More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3450 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 278 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  62.95 
 
 		 279 aa  351  7e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  62.23 
 
 		 279 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  61.87 
 
 		 279 aa  342  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  56.88 
 
 		 276 aa  331  9e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  56.68 
 
 		 278 aa  311  9e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  60.14 
 
 		 282 aa  308  5.9999999999999995e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  52.13 
 
 		 283 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 282 aa  241  1e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 280 aa  237  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  52.08 
 
 		 280 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 284 aa  236  3e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 285 aa  228  6e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  50.94 
 
 		 283 aa  228  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 292 aa  227  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  50.19 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  47.78 
 
 		 279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 286 aa  225  7e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  47.08 
 
 		 285 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  48.68 
 
 		 279 aa  223  2e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 278 aa  223  4e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  51.85 
 
 		 278 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  45.76 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  47.33 
 
 		 290 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 286 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  46.1 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  44.89 
 
 		 285 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.97 
 
 		 292 aa  213  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  48.16 
 
 		 288 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 278 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 277 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  48.92 
 
 		 282 aa  211  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 291 aa  211  7.999999999999999e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 276 aa  211  1e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  48.57 
 
 		 287 aa  209  3e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  39.7 
 
 		 280 aa  183  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  44.66 
 
 		 274 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  45.22 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  41.54 
 
 		 290 aa  159  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 269 aa  156  3e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.25 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 275 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 279 aa  154  1e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  39.55 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 		 275 aa  154  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.6 
 
 		 289 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.29 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 268 aa  153  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 268 aa  153  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  39.25 
 
 		 271 aa  152  7e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.59 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 		 294 aa  150  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  37.45 
 
 		 280 aa  149  6e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.97 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  37.78 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 		 282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  39.63 
 
 		 273 aa  146  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 		 277 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 277 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  39.08 
 
 		 282 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 282 aa  145  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 274 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 272 aa  145  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  39 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  39.47 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 272 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 274 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.74 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  37.87 
 
 		 270 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 274 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  38.97 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 272 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  36.8 
 
 		 265 aa  142  6e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 273 aa  142  8e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>