127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3788 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009955  Dshi_3788  heavy metal transport/detoxification protein  100 
 
 
66 aa  134  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.055506  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4064  heavy metal transport/detoxification protein  100 
 
 
66 aa  134  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10070  heavy metal transport/detoxification protein  50.79 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.173108  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0633  heavy metal transport/detoxification protein  48.39 
 
 
65 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000319984 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0663  heavy metal transport/detoxification protein  48.39 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0627  heavy metal transport/detoxification protein  46.77 
 
 
65 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00214961  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0588  heavy metal transport/detoxification protein  46.77 
 
 
65 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1951  transglutaminase-like  44.26 
 
 
81 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.441972  normal  0.32765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3536  hypothetical protein  39.68 
 
 
66 aa  60.1  0.000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153014  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0656  heavy metal transport/detoxification protein  40.32 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00657939  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2983  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0752  copZ protein, putative  40.32 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0823  heavy metal transport/detoxification protein  43.55 
 
 
83 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3036  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6338  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2375  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2989  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3009  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0030  Heavy metal transport/detoxification protein  45.9 
 
 
64 aa  57.4  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3162  heavy metal binding protein  43.08 
 
 
79 aa  57  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.487659 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6074  Heavy metal transport/detoxification protein  48.33 
 
 
65 aa  57  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0961744  normal  0.102 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5025  heavy metal transport/detoxification protein  44.83 
 
 
73 aa  56.6  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726542  normal  0.727014 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2899  heavy metal transport/detoxification protein  46.67 
 
 
66 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2298  heavy metal binding protein  48.33 
 
 
65 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.775162  normal  0.287119 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1570  hypothetical protein  46.77 
 
 
65 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4576  heavy metal transport/detoxification protein  48.39 
 
 
65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.016584  normal  0.0171789 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0113  Heavy metal transport/detoxification protein  45.45 
 
 
70 aa  55.5  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.612125  normal  0.480924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18070  putative periplasmic metal-binding protein  46.77 
 
 
65 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1968  heavy metal transport/detoxification protein  45.9 
 
 
69 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.563068  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3404  hypothetical protein  38.98 
 
 
77 aa  54.7  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3349  hypothetical protein  46.03 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.820428  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1386  Heavy metal transport/detoxification protein  40.98 
 
 
79 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.152732  hitchhiker  0.000957123 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0282  heavy metal-binding domain-containing protein  43.33 
 
 
155 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9865  hypothetical protein  38.33 
 
 
67 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1641  chaperonin  43.08 
 
 
86 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0737624 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2321  hypothetical protein  34.38 
 
 
75 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0504  putative cheavy metal binding protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0643  hypothetical protein  41.94 
 
 
67 aa  52.8  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0937  heavy metal transport/detoxification protein  43.33 
 
 
63 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1081  heavy metal transport/detoxification protein  43.33 
 
 
63 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4871  heavy metal transport/detoxification protein  41.38 
 
 
65 aa  52.8  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3036  heavy metal-binding domain-containing protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71925  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2056  heavy metal-binding domain-containing protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0309  heavy metal-binding domain-containing protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0322  heavy metal-binding domain-containing protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2228  heavy metal-binding domain-containing protein  45 
 
 
111 aa  52.8  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.872872  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3241  heavy metal transport/detoxification protein  35.59 
 
 
64 aa  52.4  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1834  heavy metal transport/detoxification protein  44.78 
 
 
69 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3377  heavy metal transport/detoxification protein  43.08 
 
 
66 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4089  heavy metal transport/detoxification protein  42.37 
 
 
62 aa  50.8  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.787932 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2531  heavy metal transport/detoxification protein  39.39 
 
 
70 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0389  hypothetical protein  35.59 
 
 
64 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3544  Heavy metal transport/detoxification protein  46.55 
 
 
70 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.480212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0449  hypothetical protein  35.59 
 
 
64 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  2.68228e-19 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0408  hypothetical protein  35.59 
 
 
64 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000230942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0394  hypothetical protein  35.59 
 
 
64 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0593872  hitchhiker  1.762e-17 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3894  heavy metal transport/detoxification protein  38.46 
 
 
73 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.739174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0386  hypothetical protein  33.9 
 
 
64 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000012087 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7878  Heavy metal transport/detoxification protein  36.84 
 
 
69 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.988763  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3218  Heavy metal transport/detoxification protein  44.83 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1106  heavy metal transport/detoxification protein  42.42 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0639818  normal  0.0373114 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1787  hypothetical protein  35.59 
 
 
78 aa  49.3  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.523797  normal  0.0975189 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0035  heavy metal transport/detoxification protein  40.68 
 
 
64 aa  48.9  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0033  heavy metal transport/detoxification protein  42.37 
 
 
65 aa  48.5  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1406  heavy metal transport/detoxification protein  33.87 
 
 
64 aa  48.5  0.00003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2245  heavy metal transport/detoxification protein  35.59 
 
 
65 aa  48.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3525  heavy metal transport/detoxification protein  38.46 
 
 
133 aa  47.8  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2225  heavy metal transport/detoxification protein  34.92 
 
 
66 aa  47.8  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.708694  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0716  heavy metal transport/detoxification protein  33.33 
 
 
69 aa  47.8  0.00005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.162111  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1021  heavy metal transport/detoxification protein  40.68 
 
 
65 aa  47.4  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1772  Heavy metal transport/detoxification protein  35.59 
 
 
64 aa  47.4  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.350999  normal  0.505439 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2891  putative copper chaperone  36.07 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.480942  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1537  heavy metal transport/detoxification protein  36.07 
 
 
66 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.330529  normal  0.80617 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1134  Heavy metal transport/detoxification protein  32.2 
 
 
64 aa  46.2  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0995  Heavy metal transport/detoxification protein  36.51 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.330421  hitchhiker  0.00334247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2309  heavy metal transport/detoxification protein  39.53 
 
 
67 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.369838  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1368  heavy metal transport/detoxification protein  41.94 
 
 
85 aa  45.4  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1993  hypothetical protein  29.51 
 
 
65 aa  45.8  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0557  heavy metal transport/detoxification protein  37.04 
 
 
56 aa  46.2  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3759  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.206021  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0942  heavy metal-binding domain-containing protein  35.59 
 
 
66 aa  45.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3576  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000264411  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3476  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000131898  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3488  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000382962  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3742  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000142681 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3860  copper-ion-binding protein  38.46 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00109748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0936  heavy metal-binding domain-containing protein  35.59 
 
 
66 aa  45.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1627  hypothetical protein  35.59 
 
 
69 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3228  heavy metal transport/detoxification protein  33.87 
 
 
71 aa  44.7  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0036  Heavy metal transport/detoxification protein  38.98 
 
 
65 aa  45.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.749635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1809  copper ion binding protein  40.62 
 
 
75 aa  44.3  0.0005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.865359  normal  0.918649 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2580  copper ion binding protein  38.71 
 
 
68 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2634  copper ion binding protein  38.71 
 
 
68 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0131  heavy metal transport/detoxification protein  40 
 
 
70 aa  43.9  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0018  heavy metal transport/detoxification protein  38.98 
 
 
65 aa  43.5  0.0008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2761  copper-translocating P-type ATPase  37.29 
 
 
753 aa  43.5  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0225  heavy metal transport/detoxification protein  30.65 
 
 
67 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2419  copper ion-binding  36.51 
 
 
71 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000928484  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3947  heavy metal transport/detoxification protein  43.08 
 
 
67 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3961  heavy metal transport/detoxification protein  43.08 
 
 
67 aa  43.5  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0422606 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>