79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3539 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  100 
 
 		 481 aa  941    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  71.64 
 
 		 478 aa  627  1e-178  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  67.98 
 
 		 479 aa  576  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  67.78 
 
 		 479 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  68.19 
 
 		 479 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  59.24 
 
 		 480 aa  509  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  60.04 
 
 		 481 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  56.14 
 
 		 477 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  57.68 
 
 		 481 aa  464  1e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  59.78 
 
 		 476 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  57.08 
 
 		 477 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  56.57 
 
 		 477 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  57.08 
 
 		 477 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  59.82 
 
 		 481 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  57.29 
 
 		 477 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  57.39 
 
 		 476 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  58.12 
 
 		 475 aa  435  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  55.95 
 
 		 483 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  54.84 
 
 		 475 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  56.32 
 
 		 484 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  52.61 
 
 		 478 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  53.83 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  53.83 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  53.61 
 
 		 473 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  49.68 
 
 		 459 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  53.17 
 
 		 473 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  53.23 
 
 		 467 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  49.57 
 
 		 459 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  49.57 
 
 		 459 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  48.24 
 
 		 475 aa  364  2e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  52.61 
 
 		 465 aa  361  2e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  37.53 
 
 		 474 aa  220  5e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  36.04 
 
 		 472 aa  217  4e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  37.47 
 
 		 474 aa  200  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  33.33 
 
 		 433 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30 
 
 		 434 aa  157  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.24 
 
 		 434 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  30.29 
 
 		 432 aa  148  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  34.35 
 
 		 433 aa  145  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  30.68 
 
 		 472 aa  142  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  29.91 
 
 		 447 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  30.24 
 
 		 447 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  28.64 
 
 		 488 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  27.59 
 
 		 481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  26.37 
 
 		 477 aa  133  6e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  28.35 
 
 		 452 aa  133  9e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  30.3 
 
 		 427 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  30.3 
 
 		 427 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  30.21 
 
 		 427 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  29.33 
 
 		 438 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  27.72 
 
 		 444 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  28.85 
 
 		 478 aa  124  4e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  26.37 
 
 		 449 aa  124  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  27.1 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  27.1 
 
 		 487 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  27.84 
 
 		 455 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  28.25 
 
 		 483 aa  120  4.9999999999999996e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  27.42 
 
 		 448 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  28.7 
 
 		 449 aa  116  7.999999999999999e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  27.01 
 
 		 433 aa  116  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  28.02 
 
 		 472 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  28.35 
 
 		 452 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  30.67 
 
 		 447 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  29.12 
 
 		 459 aa  115  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  27.37 
 
 		 455 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  29.18 
 
 		 449 aa  113  9e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  26.37 
 
 		 448 aa  110  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  29.08 
 
 		 458 aa  110  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  29.03 
 
 		 449 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  28.27 
 
 		 512 aa  105  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.42 
 
 		 450 aa  102  1e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  29.19 
 
 		 448 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  27.41 
 
 		 457 aa  97.8  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  28.23 
 
 		 457 aa  95.5  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  28.01 
 
 		 448 aa  93.6  7e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  26.7 
 
 		 459 aa  88.6  2e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  26.52 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  27.78 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  31.87 
 
 		 463 aa  60.1  0.0000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>