.89 
 
 
188 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  43.65 
 
 
194 aa  128  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  42.33 
 
 
190 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  42.33 
 
 
190 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  42.33 
 
 
190 aa  128  7.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  40.21 
 
 
188 aa  127  9.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  38.34 
 
 
201 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  39.9 
 
 
193 aa  126  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  40.88 
 
 
185 aa  125  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  40.88 
 
 
185 aa  125  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  38.71 
 
 
192 aa  126  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  40.82 
 
 
191 aa  125  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  41.75 
 
 
224 aa  125  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  39.13 
 
 
188 aa  124  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  40.33 
 
 
188 aa  125  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  38.38 
 
 
181 aa  124  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  39.2 
 
 
193 aa  124  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  37.77 
 
 
184 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  37.99 
 
 
197 aa  123  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  40.56 
 
 
189 aa  123  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  39.23 
 
 
188 aa  122  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  40.11 
 
 
185 aa  122  5e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  37.77 
 
 
184 aa  121  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  40.22 
 
 
188 aa  121  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  39.23 
 
 
190 aa  121  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  39.23 
 
 
187 aa  121  7e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  39.11 
 
 
185 aa  121  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1494  resolvase-like protein  38.42 
 
 
186 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.493325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  39.56 
 
 
185 aa  120  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  39.58 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  41.53 
 
 
186 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  36.36 
 
 
186 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  38.54 
 
 
203 aa  118  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  38.38 
 
 
198 aa  118  6e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5093  resolvase domain-containing protein  39.01 
 
 
201 aa  118  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.993134 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  38.92 
 
 
197 aa  117  7.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  38.71 
 
 
197 aa  117  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  38.71 
 
 
197 aa  117  9e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  37.16 
 
 
188 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4473  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  38.1 
 
 
186 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0992302  decreased coverage  0.00348712 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4599  serine-based site-specific recombinase activity TnpR  38.1 
 
 
186 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000321893  hitchhiker  0.00456228 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15430  putative resolvase, essential for transposition  38.1 
 
 
186 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  7.34084e-16  unclonable  6.55355e-22 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1125  resolvase domain-containing protein  38.74 
 
 
184 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.577602  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  45.14 
 
 
201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  39.78 
 
 
185 aa  116  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  37.36 
 
 
183 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  37.36 
 
 
183 aa  115  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4537  Resolvase domain protein  39.89 
 
 
198 aa  115  5e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.41321 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  37.99 
 
 
189 aa  115  6e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3928  resolvase domain-containing protein  39.8 
 
 
191 aa  114  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.272515  hitchhiker  0.0000753359 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1206  Resolvase domain protein  36.84 
 
 
186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1445  Resolvase domain  37.5 
 
 
188 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  39.67 
 
 
194 aa  114  7.999999999999999e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  40.44 
 
 
187 aa  114  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0053  transposon Tn21 resolvase  37.57 
 
 
186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.509225 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2680  resolvase domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0037  transposon Tn21 resolvase  38.38 
 
 
205 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.335597 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4319  resolvase domain-containing protein  37.57 
 
 
186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3829  resolvase domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3846  resolvase domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.40246  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1914  resolvase domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3982  resolvase domain-containing protein  37.84 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0631  resolvase domain-containing protein  37.84 
 
 
201 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1256  resolvase domain-containing protein  37.04 
 
 
185 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0260  resolvase family site-specific recombinase  40 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1082  resolvase family site-specific recombinase  40 
 
 
205 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.271311  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  37.02 
 
 
185 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  37.5 
 
 
201 aa  112  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2258  resolvase domain-containing protein  39.06 
 
 
195 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.880923  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0991  resolvase domain-containing protein  40.1 
 
 
205 aa  112  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0378771  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3170  resolvase domain-containing protein  40.43 
 
 
200 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00430122 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  41.34 
 
 
189 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2668  helix-turn-helix, Fis-type  42.16 
 
 
204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00804941  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1568  helix-turn-helix, Fis-type  42.16 
 
 
204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6187  resolvase-like protein  37.57 
 
 
186 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0984609  hitchhiker  0.0000107923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2322  resolvase domain-containing protein  36.51 
 
 
186 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  38.8 
 
 
214 aa  110  9e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  38.2 
 
 
191 aa  111  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  38.2 
 
 
191 aa  111  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2170  DNA invertase  38.34 
 
 
281 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0593579  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  40.32 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0041  resolvase domain-containing protein  34.78 
 
 
184 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  decreased coverage  0.0000573211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  38.04 
 
 
189 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4598  Resolvase domain protein  37.44 
 
 
188 aa  109  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20410  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  40 
 
 
194 aa  109  2.0000000000000002e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0661103 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  35.33 
 
 
201 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3112  Resolvase domain protein  40.33 
 
 
184 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>