More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3439 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3439  thioredoxin  100 
 
 		 106 aa  214  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4067  thioredoxin  81.13 
 
 		 106 aa  182  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.153402 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1529  thioredoxin  80.19 
 
 		 106 aa  179  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.643867  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0179  thioredoxin  80.19 
 
 		 106 aa  179  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.292519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2950  thioredoxin  80.19 
 
 		 106 aa  177  4e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.184197  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2847  thioredoxin  77.36 
 
 		 106 aa  174  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.300873 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2793  thioredoxin  72.12 
 
 		 107 aa  166  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526009  normal  0.619101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3378  thioredoxin  69.61 
 
 		 107 aa  149  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.197201  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0156  thioredoxin  61.32 
 
 		 106 aa  146  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.534304 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4956  thioredoxin  64.76 
 
 		 106 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.183907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  62.86 
 
 		 106 aa  142  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  62.86 
 
 		 119 aa  142  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  59.43 
 
 		 106 aa  140  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2682  thioredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  138  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.899838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0816  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  136  7.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  62.26 
 
 		 107 aa  136  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2105  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  136  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0422234  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  57.69 
 
 		 108 aa  136  1e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  54.72 
 
 		 106 aa  135  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2021  thioredoxin  60 
 
 		 107 aa  136  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000945216  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  59.05 
 
 		 108 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  58.49 
 
 		 106 aa  134  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  58.49 
 
 		 107 aa  134  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2340  thioredoxin  57.43 
 
 		 108 aa  134  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0697906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3241  thioredoxin  61.32 
 
 		 107 aa  134  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  58.25 
 
 		 109 aa  133  8e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  56.44 
 
 		 104 aa  133  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4854  thioredoxin  54.29 
 
 		 111 aa  133  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.188061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0028  thioredoxin  63.73 
 
 		 106 aa  133  9e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2263  thioredoxin  56 
 
 		 110 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4285  thioredoxin  61.76 
 
 		 106 aa  131  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.395722  normal  0.497891 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0127  thioredoxin  55.34 
 
 		 108 aa  130  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2323  thioredoxin  53.47 
 
 		 110 aa  130  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  130  6.999999999999999e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  55.34 
 
 		 110 aa  130  7.999999999999999e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3958  thioredoxin  61.76 
 
 		 106 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  54.9 
 
 		 107 aa  129  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  58.42 
 
 		 108 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1344  thioredoxin  57.84 
 
 		 107 aa  129  1.0000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00788637  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2195  thioredoxin  55 
 
 		 110 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.173373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  54.72 
 
 		 107 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3281  thioredoxin  57 
 
 		 109 aa  128  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2185  thioredoxin  55 
 
 		 112 aa  128  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000121318  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2211  thioredoxin  55 
 
 		 112 aa  128  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000765425  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  50.98 
 
 		 110 aa  129  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0338  thioredoxin  54.37 
 
 		 108 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  53.92 
 
 		 107 aa  127  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0091  thioredoxin 1, redox factor  55.66 
 
 		 106 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.846581  normal  0.939622 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  53.92 
 
 		 107 aa  127  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4070  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.282643 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  53.92 
 
 		 107 aa  127  3e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3929  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3952  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2468  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3877  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  128  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000866569 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  53.92 
 
 		 107 aa  127  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0806  thioredoxin  52.38 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  51.49 
 
 		 133 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2289  thioredoxin  52.48 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000876713  normal  0.363166 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0657  thioredoxin  52.38 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  54.46 
 
 		 109 aa  127  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  53.92 
 
 		 107 aa  127  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0475  thioredoxin  53.4 
 
 		 108 aa  127  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  54.37 
 
 		 110 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3216  thioredoxin  52.43 
 
 		 108 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.604019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0513  thioredoxin  54.37 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420648 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  54.46 
 
 		 108 aa  127  6e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  56.44 
 
 		 108 aa  127  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  56.44 
 
 		 108 aa  127  7.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1188  thioredoxin 1 (redox factor) protein  56.44 
 
 		 108 aa  126  8.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.945237  normal  0.545287 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03659  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000771604  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4196  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000515955  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1411  thioredoxin  59.05 
 
 		 107 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4245  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.775484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3997  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4142  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0300  thioredoxin  55.1 
 
 		 116 aa  125  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03608  hypothetical protein  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000236523  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4304  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234233  normal  0.940905 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  53.47 
 
 		 110 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5214  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3230  thioredoxin  54 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000930614  normal  0.223494 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4140  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4196  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1138  thioredoxin  55.45 
 
 		 106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.898127  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0201  thioredoxin  55.66 
 
 		 106 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4127  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4222  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4145  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4292  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  53.47 
 
 		 110 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0406  thioredoxin 1  51.46 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4004  thioredoxin  50.49 
 
 		 109 aa  125  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  decreased coverage  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3433  thioredoxin  52.43 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  50.48 
 
 		 148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0409  thioredoxin  51.46 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00884025 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2056  thioredoxin  50.48 
 
 		 108 aa  125  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>