More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3802 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3802  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  605  9.999999999999999e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.238076  normal  0.337014 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 307 aa  349  3e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1585  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 306 aa  336  3.9999999999999995e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.173107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4681  transcriptional regulator, LysR family  58.78 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.468795  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4725  transcriptional regulator, LysR family  59.18 
 
 		 304 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6388  LysR family transcriptional regulator  63.35 
 
 		 304 aa  313  2.9999999999999996e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3307  hypothetical protein  58.76 
 
 		 308 aa  309  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19611  normal  0.379943 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0382  LysR family transcriptional regulator  47.63 
 
 		 317 aa  247  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  45.6 
 
 		 304 aa  247  2e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 301 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2322  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 298 aa  215  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5771  transcriptional regulator LysR family  41.7 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 312 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0465  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0192263  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4242  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 309 aa  209  7e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3053  LysR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0362  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 320 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0724  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 327 aa  206  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.546759 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2886  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1919  LysR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.156623  normal  0.456297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 313 aa  196  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0354  transcriptional regulator OxyR  40.13 
 
 		 317 aa  195  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.241733  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 336 aa  195  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0321  transcriptional regulator OxyR  42.6 
 
 		 325 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  40.61 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1336  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 298 aa  192  4e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0531475  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0609  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 312 aa  192  6e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.663107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0017  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.163482 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  41.36 
 
 		 323 aa  191  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 		 323 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2780  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.36 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 		 323 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  40.36 
 
 		 296 aa  187  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  41.42 
 
 		 311 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3588  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.300751  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1422  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.628384  normal  0.116647 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  41.22 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 313 aa  182  6e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 320 aa  182  7e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.76 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  38.44 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.76 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.76 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  39.32 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.76 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.4 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  34.4 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 319 aa  179  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2140  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.828195  normal  0.0106328 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2079  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 302 aa  179  5.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.399656  normal  0.607866 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 319 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 319 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 319 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 319 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.07 
 
 		 302 aa  178  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1375  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.58375  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4881  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.635282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.62 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  34.98 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1346  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.124004  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  36.61 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.61 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  39.25 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 311 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.61 
 
 		 319 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 311 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 319 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.29 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1798  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.270258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 319 aa  176  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  37.24 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 319 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  36.27 
 
 		 319 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 316 aa  175  9e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>