More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3928 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3928  homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 308 aa  611  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.45742 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1598  homocysteine S-methyltransferase  49.65 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.296852 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2815  homocysteine S-methyltransferase  41.16 
 
 		 304 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0392  homocysteine S-methyltransferase  48.63 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00664  homocysteine S-methyltransferase family protein  38.87 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5017  S-methyltransferase  36.54 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2779  homocysteine S-methyltransferase  38.51 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6392  homocysteine S-methyltransferase  35.22 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.612657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0692  homocysteine S-methyltransferase  37.37 
 
 		 311 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0245772 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4534  homocysteine S-methyltransferase  36 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0770365 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05821  homocysteine S-methyltransferase  35.35 
 
 		 301 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1135  homocysteine S-methyltransferase family protein  37.5 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.300332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0975  homocysteine S-methyltransferase  37.29 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000866621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2776  homocysteine S-methyltransferase family protein  37.92 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420407  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0658  homocysteine S-methyltransferase family protein  37.04 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1497  homocysteine S-methyltransferase  33.89 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.191799  normal  0.658864 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2930  homocysteine S-methyltransferase  32.45 
 
 		 303 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3747  homocysteine S-methyltransferase  39.07 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2160  homocysteine S-methyltransferase  33.67 
 
 		 310 aa  142  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5121  homocysteine S-methyltransferase  37 
 
 		 299 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0135376  normal  0.478948 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3865  homocysteine S-methyltransferase  36.12 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1277  homocysteine S-methyltransferase  34.45 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0441893 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3243  homocysteine S-methyltransferase  33.78 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.562987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4282  homocysteine S-methyltransferase  36.36 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3090  homocysteine S-methyltransferase  34.87 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4837  homocysteine S-methyltransferase  37.37 
 
 		 309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.345042 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3100  homocysteine S-methyltransferase  34.54 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6804  homocysteine S-methyltransferase  36.63 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_48307  predicted protein  30.46 
 
 		 346 aa  120  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.532238  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12483  homocysteine methyltransferase  31.73 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0645  methionine synthase (B12-dependent)  26.58 
 
 		 804 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.474097  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37350  homocysteine methyltransferase  33.33 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.493269 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0656  homocysteine S-methyltransferase  27.65 
 
 		 768 aa  93.2  5e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.79655  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1535  homocysteine methyltransferase  30.03 
 
 		 315 aa  92.8  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.521433  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2926  homocysteine methyltransferase  30.57 
 
 		 313 aa  92.4  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0680  homocysteine S-methyltransferase  27.3 
 
 		 768 aa  91.7  1e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.412837  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0283  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  33.56 
 
 		 615 aa  91.7  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0828  homocysteine methyltransferase  28.3 
 
 		 311 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0891  homocysteine S-methyltransferase  31.53 
 
 		 303 aa  89.4  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.784239 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1146  homocysteine methyltransferase  32.34 
 
 		 319 aa  89  9e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000617566 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0866  homocysteine methyltransferase  31.85 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.142005  normal  0.135969 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1792  homocysteine S-methyltransferase  23.05 
 
 		 774 aa  89  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.709712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2740  homocysteine methyltransferase  31.58 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164066  normal  0.649744 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2207  homocysteine S-methyltransferase  26.38 
 
 		 800 aa  87.4  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0270016  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01795  homocysteine methyltransferase  31.13 
 
 		 325 aa  86.7  5e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.443349  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1211  homocysteine S-methyltransferase  25.49 
 
 		 807 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0179968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3344  homocysteine S-methyltransferase  28.75 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3632  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  28.57 
 
 		 617 aa  84  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2200  homocysteine S-methyltransferase  30.69 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.558388  normal  0.514236 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1442  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  26.05 
 
 		 839 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.955782  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5466  homocysteine methyltransferase  27.1 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0696243  hitchhiker  0.00895387 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0238  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.13 
 
 		 609 aa  82.4  0.000000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0325  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  24.5 
 
 		 605 aa  82  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19590  homocysteine S-methyltransferase  24.07 
 
 		 819 aa  80.5  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.399567  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1187  homocysteine S-methyltransferase  26.37 
 
 		 629 aa  79.7  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0073  homocysteine S-methyltransferase  26.3 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3471  homocysteine methyltransferase  27.6 
 
 		 312 aa  79  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0277  homocysteine S-methyltransferase  28.52 
 
 		 811 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.357222  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1230  homocysteine S-methyltransferase  25.31 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.829907  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1315  homocysteine S-methyltransferase  30.03 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0420975  normal  0.31637 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0613  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.09 
 
 		 610 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0454  B12-dependent methionine synthase  26.97 
 
 		 1228 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0341811  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0729  homocysteine S-methyltransferase  23.86 
 
 		 781 aa  77  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3951  B12-dependent methionine synthase  27.49 
 
 		 1227 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.360627  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0262  homocysteine S-methyltransferase  27.13 
 
 		 813 aa  75.5  0.0000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00180962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0627  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  31.2 
 
 		 610 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.07944e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0489  homocysteine S-methyltransferase  28.52 
 
 		 804 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0708  bifunctional homocysteine S-methyltransferase/5,10-methylenetetrahydrofolate reductase protein  29.77 
 
 		 604 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.537957  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2722  methionine synthase I (cobalamin-dependent) methyltransferase subunit  25.5 
 
 		 801 aa  73.9  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1042  homocysteine methyltransferase  25.9 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000341653  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3775  B12-dependent methionine synthase  26.81 
 
 		 1227 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1861  homocysteine S-methyltransferase  25 
 
 		 434 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1138  methionine synthase  30.07 
 
 		 1215 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.537288  normal  0.145457 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2492  methionine synthase (B12-dependent)  28.62 
 
 		 1224 aa  73.2  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1661  methionine synthase  25.66 
 
 		 1176 aa  72.8  0.000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.158089  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  27.24 
 
 		 1228 aa  72.8  0.000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1413  homocysteine S-methyltransferase  27.12 
 
 		 806 aa  72.8  0.000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0607109  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2547  methionine synthase I  29.32 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.946299 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2921  5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase, truncation  27.7 
 
 		 804 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3081  homocysteine S-methyltransferase  23.93 
 
 		 791 aa  70.1  0.00000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  25.42 
 
 		 1251 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.611508 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0772  homocysteine S-methyltransferase  22.41 
 
 		 780 aa  70.1  0.00000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0538889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1947  methionine synthase  27.48 
 
 		 1223 aa  69.3  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0537124  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  24.19 
 
 		 1226 aa  68.6  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6259  methionine synthase (B12-dependent)  25.7 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4366  methionine synthase  26.12 
 
 		 1132 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4383  homocysteine S-methyltransferase  26.57 
 
 		 578 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4499  methionine synthase  27.68 
 
 		 1173 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.629663  hitchhiker  0.00843884 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  24.84 
 
 		 1133 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4385  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.08 
 
 		 1132 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  25.38 
 
 		 1241 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3503  methionine synthase  26.39 
 
 		 1212 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.929135  normal  0.479801 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  25.07 
 
 		 1244 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.08 
 
 		 1133 aa  67  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1355  methionine synthase (B12-dependent)  27.42 
 
 		 1208 aa  67.4  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.290102  normal  0.418289 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0549  methionine synthase (B12-dependent)  26.53 
 
 		 804 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0324  homocysteine S-methyltransferase  21.4 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  26.65 
 
 		 1234 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3258  homocysteine S-methyltransferase  24.04 
 
 		 841 aa  67  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.728955  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4274  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  25.08 
 
 		 1132 aa  67  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>