More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3638 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3638  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 		 206 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.237 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3973  lytic transglycosylase catalytic  82.52 
 
 		 204 aa  334  5.999999999999999e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3822  lytic transglycosylase, catalytic  79.61 
 
 		 204 aa  323  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.539253  normal  0.0346403 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  62 
 
 		 222 aa  124  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  57.14 
 
 		 280 aa  118  7.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0452  lytic transglycosylase, catalytic  57.58 
 
 		 204 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0428943 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 		 368 aa  115  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  57.29 
 
 		 202 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  56.12 
 
 		 191 aa  115  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  57.14 
 
 		 211 aa  115  5e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0440  lytic transglycosylase, catalytic  58.76 
 
 		 204 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1794  putative lytic transglycosylase  58.76 
 
 		 204 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.391793  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1129  Lytic transglycosylase catalytic  56.44 
 
 		 200 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  57 
 
 		 189 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1332  Lytic transglycosylase catalytic  58.72 
 
 		 194 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0695277  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3807  lytic transglycosylase, catalytic  61.8 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  59.6 
 
 		 318 aa  112  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  53 
 
 		 191 aa  112  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  60.61 
 
 		 235 aa  112  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 		 206 aa  111  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  55.66 
 
 		 239 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  50.38 
 
 		 216 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  58.82 
 
 		 212 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  54.63 
 
 		 299 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 		 243 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0846  lytic transglycosylase, catalytic  57.84 
 
 		 325 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  46.71 
 
 		 188 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  55.66 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  56.6 
 
 		 242 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  59.8 
 
 		 261 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  50.79 
 
 		 217 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  52.25 
 
 		 249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  53.64 
 
 		 329 aa  108  5e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 280 aa  108  6e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000767564  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2342  Lytic transglycosylase catalytic  56.07 
 
 		 327 aa  108  8.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.920192  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  43.48 
 
 		 234 aa  107  1e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  52.83 
 
 		 239 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  50.46 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  57.14 
 
 		 202 aa  106  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  52.83 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  52.83 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  52.83 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  55.56 
 
 		 362 aa  106  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  55.66 
 
 		 326 aa  105  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  52.83 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  54.9 
 
 		 272 aa  106  3e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  52.83 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  52.53 
 
 		 362 aa  105  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  54 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  52.29 
 
 		 197 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  55.34 
 
 		 291 aa  102  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  59 
 
 		 199 aa  102  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  51.35 
 
 		 203 aa  102  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000518233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  52.29 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  51.38 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0142  NLP/P60 protein  44.44 
 
 		 370 aa  102  5e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3565  Lytic transglycosylase catalytic  54.29 
 
 		 158 aa  102  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  50.94 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  51.96 
 
 		 202 aa  101  7e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  55 
 
 		 207 aa  101  7e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  52.83 
 
 		 247 aa  101  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  53.21 
 
 		 328 aa  100  1e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  51.89 
 
 		 218 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  53.47 
 
 		 198 aa  101  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000427479  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  55.45 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4176  lytic transglycosylase, catalytic  55.67 
 
 		 354 aa  99.8  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0500833  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  51.92 
 
 		 189 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  51.52 
 
 		 442 aa  99.8  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  54 
 
 		 196 aa  99.4  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  51.38 
 
 		 197 aa  99  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  51.96 
 
 		 204 aa  99  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  46.46 
 
 		 217 aa  98.6  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  51.96 
 
 		 204 aa  98.2  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  51.89 
 
 		 297 aa  97.1  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0527  Lytic transglycosylase catalytic  51.43 
 
 		 155 aa  97.1  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.193488 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3978  lytic transglycosylase catalytic  44.12 
 
 		 384 aa  96.7  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  51.89 
 
 		 297 aa  97.1  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  55.45 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  51.24 
 
 		 218 aa  96.3  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3643  lytic transglycosylase catalytic  40.12 
 
 		 384 aa  96.3  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0752757 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  55 
 
 		 237 aa  96.3  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3817  lytic transglycosylase, catalytic  45.11 
 
 		 384 aa  95.9  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315131  normal  0.0342532 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  51.46 
 
 		 174 aa  96.3  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  56 
 
 		 304 aa  95.9  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  46.73 
 
 		 263 aa  95.9  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0443  lytic transglycosylase, catalytic  50.41 
 
 		 218 aa  95.5  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.270121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  52.94 
 
 		 293 aa  95.5  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  53.92 
 
 		 244 aa  95.1  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  51 
 
 		 146 aa  95.1  6e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0512  Lytic transglycosylase catalytic  50.48 
 
 		 154 aa  94.7  8e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.318275 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0561  lytic transglycosylase, catalytic  51.96 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1911  soluble lytic murein transglycosylase  51.96 
 
 		 296 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0241391  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  50.46 
 
 		 208 aa  94  1e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  49.11 
 
 		 208 aa  93.2  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  52.94 
 
 		 195 aa  93.6  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0367  lytic transglycosylase, catalytic  49.5 
 
 		 215 aa  93.6  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0406  Lytic transglycosylase catalytic  51.85 
 
 		 258 aa  93.2  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.717558  normal  0.0556667 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  42.72 
 
 		 261 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000265036  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  42.72 
 
 		 261 aa  92.4  4e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000281259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  41.75 
 
 		 261 aa  92  5e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>