More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3715 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  613  9.999999999999999e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 328 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 329 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  206  4e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 308 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 307 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.94 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  30.07 
 
 		 331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 336 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 324 aa  115  6e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 311 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 323 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  25.93 
 
 		 320 aa  112  9e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5968  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.84 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 619 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 335 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0551  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.863373 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4124  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 351 aa  109  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 320 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 320 aa  108  8.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 324 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4880  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 308 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 316 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 303 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7526  transcriptional regulator LysR family  26.71 
 
 		 623 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66693  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 316 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  26.72 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 300 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.82 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>