More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3712 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
253 aa  240  1e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0357  putative short-chain dehydrogenase  49.01 
 
 
246 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0963856  hitchhiker  0.00000797271 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
255 aa  226  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2129  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.64 
 
 
255 aa  225  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3563  p-cumic alcohol dehydrogenase (CymB)  47.81 
 
 
252 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.822337  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3787  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 
248 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
252 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432541  normal  0.506504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3692  short chain dehydrogenase  43.43 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31077  normal  0.893626 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1308  short chain dehydrogenase  45.02 
 
 
256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.480054  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1500  short chain dehydrogenase  45.42 
 
 
256 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2495  short chain dehydrogenase  45.02 
 
 
256 aa  195  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5592  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
256 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0383111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3659  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
256 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.821403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4708  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
256 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978516  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0318  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.594764  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0973  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1235  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1335  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0594  short chain dehydrogenase  44.62 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.512344  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4102  short chain dehydrogenase  44.22 
 
 
256 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.188504 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1600  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  47.58 
 
 
253 aa  192  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3985  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
256 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.473882  normal  0.0186737 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4567  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
256 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.16205  hitchhiker  0.000267636 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1106  short chain dehydrogenase  43.82 
 
 
256 aa  190  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.179926  normal  0.355646 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 
255 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
265 aa  187  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0351363  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
252 aa  186  3e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.950748  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0956  short chain dehydrogenase  41.27 
 
 
256 aa  186  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4234  short chain dehydrogenase  42.23 
 
 
252 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  42.23 
 
 
256 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  41.04 
 
 
255 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1189  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
258 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.169392  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
248 aa  180  2e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.39 
 
 
250 aa  178  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.147758  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4509  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
257 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4641  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
257 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299413  normal  0.128301 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
255 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
246 aa  176  5e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
246 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
244 aa  175  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291511  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10784  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 
248 aa  172  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
246 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2351  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.55 
 
 
252 aa  170  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.647461  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2162  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.23 
 
 
252 aa  170  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0100529  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7331  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  41.7 
 
 
249 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.753901  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2371  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
248 aa  169  5e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
251 aa  168  7e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2038  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
260 aa  168  8e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0856729  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.95 
 
 
250 aa  168  8e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
260 aa  168  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00824711  normal  0.0431071 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
248 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.961994  normal  0.547574 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2567  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
252 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22780  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.65 
 
 
251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.503497 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
248 aa  166  4e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
264 aa  165  8e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
277 aa  164  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
256 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.95 
 
 
250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
250 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  36.14 
 
 
247 aa  160  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
274 aa  160  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
251 aa  161  1e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
271 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.882285  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
253 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
255 aa  160  2e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.35 
 
 
247 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.73 
 
 
246 aa  160  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1850  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  36.15 
 
 
255 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00172962  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1173  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0283651  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
245 aa  159  4e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
251 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.612185 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.4 
 
 
246 aa  158  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
245 aa  158  7e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
252 aa  157  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
257 aa  157  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2616  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.55 
 
 
252 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
254 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
249 aa  156  3e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0459105  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
261 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.806821  normal  0.214566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
251 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.4 
 
 
249 aa  156  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
247 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
269 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
268 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
302 aa  155  6e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
248 aa  155  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
249 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.43434  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3280  short chain dehydrogenase  43.95 
 
 
257 aa  155  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0133  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 
256 aa  154  9e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5681  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
257 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622704  normal  0.299827 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
250 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
246 aa  154  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
246 aa  153  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
249 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
250 aa  153  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.57 
 
 
246 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>