263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3589 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3589  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 203 aa  417  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2775  3'-5' exonuclease  75.98 
 
 		 204 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0027  3'-5' exonuclease  73.89 
 
 		 204 aa  318  3.9999999999999996e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.189554  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2813  3'-5' exonuclease  75.49 
 
 		 204 aa  317  7e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1152  ribonuclease D  75.49 
 
 		 204 aa  317  7.999999999999999e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0228  3'-5' exonuclease  72.91 
 
 		 203 aa  317  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2609  3'-5' exonuclease  75.98 
 
 		 204 aa  314  5e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0572  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 204 aa  297  7e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0659  3'-5' exonuclease  70.94 
 
 		 204 aa  291  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.265112 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0419  3'-5' exonuclease  69.95 
 
 		 204 aa  286  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0174  3'-5' exonuclease  70.44 
 
 		 204 aa  286  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0196  3'-5' exonuclease  67 
 
 		 203 aa  284  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.950897 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0179  3'-5' exonuclease  67.96 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00803697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0047  3'-5' exonuclease  69.46 
 
 		 204 aa  282  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0109  3'-5' exonuclease  65.52 
 
 		 204 aa  282  2.0000000000000002e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.378562  normal  0.35649 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0155  3'-5' exonuclease  68.47 
 
 		 204 aa  281  4.0000000000000003e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.299764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5125  3'-5' exonuclease  68.81 
 
 		 207 aa  277  6e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0268839  normal  0.933758 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2343  3'-5' exonuclease  66.83 
 
 		 205 aa  276  2e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.151538 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0171  3'-5' exonuclease  65.37 
 
 		 206 aa  274  7e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5275  3'-5' exonuclease  65.02 
 
 		 204 aa  272  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28449  normal  0.0567423 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2497  3'-5' exonuclease  66.83 
 
 		 209 aa  272  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.325432  normal  0.308179 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0068  3'-5' exonuclease  66.34 
 
 		 206 aa  270  7e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2720  3'-5' exonuclease  66.33 
 
 		 209 aa  270  8.000000000000001e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.149721  normal  0.0609935 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2425  3'-5' exonuclease  64.82 
 
 		 209 aa  270  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2903  3'-5' exonuclease  65.85 
 
 		 205 aa  268  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.865613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5922  3'-5' exonuclease  64.04 
 
 		 204 aa  268  5e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4954  3'-5' exonuclease  64.22 
 
 		 205 aa  267  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.332898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0125  putative 3'-5' exonuclease family protein  66.5 
 
 		 204 aa  265  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00602859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1669  3'-5' exonuclease  62.32 
 
 		 218 aa  262  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.335885  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0135  3'-5' exonuclease  62.93 
 
 		 205 aa  261  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0117  3'-5' exonuclease family protein  62.44 
 
 		 205 aa  261  4.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0120  ribonuclease D  67.93 
 
 		 208 aa  261  6.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.818192  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0120  3'-5' exonuclease family protein  61.95 
 
 		 205 aa  258  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.328382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3251  3'-5' exonuclease  62.25 
 
 		 205 aa  258  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3464  3'-5' exonuclease  66.3 
 
 		 208 aa  258  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3984  3'-5' exonuclease  62.93 
 
 		 205 aa  257  9e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4028  3'-5' exonuclease  67.39 
 
 		 208 aa  257  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0015  3'-5' exonuclease  62.87 
 
 		 206 aa  255  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0816  3'-5' exonuclease  59.3 
 
 		 216 aa  254  5e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00362431  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4358  3'-5' exonuclease  66.85 
 
 		 208 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00583903 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1011  3'-5' exonuclease family protein  58.13 
 
 		 204 aa  249  3e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0881939  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1219  3'-5' exonuclease domain-containing protein  62.69 
 
 		 206 aa  249  3e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000485799  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0333  3'-5' exonuclease  60.8 
 
 		 210 aa  246  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.273167  normal  0.287022 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0529  3'-5' exonuclease family protein  57.5 
 
 		 206 aa  240  1e-62  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0878  3'-5' exonuclease  59.24 
 
 		 206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2509  3'-5' exonuclease  54.05 
 
 		 209 aa  204  5e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1118  3'-5' exonuclease  54.05 
 
 		 210 aa  202  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1147  3'-5' exonuclease  54.05 
 
 		 210 aa  202  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.546163 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1914  3'-5' exonuclease  54.59 
 
 		 209 aa  202  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0678  3'-5' exonuclease  52.2 
 
 		 211 aa  202  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0327  3'-5' exonuclease  53.48 
 
 		 213 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3799  3'-5' exonuclease  52.97 
 
 		 209 aa  198  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.954695 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1621  3'-5' exonuclease  52.43 
 
 		 207 aa  198  5e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.169628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1676  putative ribonuclease D  48.98 
 
 		 211 aa  190  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.137272  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17761  putative ribonuclease D  47.96 
 
 		 211 aa  188  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17921  putative ribonuclease D  48.47 
 
 		 211 aa  188  4e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17711  putative ribonuclease D  46.28 
 
 		 213 aa  188  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.606229  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0407  3'-5' exonuclease  51.06 
 
 		 214 aa  187  7e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.23143  normal  0.475558 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17051  putative ribonuclease D  49.19 
 
 		 214 aa  185  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2246  3'-5' exonuclease  50.81 
 
 		 217 aa  182  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.520239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1922  3'-5' exonuclease  52 
 
 		 214 aa  181  5.0000000000000004e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0431536  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20321  putative ribonuclease D  45.95 
 
 		 214 aa  166  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1157  putative ribonuclease D  45.41 
 
 		 214 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_22631  putative ribonuclease D  47.88 
 
 		 212 aa  157  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.528712 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  38.27 
 
 		 392 aa  93.2  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  32.37 
 
 		 381 aa  86.3  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1164  3'-5' exonuclease  38.99 
 
 		 550 aa  86.3  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0638405  normal  0.521406 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  37.82 
 
 		 393 aa  85.5  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  34.62 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  31.21 
 
 		 381 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  32.93 
 
 		 396 aa  81.3  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  31.14 
 
 		 382 aa  81.3  0.000000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  34.42 
 
 		 405 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  31.21 
 
 		 385 aa  79.7  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  31.21 
 
 		 385 aa  79.3  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  30.06 
 
 		 385 aa  79  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.54 
 
 		 384 aa  78.6  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  33.92 
 
 		 381 aa  78.6  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  31.9 
 
 		 392 aa  78.2  0.00000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  30.86 
 
 		 382 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  34.87 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  28.9 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  33.12 
 
 		 388 aa  77  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  30.72 
 
 		 375 aa  77  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  31.79 
 
 		 384 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  29.71 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  31.97 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.14 
 
 		 392 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  32.48 
 
 		 395 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  35.76 
 
 		 296 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  29.48 
 
 		 377 aa  75.1  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  33.54 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  29.48 
 
 		 377 aa  74.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  30.95 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  34.76 
 
 		 396 aa  73.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.61 
 
 		 399 aa  73.6  0.000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  30.05 
 
 		 405 aa  72.8  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.35 
 
 		 386 aa  72.8  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0703  3'-5' exonuclease  28.85 
 
 		 386 aa  72  0.000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.807909  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3166  DNA-directed DNA polymerase  30.51 
 
 		 582 aa  72  0.000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>