More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3978 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  93.23 
 
 		 384 aa  723    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 384 aa  769    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  91.15 
 
 		 384 aa  713    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  34.33 
 
 		 362 aa  135  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  39.18 
 
 		 362 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  48.41 
 
 		 234 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  52.59 
 
 		 354 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  51.35 
 
 		 235 aa  108  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  49.21 
 
 		 261 aa  106  7e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  44.76 
 
 		 244 aa  106  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  55.45 
 
 		 215 aa  104  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  43.38 
 
 		 228 aa  104  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 329 aa  102  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3973  lytic transglycosylase catalytic  47.33 
 
 		 204 aa  101  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3822  lytic transglycosylase, catalytic  44.53 
 
 		 204 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.539253  normal  0.0346403 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1871  lytic transglycosylase, catalytic  45.08 
 
 		 281 aa  100  3e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000100876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  50.48 
 
 		 207 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  48.21 
 
 		 226 aa  100  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  44.37 
 
 		 243 aa  99.8  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  47.32 
 
 		 217 aa  99.4  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  51.49 
 
 		 368 aa  98.2  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  42.55 
 
 		 442 aa  98.6  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  33.33 
 
 		 273 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  38.92 
 
 		 194 aa  97.8  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  50 
 
 		 206 aa  97.4  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  47.57 
 
 		 202 aa  97.1  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4561  lytic transglycosylase catalytic  44.03 
 
 		 360 aa  97.1  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000593543  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  49.15 
 
 		 217 aa  96.7  6e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3638  lytic transglycosylase catalytic  44.12 
 
 		 206 aa  96.7  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  51.4 
 
 		 197 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  48.51 
 
 		 174 aa  96.3  8e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  54.46 
 
 		 189 aa  95.9  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  44.92 
 
 		 326 aa  95.5  1e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  47.62 
 
 		 196 aa  95.5  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  48.21 
 
 		 299 aa  95.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  44.44 
 
 		 158 aa  94.7  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  48.62 
 
 		 245 aa  94.4  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  51.52 
 
 		 222 aa  94.4  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  50.89 
 
 		 291 aa  94  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  38.46 
 
 		 305 aa  94  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4037  lytic transglycosylase, catalytic  42.74 
 
 		 233 aa  94  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  51.4 
 
 		 201 aa  94  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  38.82 
 
 		 280 aa  93.6  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  49.53 
 
 		 203 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 195 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  43.69 
 
 		 261 aa  92  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  48.11 
 
 		 197 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  46.43 
 
 		 239 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1583  Slt family transglycosylase  43.69 
 
 		 261 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00492296  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1548  soluble lytic murein transglycosylase  43.69 
 
 		 261 aa  91.3  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000233422  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1537  soluble lytic murein transglycosylase  43.69 
 
 		 261 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000696816  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  43.69 
 
 		 259 aa  91.7  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000572163  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1707  Slt family transglycosylase  43.69 
 
 		 261 aa  91.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  42.72 
 
 		 261 aa  92  2e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  46.43 
 
 		 247 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  42.72 
 
 		 261 aa  92  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  45.37 
 
 		 146 aa  91.7  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  43.69 
 
 		 261 aa  92  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  46.6 
 
 		 206 aa  91.3  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  47.32 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  43.69 
 
 		 261 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  50.89 
 
 		 318 aa  90.9  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  49.06 
 
 		 224 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  48.11 
 
 		 218 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  47.32 
 
 		 297 aa  90.9  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  45.54 
 
 		 239 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  44.64 
 
 		 251 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  45.63 
 
 		 198 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  44.64 
 
 		 251 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  45.54 
 
 		 239 aa  90.5  5e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  44.64 
 
 		 251 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  45.54 
 
 		 239 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  47.06 
 
 		 212 aa  90.1  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2442  Lytic transglycosylase catalytic  48.51 
 
 		 245 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  45.69 
 
 		 202 aa  89.7  7e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  45.87 
 
 		 204 aa  89.4  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  47.71 
 
 		 237 aa  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  51.02 
 
 		 438 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  45.13 
 
 		 208 aa  88.6  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  51.55 
 
 		 204 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  44.95 
 
 		 204 aa  87.8  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  51.55 
 
 		 204 aa  87.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  46.67 
 
 		 216 aa  87.4  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5361  lytic transglycosylase, catalytic  55.45 
 
 		 333 aa  87.4  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.716209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  46.6 
 
 		 203 aa  87.4  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  45.54 
 
 		 249 aa  87  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  46.6 
 
 		 327 aa  87  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  42.72 
 
 		 238 aa  87  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000477614  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  37.2 
 
 		 283 aa  87  5e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  49.53 
 
 		 280 aa  87  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  49.54 
 
 		 211 aa  86.7  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  52.48 
 
 		 202 aa  86.7  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  46.08 
 
 		 189 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  49.5 
 
 		 191 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  42.72 
 
 		 188 aa  84.7  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  44.26 
 
 		 199 aa  85.1  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0486  lytic transglycosylase catalytic  43.12 
 
 		 748 aa  85.5  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.608773 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  50.51 
 
 		 155 aa  85.5  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  46.79 
 
 		 208 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  48.51 
 
 		 204 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>