290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3478 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3478  4-carboxymuconolactone decarboxylase  100 
 
 
128 aa  263  5e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  74.38 
 
 
124 aa  195  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.441447 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3492  4-carboxymuconolactone decarboxylase  75 
 
 
143 aa  188  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.196165  normal  0.332328 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0559  4-carboxymuconolactone decarboxylase  75 
 
 
134 aa  184  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0388292  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3726  4-carboxymuconolactone decarboxylase  63.08 
 
 
135 aa  170  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0644  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.29 
 
 
138 aa  169  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0606  4-carboxymuconolactone decarboxylase  65.29 
 
 
138 aa  169  1e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5940  4-carboxymuconolactone decarboxylase  66.4 
 
 
134 aa  166  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.1646 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7078  4-carboxymuconolactone decarboxylase  62.4 
 
 
134 aa  163  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0342158  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6127  4-carboxymuconolactone decarboxylase  58.02 
 
 
136 aa  162  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2049  4-carboxymuconolactone decarboxylase  63.64 
 
 
133 aa  159  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0437123  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4207  4-carboxymuconolactone decarboxylase  56.15 
 
 
135 aa  150  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2061  4-carboxymuconolactone decarboxylase  53.12 
 
 
132 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2687  4-carboxymuconolactone decarboxylase  57.14 
 
 
140 aa  142  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.22317 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2454  4-carboxymuconolactone decarboxylase  51.59 
 
 
132 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.835529  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2249  putative 4-carboxymuconolactone decarboxylase protein  50 
 
 
131 aa  138  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0833929  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0058  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
128 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.161595  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0060  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.34038  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1557  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1487  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1204  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase/4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.66 
 
 
128 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  50.85 
 
 
134 aa  128  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0050  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.88 
 
 
128 aa  128  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5284  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 
128 aa  127  5.0000000000000004e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327444  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4473  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 
128 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2190  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.78 
 
 
133 aa  126  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4316  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.83 
 
 
131 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.146371  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3162  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.03 
 
 
128 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.03 
 
 
128 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3125  carboxymuconolactone decarboxylase  46.03 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0071  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.88 
 
 
128 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.499909  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5109  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.03 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5750  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.03 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1912  carboxymuconolactone decarboxylase  43.55 
 
 
126 aa  124  3e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.955365  normal  0.169242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2692  4-carboxymuconolactone decarboxylase  54.03 
 
 
133 aa  125  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00273056  normal  0.231258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2504  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.8 
 
 
129 aa  124  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0318  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  43.75 
 
 
133 aa  123  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.623335  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4461  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.8 
 
 
128 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.273934 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0302  carboxymuconolactone decarboxylase  50.89 
 
 
389 aa  121  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0830882  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1021  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.19 
 
 
132 aa  120  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0594936 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1381  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.19 
 
 
130 aa  120  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.760953  normal  0.559328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4433  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.31 
 
 
130 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.145648  hitchhiker  0.00893399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0647  4-carboxymuconolactone decarboxylase (PcaC)  45.24 
 
 
130 aa  119  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.153527 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
130 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0210047  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  43.09 
 
 
392 aa  119  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02850  gamma-carboxymuconolactone decarboxylase  42.19 
 
 
133 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00181902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38170  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
130 aa  117  6e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.230767  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5022  4-carboxymuconolactone decarboxylase / 3-oxoadipate enol-lactonase  43.9 
 
 
396 aa  116  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.391243  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2832  3-oxoadipate enol-lactonase  46.72 
 
 
393 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.448984  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2126  carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
132 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191574  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3004  3-oxoadipate enol-lactonase  48.74 
 
 
390 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1275  4-carboxymuconolactone decarboxylase  41.41 
 
 
130 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2342  4-carboxymuconolactone decarboxylase  40.62 
 
 
132 aa  115  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02910  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.46 
 
 
137 aa  114  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1011  4-carboxymuconolactone decarboxylase  46.34 
 
 
402 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.101506  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1577  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.2 
 
 
128 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00107459  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2322  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.3 
 
 
129 aa  114  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.254356  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4074  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.17 
 
 
154 aa  114  6e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3347  3-oxoadipate enol-lactonase  47.54 
 
 
391 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000820278  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7932  4-carboxymuconolactone decarboxylase  48.7 
 
 
132 aa  112  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238463  normal  0.729855 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2388  3-oxoadipate enol-lactonase  53.78 
 
 
386 aa  112  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2974  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.34 
 
 
125 aa  112  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0618  4-carboxymuconolactone decarboxylase  47.15 
 
 
400 aa  112  2.0000000000000002e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4821  carboxymuconolactone decarboxylase  39.52 
 
 
126 aa  111  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0925911  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3850  4-carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 
161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3703  carboxymuconolactone decarboxylase  41.6 
 
 
128 aa  110  6e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0681  carboxymuconolactone decarboxylase  42.52 
 
 
128 aa  110  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0673  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.52 
 
 
128 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0563  4-carboxymuconolactone decarboxylase  45.38 
 
 
393 aa  110  9e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.260619  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5081  Carboxymuconolactone decarboxylase  45.53 
 
 
122 aa  109  1.0000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0830  carboxymuconolactone decarboxylase  37.4 
 
 
126 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5222  Carboxymuconolactone decarboxylase  36.59 
 
 
126 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0939  carboxymuconolactone decarboxylase  35.77 
 
 
126 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.947177  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2255  carboxymuconolactone decarboxylase  38.28 
 
 
129 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344767  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1745  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
393 aa  107  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1679  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
393 aa  107  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.412767  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1701  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
393 aa  107  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0186237  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1729  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
393 aa  107  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0527  4-carboxymuconolactone decarboxylase  44.54 
 
 
393 aa  106  9.000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.556905  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1535  3-oxoadipate enol-lactonase  44.74 
 
 
373 aa  105  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.267161  normal  0.120644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2296  4-carboxymuconolactone decarboxylase  39.67 
 
 
123 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0265397  normal  0.659303 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2260  carboxymuconolactone decarboxylase  37.5 
 
 
129 aa  104  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3648  carboxymuconolactone decarboxylase  37.3 
 
 
129 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00963465  normal  0.158809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2082  carboxymuconolactone decarboxylase  37.3 
 
 
129 aa  103  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.984068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2734  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.4 
 
 
127 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.888805  hitchhiker  0.0000628107 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2931  carboxymuconolactone decarboxylase  37.1 
 
 
129 aa  102  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000640912  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3646  carboxymuconolactone decarboxylase  40 
 
 
128 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0571  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
134 aa  101  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3382  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
134 aa  101  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3552  4-carboxymuconolactone decarboxylase  38.89 
 
 
134 aa  101  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5100  hypothetical protein  41.07 
 
 
128 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2282  Carboxymuconolactone decarboxylase  42.86 
 
 
114 aa  97.1  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.175309  normal  0.232521 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2960  carboxymuconolactone decarboxylase  39.64 
 
 
126 aa  96.7  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00839552  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58220  hypothetical protein  39.83 
 
 
128 aa  96.3  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.876359  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  49.06 
 
 
397 aa  95.5  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3235  4-carboxymuconolactone decarboxylase  37.07 
 
 
129 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.621974  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1965  carboxymuconolactone decarboxylase  33.87 
 
 
137 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0644561  normal  0.179898 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4188  carboxymuconolactone decarboxylase  41.23 
 
 
152 aa  95.5  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.412642 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3905  Carboxymuconolactone decarboxylase  39.52 
 
 
131 aa  95.1  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00819268  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2568  carboxymuconolactone decarboxylase  37.82 
 
 
132 aa  95.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.136392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>